最高議長費尼斯·瓦洛倫被貿易聯盟的反叛所困擾。他秘密派遣兩名絕地武士——奎-岡·金和歐比-萬·克諾比——到貿易聯邦封鎖艦隊的旗艦去會見貿易聯邦總督納特·岡雷。岡雷很清楚絕地的旅行沒有得到議會的批準，所以他聯系了西迪厄斯。西迪厄斯命令岡雷殺死絕地，摧毀絕地飛船，入侵納布。奎-岡和歐比-萬幸存下來，並從入侵者手中救出了帕德梅·阿米達拉女王。為了把入侵的消息帶到中國的首都科洛桑，他們說服女王乘坐星際飛船走出封鎖區。
女王的星艦在逃亡中受損，被迫飛往由赫特人控制的沙漠星球塔圖因。魁剛壹行遇到了小奴隸阿納金·天行者，發現他天生就與原力有著驚人的聯系。在阿納金的幫助下，魁剛得到了修理飛船所需的所有備件。在返回飛船的途中，他們遭到了神秘的西斯武士達斯·摩爾的襲擊。絕地不喜歡戰爭。擺脫這個西斯後，他們帶著阿米達拉和阿納金直接飛往科洛桑。
在首都，阿米達拉試圖說服議會幫助納布，但議會的官僚作風和不作為阻止了她這樣做。年輕的女王失望至極，只能要求對瓦倫丁進行不信任投票，為新議長連任鋪路。阿米達拉決定返回納布抵抗貿易聯盟的入侵，絕地委員會派奎-岡和歐比-萬保護她。
在納布，女王帶領軍隊進入被占領的錫德城，逮捕了岡雷。摩爾刺死了魁剛，但歐比萬將他斬首。在彌留之際，魁剛請求歐比萬收阿納金為徒。最後的勝利是阿納金帶來的:他用自己的飛機摧毀了機器人控制艦，導致了貿易聯盟所有戰鬥機器人的關閉。
貿易聯盟似乎在納布戰役中失敗了，但達斯·西迪厄斯達到了目的，沒有人懷疑這個陰謀的本質。人們對納布的同情使帕爾帕庭贏得了最高議長的選舉。