傑伊（威爾·史密斯飾演）已經成長為壹名經驗豐富的偵探。在壹次看似普通的案件調查中，傑伊發現案件有可疑之處。經過深入調查，發現該案件包含了顛覆地球的邪惡計劃。這個邪惡計劃的幕後黑手是拉臘·弗林·鮑爾飾演的外星人塞麗娜。為了達到攻擊地球的目的，瑟琳娜變身為美麗性感的女模特，混進了MIB大樓並威脅到了整棟大樓的安全。為了破壞瑟琳娜的陰謀並解救被困人質，軟弱的偵探傑伊不得不去找他的前搭檔凱（湯米·李·瓊斯飾演）。MIB老兵凱洗去了記憶，退休後在美國郵政系統工作。凱在郵局的工作如魚得水，其實是因為郵局的工作人員全是外星人，凱的老熟人。雖然工作平淡單調，但這種簡單輕松的生活卻是他夢寐以求的生活。凱享受著和妻子在壹起的溫馨生活，外星人的陰謀並沒有激起他的戰鬥意識。當凱的記憶恢復時，傑倫只能並肩作戰，因此這兩位王牌搭檔再次聯手為地球而戰。值得壹提的是，著名的音樂之王邁克爾·傑克遜也在影片中客串了壹個在南極工作的外星人。