《多羅羅》故事講述古日本的室町時代中葉，經歷了應任、文明等動亂之後，當權的足利幕府的威信大幅的動搖，是個君不君臣不臣的時代，壹名武士醍醐景光，為了出人頭地，而將尚未出生的兒子獻祭給48個魔神。
壹出生就缺少了身上48個部位的幼兒，被狠心的父親拋入河中，後來被名為壽光的醫生所救，替他制作了義眼、義肢等補足了身上所缺乏的部位，命名為百鬼丸，並撫養他長大。由於百鬼丸的特殊體質，使得他非常容易引來惡靈，將可能危害撫育他的壽光，體驗到這點的百鬼丸，於是告別了壽光，出發尋找能讓自己安身之處。在尋找魔神的旅途上，百鬼丸遇到了自稱大盜的瘋瘋癲癲的少年盜賊多羅羅，在從強盜手裏救下多羅羅之後，多羅羅為了得到百鬼丸手中的寶劍而跟隨他壹起繼續旅程。