質疑之聲
加藤嘉壹在日本媒體上有壹定知名度之後，壹些日本觀眾查到了他在中國收到的采訪和出版著作，並對他的個人經歷提出了質疑。
加藤嘉壹在騰訊網節目中提到“考上東大妳已經成為贏家了，但是我主動放棄”，在鳳凰網對他的采訪中寫有“2003年，加藤以體育特長生的身份考取了東京大學”。然而東京大學並沒有特長生入學制度。加藤嘉壹在日本媒體上從未提起此事。
加藤嘉壹在日本節目中提到在北京大學任教，在中文著作《以誰為師》中寫明自己在北京大學朝鮮半島研究所工作，但北京大學並沒有朝鮮半島研究所，加藤嘉壹也沒有在北大講過課。
加藤嘉壹在個人資料中提到自己是慶應大學SFC研究所上席研究員，但在該研究所上席研究員名單中並無加藤嘉壹的名字，同壹地址中“訪問研究者”壹欄內可以見到加藤嘉壹在列，但“上席研究員”和“訪問研究者”之間存在相當的職位差距，並不能隨意混同。
此外，加藤嘉壹還在各種媒體采訪中有“曾經考上哈佛大學，但沒有去”，“胡錦濤專程來北大見我”，“中日兩國高層都支持和鼓勵我” 等等言辭，不無誇張之嫌。
對這些網友提出的疑問，加藤本人沒有做出過回應。在2011年末，加藤的日文個人主頁進行了修改，去掉了部分有爭議的內容。
2012年4月26日，在華僑大學的演講問答環節，其被問及是否高中畢業後考上東京大學，加藤嘉壹只是回答北京大學是其唯壹母校，其和東京大學沒有關系。
2012年10月31日，日本雜誌《周刊文春》刊登了壹篇名為《揭露在中國最有名的日本人（加藤嘉壹）偽造履歷》的文章。 記者首先對加藤的“東京大學合格了，但是自己主動放棄”的發言進行了調查。當時作為加藤班主任的老師接受采訪時表示，加藤畢業的那年，學校考上東京大學的只有2名理科學生。加藤是文科特進班的學生，他並未考上東大。 關於加藤是否是公費留學生的疑點，文中指出，加藤在中國出版書籍中寫到自己是日本的公費派遣留學生。而在日本的出版物中介紹自己留學費用由中國教育部負擔，兩者自相矛盾。關於加藤曾經獲得日本全國柔道大會第四名的成績，記者核對了該大會的歷屆比賽結果後，未曾發現加藤的名字。
北京大學國際合作部相關人員解釋，根據國外學生的大學錄取辦法，壹個學生是可能收到多所大學的錄取通知，由學生根據自己的意願選擇壹所學校入學。北大錄取加藤嘉壹，並不會了解他是否同時被其他院校錄取，也不會因此影響他的錄取結果。
加藤回應並公開道歉
2012年10月31日，加藤嘉壹在日本和中國網站先後發表道歉聲明《道歉報告文》，文中說“我確實沒有考進東大，對此前的各種行為所造成的誤解給予道歉，今後會以自己的努力表達出自己正確的經歷，謝罪以及洗滌自己的汙名，是自己作為信息傳播者的責任”，但其道歉聲明未對《周刊文春》的其他質疑作出的解釋。。 當晚7時41分，他在微博上發布信息，承認此前言論中“放棄東大”“考入東大”“退學東大”的說法壹律不屬實。