1972年3月19日，埃及航空763次航班於越南墜毀，機上30名乘客全部遇難。
1976年12月25日，當埃及航空864次航班的駕駛員嘗試調整下降速度失敗後，墜落於泰國曼谷壹工業綜合設施。機上52名乘客中有20名喪生，地面亦有另外72人喪生。
1985年11月24日，埃及航空648號班機，壹架波音737-266客機（編號：SU-AYH）被三名來至尼達爾組織（Abu Nidal Organization）的男子劫機至馬爾他盧加。Omar Rezaq為當中唯壹生還的劫機者。經過數小時的談判，埃及軍隊強行攻入機艙，與劫機者駁火，期間劫機者引爆幾枚手榴彈並槍殺了5名以色列人及美國人。飛機於爆炸及火中受到嚴重破壞。最後，6名機員中有2名死亡，91名乘客中亦有58名被殺。
1999年10月31日，埃及航空990號航班，壹架來往紐約甘乃迪國際機場及開羅的波音767-366客機（編號：SU-GAP）墜落於楠塔基特島對出的大西洋水域。機上203名乘客和14名機組人員（4名飛行員和10名服務員）合計217人無人生還。該航班的副駕駛員埃爾巴圖迪（Gameel Al-Batouti）被美國有關當局指他進行自殺，蓄意將飛機撞毀。但埃及官員已對有關說法提出強烈質疑。
2002年5月7日，埃及航空843次航班，壹架由開羅飛往突尼斯的波音737-566客機（編號：SU-GBI），在降落迦太基國際機場途中，墜毀於約6公裏外的山區，3名機組人員及11名乘客死亡。
2016年03月，壹架遭劫持的埃及航空公司客機29日在塞浦路斯拉納卡機場降落 。
埃及航空從亞力山卓飛往開羅的班機遭劫持。這架航班的代碼為MS181。路透社消息，埃及航空公司發言人稱，埃及航空從亞力山大飛往開羅的班機遭劫持。機上載有55名乘客，航班降落在塞浦路斯的拉奈卡。
飛機在起飛後不久的當地時間早上8點30分遭到劫持，20分鐘後飛機降落在塞浦路斯。