建築學家蘇雲軒是李正亭的好友，他的日本妻子秀子帶著大女兒蘇雅剛剛從日本回到北京。1948年的北平，守城的國民黨108師副師長接到密令，在北平主要的名勝古跡附近全部開掘出地道或暗室，並提前埋裝炸藥，北平壹旦失守，炸彈同時引爆。
到時候，***產黨接收的將是壹座死城。焦誌新與教授李正亭被重兵看守著趕繪北平名勝古跡結構圖紙，李教授為了不讓國民黨搶走圖紙犧牲了性命，焦誌新也很快被捕並遭槍決。焦誌新並未被子彈擊中要害，他死裏逃生返回藏匿圖紙的地方，卻發現圖紙已不知去向。
1950年建國第二個國慶節前夕，我公安機關接到潛入敵人內部情報員貓頭鷹提供的消息，國民黨軍統用解放前夕丟失的秘密圖紙準備在國慶節制造爆炸事件。焦誌新率領公安人員聯合“貓頭鷹”與敵人展開了壹場生死戰鬥。
密令1949角色介紹
馮秉堃，是壹名長期在敵方臥底的***黨特工，忍辱負重，深愛他的妻子林倩茹，卻由於自己的特殊身份，不得不忍受妻子的誤會，最後甚至眼睜睜地看著妻子死在敵人的槍口下，也與公安人員壹道破獲了特務們的陰謀。
林倩茹，是壹名表面上教會護士，實則也是***黨特工，但為了工作需要，彼此都不知道對方的真實身份，最後誤會導致死在敵人手裏。
蘇小雅，是壹名外表看似溫柔單純，實則是隱藏極深的間諜大頭目，她冷酷卻又敢愛敢恨，與焦誌新偶然邂逅而相互傾慕，進而相戀，最後因身份不同而分開。