故事發生在2027年，地球的資源已經消耗殆盡，4個由軍人領導的政府——國會、包豪斯、三島和帝國——瓜分著世界的統治權，發動著連綿不斷的戰爭。
米奇·亨特是隸屬於國會政黨的士兵，在壹次行動中，他無意中破壞了壹枚古代石頭封印，可怕的敵人被釋放出來，那是如僵屍壹般渾身腐爛的邪惡突變怪物。這群數量達百萬的突變怪物讓已經破敗不堪的地球雪上加霜。領導者甚至打算放棄地球獨自逃命，棄無數無辜的人們於不顧。
從突變怪物的襲擊下死裏逃生的亨特，遇見了“兄弟會”的頭領薩繆爾，後者擁有壹本古代書籍《編年史》。書中預言到突變生物的出現，以及將有壹群人“傳遞者”將最終毀滅它們。亨特加入了薩繆爾的隊伍，壹行人冒險潛入黑暗世界的中心拯救世界。他們不但要對抗大批的歹徒，同時還要面對不死的突變怪物的襲擊……
變異編年史是壹部典型的蒸汽朋克電影。