影片雖是《諜影重重》系列電影的第四部，但故事時間線與《諜影重重3》相同。由馬特·達蒙飾演的系列主角傑森·伯恩並未在影片中登場（但名字在片中仍被多次提到），影片講述的是另外的計劃與傑瑞米·雷納飾演的新特工艾倫·克勞斯的故事。艾倫·克勞斯參加了政府的基因試驗，最後與負責試驗的女科學家瑪泰博士攜手展開逃亡，兩人將會揭開“絆腳石”計劃的冰山另壹角。
電影劇情
繼傑森·伯恩後，另壹美國中情局特工艾倫·克勞斯（傑瑞米·雷納飾）亦將身陷險境。因為“傑森·伯恩事件”，令中情局的特工行動“絆腳石Treadstone”被公開，為了隱瞞其它特工行動，以拜亞（愛德華·諾頓飾）為首的美國中情局，正計劃鏟除過去數十年來發展的特工行動，包括“結果”（Outcome）行動當中，體能和智能更“先進”的“5號”特工艾倫·克勞斯，展開橫跨全球的逃殺。而艾倫·克勞斯剩下的唯壹希望，竟然就是過去四年來，不斷在背後監控和研究其活動的科學研究員瑪泰博士（蕾切爾·薇姿飾）。