此片劇本系依據徐四金的小說《香水》改編而成，描述壹位與人類不相往來、嗅覺異常靈敏的天才葛奴乙（Grenouille），為了追尋世上最完美的香味而不惜殺人的旅程。
影片時間訂在18世紀，壹開始，殺人犯葛奴乙即將被斬首，在宣讀罪行之時，旁白開始敘說他的生平，從他在法國某魚市場出生時開始，幼年時擁有不凡的嗅覺。
葛奴乙在鞣皮廠當學徒，某日送貨至巴黎時，在某個街角聞到壹個特殊的香味，發現壹個賣梅子的年輕女孩。葛奴乙壹直聞著她身上的味道，為了怕她尖叫，情急之下捂住她的口鼻，卻意外地掐死她了。
葛奴乙很希望能保存她的味道，後來有機會能向香水調配師鮑迪尼學習調配香水的藝術。離開了香水師後，他前往別的城市，為了調配最完美的香水，他殺害了12名香味迷人的年輕女子，從他們身上萃出香精。
裏奇斯擔心自己女兒勞拉的安危，連夜帶她逃離，但葛奴乙還是靠著靈敏的嗅覺找到她，萃出最後的香味。不久後，葛奴乙被抓住了。
葛奴乙被帶到壹個廣場處死，身上擦著他調配的香水，散發的香味使得周遭的民眾和劊子手著迷，且認為他沒有罪，最後全廣場的民眾受到香味的影響開始了雜交的行為。
隔天早晨，另壹個男人被逮捕了，被控告殺人且立即處死。同時，葛奴乙回到他出生的魚市。旁白說道：“有壹件香水作不到的事，那就是它不能讓壹個人變成能愛人且能被愛的人。”