經歷漫長的戰爭之後便是極速成長的新時代。為準備中忍考試，佐助的女兒宇智波佐良娜，優秀下忍三月，以及漩渦博人三人，在村子裏的練習場進行著各種練習修行。
第壹次考試是考驗智力，二次考試團則是隊合作。不斷突破難關的博人他們，終於在第三次考試的個人戰格鬥場在五影的見證下與鹿丸的兒子對陣。
而正在這時扭曲空間的大爆炸襲來，出現自稱大筒木桃式和大筒木金式的二人組，操縱著寄生在雙手裏的寫輪眼的他們壹心想要奪取鳴人的性命，最終鳴人被他們帶走。
第壹次知道父親走過的路，以及明白了對父親的思念的博人，將他那幼小的身影與幼時的鳴人重疊的佐助和五影壹起，進入有敵人等待的異空間，向敵人發起了有著必死決心的挑戰。