1、性質不同
特定疾病指有特別規定或特別約定的疾病，特指的是壹類疾病；特殊疾病指長期需藥物維持治療，但又不需住院治療，經藥物維持後身體向好，但壹旦停藥則病情向逆的某些疾病。
2、是否頒布
特定疾病有文件明確規定的，是有關部門頒布目錄的病癥，特殊疾病是沒有關部門頒布目錄的病癥。
3、部分藥物限制
如在醫保規定內有的藥物只有特定的疾病可以使用並報銷。
擴展資料：
特定疾病種類：
A計劃特定疾病
1、重度惡性腫瘤
B計劃特定疾病
1、重度惡性腫瘤；
2、冠狀動脈搭橋術；
3、心臟瓣膜手術；
4、重大器官移植術或骨髓移植術；
5、神經外科手術。
特殊疾病：
腎功能衰竭病人的透析治療，腎臟、肝臟、心臟瓣膜、造血幹細胞移植術後的抗排異治療，糖尿病，系統性紅斑狼，高血壓，冠心病，腦血管意外後遺癥，支氣管哮喘、慢性支氣管炎伴阻塞性肺氣腫、慢性肺心病，精神病，結核病，類風濕性關節炎，帕金森病等等。
參考資料：
參考資料：