不料小倩乃樹精姥姥（劉兆銘飾）所操縱的女鬼，正在尋找壯男吸取陽精。燕赤霞義助寧采臣對付姥姥，並玉成他們這對人鬼戀人。
寧采臣赴郭北縣收帳，逢大雨，躲入傳說紛紜的蘭若寺投宿，但為寺內道士燕赤霞所拒，寧偷偷潛入寺中 ，入夜，寧被壹陣琴音吸引，邂逅少女聶小倩，小倩突露殺機，幸燕赤霞趕到，救下寧壹命。
小倩感其正直，心生愛意，但被燕阻止。寧卻誤認燕為殺人犯，欲與小倩逃走，樹精姥姥逼小倩殺寧，小倩不肯，姥姥命眾魔欲殺寧與小倩，燕再次出現，救下二人，姥姥重傷。
此時寧才知小倩原是壹遊魂，因屍骨被棄荒野而受姥姥控制，每夜四處尋找壯男為姥姥吸引陽精，增益延壽。
為免小倩再次受辱，寧答應將其屍骨送回鄉安葬，不想此時小倩又被地府石妖強搶為妻，燕經不住寧相求，再次出手，終於救回小倩，但燕讓小倩投胎轉世，這壹對有情人終無法攜手。