話說在紐約市的下水道之中，居住著四只功夫高強的忍者神龜，他們夜間出動，除暴安良，成為了城市英雄。不過，英雄傳說如今只是街頭小料，在幾經周折打敗了老對手--大惡魔施萊德之後，親如壹家的忍者神龜們卻漸漸疏遠，就差沒四分五裂了。與此同時，神秘的黑暗力量在似乎又開始在紐約城蔓延，神龜們的忍者老師鼠先生，越來越為此擔憂。
原來，億萬富翁、高科技巨子馬克斯·溫特斯，試圖抓住3000年壹次的行星異動，來挽回3000年前他做錯了的事--那就是送13只魔獸回到原來的空間，因為詛咒不消除，魔獸就不會滅亡！神龜的宿敵--紐約大腳忍者幫派，也加入了溫特斯旗下，在最後的關頭幫助了神龜們。 這部動畫，做工精細，蕩氣回腸，是各位忍者神龜迷們不可錯過的好電影~，THE NINJIAL IS COMING~!