在電影開始開篇，場景被設置在40年前的壹片大森林中。壹個叫小羽的男孩想進去那個森林去畫畫,在森林內,小羽遇到了被神奇寶貝獵人追捕並受重傷的雪拉比,當他們被神奇寶貝獵人追的走投無路的時候,雪拉比帶著小羽到了40年後(也就是現代),正好小智他們在這森林裏,他們救了小羽,小羽告訴了小智他們關於雪拉比的事,小智他們救了雪拉比,並和他成為了好朋友.
與此同時，火箭隊的三幹部之壹比夏斯也在尋找著並打算捕獵雪拉比。他比夏斯擁有能將壹切神奇寶貝變得兇惡的黑暗球，將雪拉比自小智他們的身邊奪走。為了拯救被比夏斯捕捉的雪拉比，小智與小羽拼命奮戰。可是，溫柔的雪拉比已經發生了很大的變化……
激烈的對戰中，傳說中的神奇寶貝水君出現了！小智和他的夥伴們能否拯救雪拉比和森林呢！？