綠區的故事梗概是，2003年，美國有壹個叫米勒的軍事警衛。當時，他受命於政府，帶領他的團隊深入伊拉克的沙漠，以尋找隱藏在那裏的殺傷性武器和軍火庫。他每到壹處，都會收到情報信息，可以引導他們找到這些武器的藏匿地點。
但奇怪的是，他們每次都撲了個空，不說軍火的痕跡，卻要冒著極大的風險去搜查，所以米勒對政府的不作為很生氣。
時間長了，米勒漸漸發現情報來源十分可疑，同時質疑政府讓他們搜查軍火庫的真實目的。米勒懷疑這壹事件背後有壹個巨大的陰謀，而他和他的團隊只是這個陰謀的替罪羊。
於是米勒向上級反映了他的想法，但上級對他的說法視而不見，反而質疑他的能力。他的上級的態度也引起了米熱的懷疑，所以他決定自己找出真相。然而，他的行為招致了中央情報局的強烈反對和阻止。為了找出真相，他必須單槍匹馬去戰鬥，這會為自己爭取更多的時間。
他循著痕跡，剝開繭，根據自己掌握的證據進行推理判斷，終於找到了壹個關鍵證據。於是米勒將這壹證據公之於眾，揭露了政府的陰謀，避免了即將爆發的伊拉克戰爭。