鄭州東站由主站房和站臺雨棚組成。主站房采用地上三層和地下二層結構形式，並設有商業夾層。
車站地面首層為地面層，分別由出站通道、售票廳、設備和商業用房以及停車場組成；二層為站臺層，由線路、站臺和線側的基本站臺、候車廳組成；三層為候車廳層；四層為商業夾層，平面呈U型；地下首層和地下二層為城市軌道建築。