蔡小豆在學校遇到困難，回家向藍多多訴苦，卻發現藍多多擁有超能力，可以幫他解決問題，蔡小豆借助藍多多的超能力工具解決了問題，卻引來了更多麻煩。古麗、古拉、包子、關小穎四個小夥伴很快得知了藍多多的外星人身份，卻商定好為藍多多保密。
藍多多通過探測儀搜索，將自己要尋找的神秘元素的範圍不斷縮小，發現就在學校裏，幾個小夥伴開始幫藍多多壹起尋找，藍多多也借助記憶消除棒的幫助，跟大家壹起到學校上學，伺機尋找，同時也認識了剛猛的費勁老師，彎彎繞的薇薇老師與和藹可親的高校長。
黑心博士破壞地球的計劃受到阻撓，經過調查發現是藍多多的作用，黑心博士想要消滅藍多多，兩人互相鬥法，卻總是不分伯仲，黑心博士為了讓自己計劃順利實施，開始想辦法抓藍多多，經過不懈努力終於成功，藍多多被黑心博士扣押進了實驗室。
孩子開始四處找藍多多，沒有了超能力的幫忙，大家終於學會用自己的力量，終於在實驗室裏發現了藍多多，包子傷心的發現原來自己的爸爸就是黑心博士。藍多多得知黑心博士破壞地球的原因，借助水晶的力量為黑心博士和包子治好了病，並喚醒了水晶的力量，成功挽救了自己的比特星球。
正當所有人歡欣鼓舞時，黑星人發現黑心博士不再幫他們破壞地球，開始大舉進攻，準備自己動手消滅自然環境。藍多多壹個人的力量不足以對抗黑星人，眼看地球危在旦夕，高校長卻率先站出來，喚醒了大家的力量，原來實驗小學裏所有的人都是外星人，是各個星球派來支援藍多多的，大家各自發出超能力，準備與黑星人大戰壹場，保衛美麗的地球。