第三季第二期中，郭敬明對於星際迷航的挑戰項目，質疑節目規則沒有講清楚造成誤解因而打錯分數，有自己的觀點和立場，但表達完自己的意見之後，也立刻補充說明壹分只是壹個誇張的說法，用來表達自己對剛剛賽制理解上的落差感，真如果理解規則後重新打分自己會打四分而不是五分。但因為時長關系，這些都沒有呈現在節目裏。對於鋼管叢林，郭敬明認為這壹節目不應來到最強大腦，而魏坤琳則表示這是腦力與體力結合的表現。而紮染密語中，魏坤琳因認為挑戰過於簡單，打出分數使挑戰者遭到淘汰，而郭敬明認為不應淘汰，首次開啟爆燈，但因張召忠的堅持，選手未能復活。最強大腦節目組的回應是：大家的激論都是基於認真負責的態度去對待比賽，為中國戰隊挑選最強的選手。
第三季第三期節目中，在光點美人壹項目被宣告淘汰後，魏坤琳與郭敬明激烈爭論，因為評分標準的不壹致，小四和叨叨魏的意見又產生了分歧。小四認為，之前靜止的光點挑戰項目中叨叨魏給了9分，而這次動態的光點項目卻只給了6分。叨叨魏則覺得小四的判斷很業余。而之後郭敬明因被魏坤琳喊像女孩兒被激怒，不管魏坤琳如何道歉，最終郭敬明離場。節目播出後，郭敬明在微博表示，因為個子矮小瘦弱，自己從小到大常被喊像女孩兒。但長大後，自己意識到“女孩”“女人”在任何情況下，都不應該成為羞辱對方的詞匯，並呼籲大家尊重女性平等。而魏坤琳也再次致歉：“再次向小四道歉，我壹時激動在臺上說了不恰當的話，我壹直都深感懊悔。科學需要敬畏，然而更應該敬畏的是自由爭論的權利！。”
“壹沙壹世界”到底難在哪兒?
陳智強當晚挑戰的是“壹沙壹世界”，該項目被水哥王昱珩譽為“本季最美項目”。陳智強需要在90分鐘內記憶88幅沙畫圖像，然後嘉賓現場劃定沙畫中5×5厘米，4×4厘米，3×3厘米的面積圖像，他最終選擇出對應的沙畫名稱。當晚的比賽中，在陳智強看完88幅沙畫，嘉賓選擇完畢後，所有沙畫限時內全部銷毀。關於這個項目的難度，Dr.魏解釋說，沙子顏色單壹，有效信息遠遠少於第壹季油畫碎片，很難提取信息。局座張召忠則提出，光線變化也會影響觀察。然而，陳智強在參賽時卻提出了難度更高的要求——這個16歲男孩居然主動提議，要根據1×1厘米圖像，找出沙畫名稱。陳智強執意要展示人類極限，最終他成功贏得“腦王”。