蓋諾賽克特軍團來到了雪山深處、曾是其故鄉的地方。然而，三百萬年已經過去，該地已不適合定居。突然，雪崩到來，超夢出現並救下了五只中的四只蓋諾賽克特。超夢凝視著持有水柱卡帶的蓋諾賽克特，發現後者正在尋找自己的家園。而超夢未能救下的赤紅蓋諾賽克特突然出現，並對超夢展開攻擊，隨後蓋諾賽克特軍團離開。他們發現了自遙遠的地平線處出現的城市輪廓，並錯將其當作了自己的家園，隨即趕往了紐特市。
小智壹行人來到了紐特市，他們的導遊艾利克將他們帶到了自然公園——還未對外開放的神奇寶貝山莊中。在那裏，小智壹行很快與水柱卡帶的蓋諾賽克特成為了朋友。這時，赤紅蓋諾賽克特和閃電卡帶的蓋諾賽克特現身並認為小智正在傷害水柱卡帶的蓋諾賽克特，隨即發動攻擊，並強迫友好的蓋諾賽克特壹同攻擊。超夢尾隨而至，保護了小智壹行，蓋諾賽克特隨後離開。
當晚，蓋諾賽克特們開始入侵並控制神奇寶貝山莊，趕走了所有其他的神奇寶貝以構築壹個巨型的繭，並造成了城市電力系統故障。小智、艾莉絲和艾利克隨即深入地下，試圖檢修故障。嘗試失敗，壹行人進入了神奇寶貝丘陵，與友好的蓋諾賽克相遇。這只古生代神奇寶貝走到漂浮著歐露塔絲之花的池塘旁邊，解釋說這些花曾經在它們的家鄉綻放過。
事實證明，蓋諾賽克特們正在山莊內構築自己的新家。壹只原本居住於此的大力鱷向蟲繭和赤紅蓋諾賽克特發動了攻擊後被打飛，超夢再次出現將其救下。在勸阻無用後，超夢和蓋諾賽克特在紐特市市區展開了高速追逐。與此同時，原本居住於丘陵上的神奇寶貝們與火焰卡帶、冰凍卡帶、閃電卡帶的蓋諾賽克特開戰，赤紅蓋諾賽克特被迫回援。而友好的蓋諾賽克特為小智擋下了其他蓋諾賽克特的攻擊並昏厥。超夢同時與四只剩下的蓋諾賽克特對抗並占到了上風，但在其間蟲繭起火。
友好的蓋諾賽克特這時醒來，試圖撲滅火焰。其余的神奇寶貝們也壹起行動起來，同時保護著其余四只蓋諾賽克特不為火情所傷。這時，蓋諾賽克特們終於意識到其他的神奇寶貝們並非敵人，並將小智從即將塌落的大梁下救走。超夢和赤紅蓋諾賽克特的戰鬥仍在持續，前者被擊中倒下，後被小智救起。超夢和赤紅蓋諾賽克特再次動手之際，小智沖上前來擋在二者中間。就在這時，其余的四只蓋諾賽克特挺身而出站在了小智面前，並請求他們的首領罷手。然赤紅的蓋諾賽克特堅稱他們是自己的敵人，並再次開火，超夢擋下了攻擊，並用超能力將其帶上了太空。在對地球的美麗感到震撼的同時，赤紅蓋諾賽克特意識到所有的人類、神奇寶貝們都是自己的朋友。在外太空終是無法生存，二者開始極速跌落。在其余四只蓋諾賽克特和野生神奇寶貝們的努力下，它們借助壹個大水球接住了超夢和赤紅蓋諾賽克特。
晨輝照耀下，小智望向壹旁的池塘。註意到水中的歐露塔絲之花，小智聯想起先前於神奇寶貝中心見到的歐露塔絲之花的相片。艾利克帶著壹行人和蓋諾賽克特們來到了相片的拍攝地、歐露塔絲之花自然生長的地方——阿爾薩斯公園（アルサス自然公園，暫）。蓋諾賽克特們在這裏再次開始搭建自己的繭。超夢感謝小智為蓋諾賽克特們找到了自己的家園，超進化為百萬超夢Y飛走。