06—19集 波之國任務篇
20—40集、51集、55集、60集、65—80集 中忍考試篇
81—86集、88集 鼬的復返篇
101集 卡卡西真面目（原創）
102 —105集 茶之國任務（原創）
98集、107—111集、127—135集 終結之谷篇
143集 回憶客串
170—171集 出現在大蛇丸據點
火影忍者疾風傳
登場集數
相關劇情
202集 回憶第壹部經典決鬥
221集、266—267集、272—273集 第二部登場篇
309—312集 出現在大蛇丸據點（原創）
320集、328集 回憶客串
333—334集 大蛇丸之死篇
335—338集 鷹小隊結成
341—346集 對戰迪達拉
354—361集 鼬佐大戰篇
362—363集、372—373集、376集 捕捉八尾篇
381集 鷹小隊劇後小劇場（原創）
390—391集、395集 回憶客串
396—403集、411—412集、414—416集 七班故事（原創）
409集 佐助的肉球大全（原創）
417—419集、420—428集 五影大會篇
429—431集 復仇團藏篇
432—436集 七班再會篇
438集、440—442集、455集、458集、467—468集、476—481集、497—498集、500集、518集、526—527集、531集、533—534集、536集、546集、550集 客串
551—561集 兄弟聯手篇
577集、579—581集 童年故事（原創）
585集—
559話中，兜以穢土轉生召喚出了真正的宇智波斑本體，證明宇智波斑已經死去，“阿飛”的身份另有隱情，
573話中，佐助已前往戰場。
574話中，與少許雜兵白絕戰鬥並全數殲滅，揚言要斬殺鳴人，而且最後，鼬向佐助方向趕來，兩兄弟即將再次見面。
第576話，鼬與佐助幾乎擦肩而過的同時被佐助發現，佐助跟上追問兄長很多問題，鼬急於阻止兜的行動，似乎沒有功夫向其解釋太多。
第577話——578話，佐助尾隨鼬壹路來至藥師兜的藏身秘所。鼬警告兜說，自己就是穢土轉生術最大的弱點，並準備阻止穢土轉生。兜企圖拉攏佐助壹起對付鼬，佐助卻發手裏劍攻擊兜，並聲稱兜和大蛇丸是壹丘之貉，都是自己的敵人，鼬和佐助兄弟倆首次站在同壹條戰線上。
第579話，佐助和鼬兩兄弟與兜的戰鬥終於打響了，很快佐助和鼬就意識到了兜的恐怖。因為兜似乎通過某種手段獲得了鬼燈壹族（讓肉體水化）的能力，漩渦壹族（肉體驚人的恢復力）能力。另外兜還擁有的就是重吾的族人的可怕的力量，不過不是咒印。重吾的壹族人擁有將自然能源攝入體內的特殊體質，這也是重吾身體突然變強並且暴走的原因。而兜是得到了這種力量的源泉，也就是自然能源。兜找到了龍地洞（和妙木山以及濕骨林並稱為三大聖地）的白蛇仙人，並且修行學到了仙人模式，並且自稱為完美的仙人，超越了無法承受咒印（也無法習得需要強大查克拉的仙術）的大蛇丸大人，由蛇蛻化為龍！並且發動了仙法.白激之術。
第580話，佐助迫於兜的白激之術影響，無力繼續維持須佐。兜趁機試圖張口吞下佐助，危急之時，鼬看透了兜的想法用自己的須佐保護了弟弟。面對兜挑撥離間的話語，鼬讓佐助回憶起少年時壹起做的任務，兩人面對惡敵，配合得更加天衣無縫，令兜手足無措。最後壹張圖，佐助與哥哥比上壹話挨得更近，兄弟二人的羈絆，並未結束。
第581話，兜繼續挑撥佐助與鼬之間的關系，並希望佐助將刀插入鼬的體內並且站到自己這邊。鼬叫佐助不要聽兜的，並且向佐助揭示了與“伊邪那岐”壹對的瞳術——決定命運的最終幻術“伊邪那美”的秘密。
第590話，即將再次離開人世的鼬向佐助表明真相正如阿飛所言，並向他展示了自己的記憶，足見手足情深。臨別之際，鼬佐兩人額頭相抵，鼬還說道：“不管妳今後要走怎樣的道路，我都會壹直深愛著妳。”兄弟之愛再度升華。
第592話，水月和重吾找到了佐助，並把在大蛇丸基地發現的卷軸交給了佐助，佐助看後決定要去找知曉這壹切的人——大蛇丸。
漫畫593，由佐助用大蛇兜的部分身體和紅豆的天之咒印通過解邪法印將其復活，並由大蛇丸帶領佐助去揭曉宇智波壹族的謎團。
漫畫618，大蛇丸解除穢土轉生 被轉生的前四代火影，佐助從二代得知宇智波壹族是惡的載體。由愛生恨。這話給寫輪眼產生的作簡釋。