該片講述了年屆30歲的幫派人士小高不想在打打殺殺中混日子，努力改變、適應環境，然而事業與愛情的雙失敗的故事。
三十多歲的流氓小高，屬於新社會的舊人物，顧家、講情義、有理想，掙紮在身邊混亂的人際關系中間，奔波於幫派、老家、跟班瑣事裏。小高幹的是幫會的賭場清理，自己想開壹間餐廳，與政府征收土地稅的官員談判，在影像背後，人們看到KTV裏議員、警官與黑道協議，或是窮鄉僻壤官商的勾結。他的女友是酒店經理，她不喜歡小高身旁那群人，認為他們會拖累小高。小跟班有的則屬於躁動的壹代，新新人類壹族，整日無所事事。小高這個老是為別人所牽絆的男子，事業無成，婚姻無望，最後他車翻人亡在莫名的稻田裏，帶著宿命的色彩。影片圍繞著幾個小人物發生的壹連串事件，選擇細末的事件和生活瑣碎，用邊緣的眼光、切膚的感受，對當代臺灣現實的透視凜冽，從小高的宿命，暗諷了臺灣當今的黑金政治，思考臺灣現代社會潛在的危機、社會病態的問題所在。
相較前兩部電影，《南國再見，南國》是野心宏大，跨越歷史綿長的作品，影片回到了侯孝賢更為擅長、也更為私人的生活領域，更加真實可感，更加純熟自然。影片拍的是臺灣邊緣人的題材，回歸臺灣壹地，視角更深，人物更貼近，思考的層面也較之前豐富，展現社會的顛簸。這部出品於1996年的電影十分前衛，沒有劇本，類似公路片。影評人聞天祥表示，《南國再見，南國》是壹部直接、真實的片。