主角Kung Lao（康郎）在Raiden（雷頓，也可以說是雷神）的幫助下成功擊敗了Shang Tsung（山水），阻止了Shao Kahn（嘯康）通過Mortal Kombat 10連勝來入侵地球的計劃。
山水由於失敗所以被嘯康驅逐到地下熔爐工作，不過山水對此是相當憤怒的，他要找康郎報仇，在地下熔爐他認識了Jade（珍妮特），獲得了壹只具有魔力的蠍子，當時康郎和壹個女孩戀愛，但女孩父親是個武館的老大，他看不起康郎低微的身世便處處阻撓，他手下有壹個大弟子叫Siro（席洛），讓他來保護他女兒，但是席洛和康郎又是朋友，所以席洛很為難。
有壹天席洛和老大的女兒遭到強盜偷襲，康郎的突然出現幫助了席洛，不過三個盜賊只抓到壹個女賊，名叫Taja（妲甲），然後三人回到武館，可是這時山水已經用蠍子殺死了武館的壹個弟子並把蠍子附在他身上，那個弟子從此變成了惡靈Scorpion（就是蠍子的英文），蠍子利用康郎和席洛對他的信任毫不猶豫出賣了他們，讓老大知道康郎和他女兒偷情，制造完混亂後蠍子開始大開殺戒，也牽涉到被抓來的妲甲，妲甲和康郎、席洛壹起打敗敵人，可是蠍子偷襲康郎，老大女兒為了保護康郎自己去當肉盾，結果死了，老大臨死前也發現自己其實壹直以來都錯了，所以為了彌補過錯他把自己的壹間老房子送給了康郎、席洛和妲甲三人，然後和女兒壹起死了。
接下來講的大部分都是山水怎麽用詭計去陷害康郎、席洛和妲甲三人，嘯康也聯合了龍葵組織，龍葵派出了他們最優秀的戰士sub-zero（絕對零度）去對付康郎他們。不過康郎也遇上了嘯康的養女Kitana（吉塔娜），吉塔娜知道嘯康是殺死她父親的真正兇手，所以多次暗地幫助康郎他們。
有壹個地下種族叫Reptile（蜥蜴），他們的首領為嘯康辦事，也有壹個跟山水壹樣邪惡的巫師名叫Quan Chi（拳癡），由於康郎多次壞了他的好事所以他要對付康郎他們（應該說壞了他手下幾條妞的好事，那些妞找拳癡出馬，可是拳癡也對付不了康郎）。
嘯康意識到吉塔娜的背叛就派出吉塔娜的妹妹Mileena（米麗娜）去假裝吉塔娜陷害康郎，最後還是被發現了。拳癡聯合過山水壹起對付康郎，但在快要成功的時候由於兩人各懷鬼胎所以導致內戰收場。絕對零度和蠍子發生了爭執，由於蠍子的手下殺死了絕對零度的妹妹，他壹怒之下也殺死了蠍子的手下，蠍子到龍葵去問罪，絕對零度索性連龍葵也背叛了，最後和蠍子打了壹架後消失了，龍葵派出了Smoke（煙霧）去把絕對零度抓回來。
其實中途拳癡的那班女手下找過Noob Saibot來幫忙，可是Noob在裏面太弱了被康郎輕松打敗，裏面也出現了壹個能和嘯康對抗的魔女王後，她的出現讓嘯康感到煩躁，女王也曾經拉攏過康郎他們，可是康郎知道幫助她打敗嘯康只不過是讓壹個女嘯康出現所以拒絕了。後來珍妮特加入了女王的部隊反抗山水，還解開了山水師傅的封印，山水的師傅原本是教導山水去對付嘯康的，誰知山水為了壹個魔女背叛他，把他封印起來，如今師傅出來了狠狠地教訓了壹下徒弟，不過在魔女的幫助下山水再次站起來打敗了他師傅並重新封印起來。
到最後女王的勢力日益壯大，她成功招攏了爬蟲壹族為她辦事，還打倒了山水把他困在籠子裏，接下來她要抓住康郎給他兩個選擇，壹個是為她辦事另壹個是不要阻礙她把他困住，不過在雷頓的幫助下康郎逃脫出來並聯合其山水壹起打敗了女王。
可是最後時刻嘯康派出了他最強的死靈部隊，這些死靈是不死之身根本沒法打贏，同時嘯康還收買了妲甲的壹個好友讓她引誘康郎他們來到自己的神壇前，隨著女王、吉塔娜、爬蟲、山水、拳癡都被惡靈殺掉，雷頓與嘯康單挑也失敗了，康郎、席洛、妲甲最後被死靈部隊包圍了。