《龍門飛甲》講述了明朝成化年間，朝綱腐敗，奸邪當道，西廠東廠為宦官把持，混淆黑白，陷害忠良，民不聊生。時有趙懷安等流亡劍客挺身而出，替天行道，鏟除奸惡。適逢此時，西廠督主雨化田出面幹涉，正邪兩方匯集龍門客棧，展開了壹場殊死的較量。
明朝憲宗年間，宦官弄權，濫殺賢臣。俠客趙懷安在營救忠良行動中，將惡貫滿盈的東廠督主萬喻樓壹劍斃命，引來西廠督主雨化田，祭出天下格殺令。趙懷安等人壹路亡命到嘉峪關的龍門，消失於鋪天蓋地的黑沙暴中。
塵消風散後，西廠密探、韃靼商隊等江湖各路人馬，再度投宿於龍門客棧這家大漠黑店。曾毀於大火的龍門客棧裏，風騷的老板娘早已神秘失蹤，只剩下逃過火劫的夥計們重起爐竈，癡等老板娘回來。
幾乎被世人遺忘的邊關客棧，再次因緣際會地風起雲湧，神密駐客風裏刀的容貌，為何與雨化田如此相似？對客棧密道了如指掌的吹笛女子淩雁秋，又是何許人也？就在由雨化田親率的西廠追兵趕來之際，地平線突刮起數條龍卷奇風，趙懷安橫空飛出，欲與雨化田壹決生死。大漠風煙間，壹場天地變色的正邪之戰，即將展開。
故事最後，淩艷秋遠走，趙懷安也繼續踏上了他的俠客之路，壹心尋寶的風裏刀憑借著和雨化田相似的長相，代替他的身份回到了朝廷，成為了新壹代的西廠督主，而顧少棠則留在了龍門客棧，等待淩艷秋和趙懷安再次回來。