瑞克·亨特率領的遠征軍在宇宙深處取得了連續勝利，並與抵抗因維德人的外星人組成了“哨兵聯盟”。但是在2031年，地球被瑞吉斯領導的因維德人占領了。2044年，遠征軍掉頭開始向地球這個人類古老的家園挺進。在哨兵聯盟成員海頓·斯達的幫助下，愛德華茲將軍為艦隊配備了暗影技術，這使得艦隊沒有被因維德人的探測設備發現。此外，遠征軍還依靠海頓人研制威力更大的中子S導彈。為了將因維德人趕出地球，他犧牲了半個星球。在此期間，SDF-3神秘消失，裏克也發現了中子S導彈的奇怪之處。他警告遠征軍不要使用這種致命武器。但是遠征軍已經對因維德人發起了最後的攻擊...
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