兩年前，因為揭發同事貪汙，臺北警員黃火圖(梁家輝飾)被上級報復，調到冷門的外事組。他的利益也受到了損害，他的新同事對他很生氣。此外，他的妻子方清(劉若英飾)無法忍受他長期不回家，要求離婚。黃火圖覺得自己的世界漸漸分崩離析。
此時，三名受害者的身份無關痛癢地震驚了臺灣省社會的離奇命案。法醫(楊貴媚)發現他們都死於壹種神秘的黑色黴菌引起的幻覺。由於缺乏這方面的人才，當局從美國請來了這類案件的專家大衛·摩斯來幫助解決這個案件，黃火圖被重新任命。隨著壹個令所有人震驚的事實的發現，壹場圍繞政治利益和人民利益的鬥爭也在黃火圖和他的辦案搭檔李()以及整個警察隊伍之間展開。