1921年冬天，19歲的馬本齋經朋友的介紹，加入了東北軍張宗昌的部隊。入伍的第壹天，馬本齋領到壹支六五式步槍。他琢磨射擊要領，爬冰臥雪，壹練就是幾個鐘頭。槍法越練越準。當時，軍中多是目不識丁的文盲。馬本齋粗通文墨。半年後，被提升為班長。不久，又被提升為排長。
1922年，馬本齋被選送到"東北講武堂"學習。在那裏，他受到了幾乎殘酷的軍事訓練，掌握了較為系統的軍事知識。
1924年9月，馬本齋從講武堂畢業，被提升為連長。回到部隊，適值第二次"直奉戰爭"爆發。他被任命為擔負後勤運輸的"杠子營"營長。
1928年春，馬本齋率"杠子營"隨劉珍年的部隊開到膠東萊陽。在壹次戰鬥中，馬本齋運用強攻和奇襲相結合的戰術，取得了勝利，被任命為團長。後來，隨軍駐防膠東牟平壹帶。1928年，張宗昌被蔣介石的北伐軍擊敗。其將領劉珍年乘機脫離張部，割據膠東。馬本齋所部歸劉珍年節制。
1929年1月，少師張學良易幟擁蔣。自成體系的劉珍年在山東戰勝張宗昌、褚玉良聯軍後，於同年5月接受蔣介石任命，任獨立21師師長。馬本齋任該部第四團團長。
劉珍年所部並非蔣介石嫡系，政工人員中有不少是***產黨員。李楚離、曾希聖、張霖之等都曾在該部任職，劉珍年的胞弟、政治處長劉錫九也是中***地下黨員。馬本齋通過與地下黨員聯系，了解到在中國這塊土地上，尚有真心實意為窮苦人謀利益的黨派和軍隊。
1930年，由於21師的高級軍官向蔣介石告密，劉珍年只得將已暴露身份的中***黨員和進步分子"禮送出境"。馬本齋同中***外圍組織的聯系因而中斷。
1931年9月，日本關東軍發動"九·壹八"事變，侵占了東北全境。東北軍執行蔣介石絕對不抵抗的密令，壹槍未發撤到關內，把東北數千萬父老鄉親置於日軍的鐵蹄之下。蔣介石已制訂"先安內，後攘外"的基本國策，忙於"圍剿"紅軍;山東的韓復榘、劉珍年均各懷鬼胎，只圖自保。在這樣的情況下，馬本齋的慷慨義舉自然招致了上司的蠻橫訓斥。
不久，馬本齋被免去團長之職，改任煙(臺)威(海)汽車路局局長(仍為軍職)。1932年秋，劉珍年在蔣介石嚴令催逼下，率部離開其經營多年的老巢膠東，開往南方"剿***"。馬本齋遂毅然棄官離職，回歸故鄉。
折疊奔向光明
1937年7月7日，盧溝橋事變爆發，日本侵略軍很快侵入他的家鄉河北獻縣壹帶，燒殺淫掠，無惡不作。馬本齋隨即在家鄉組織回民抗日義勇隊，奮起抵抗日本侵略軍。
1938年初馬本齋率隊加入河北遊擊軍，編為冀中回民教導隊。1938年4月，所部改編為冀中軍區回民教導總隊，他任總隊長。
馬本齋在抗日戰爭中體會到了***產黨的偉大和無私，他決心加入中國***產黨。他在入黨申請書中寫道:"我甘心情願把我的壹切獻給偉大的中國***產黨，獻給為回族解放和整個中華民族的解放而奮鬥的偉業。"1938年10月，馬本齋光榮地加入了中國***產黨。
1939年，回民教導總隊改編為八路軍第三縱隊回民支隊，馬本齋任司令員。1942年8月，回民支隊奉命到達冀魯豫抗日根據地，他被任命為冀魯豫軍區第三軍分區司令員兼回民支隊司令員。改編後的回民支隊，在他的率領下，戰鬥力不斷提高，隊伍迅速發展到2000多人，成為八路軍冀中軍區野戰化較早的壹支能征善戰的精銳部隊。
1939年日寇掃蕩華北，馬本齋領導的回民支隊在河間、青縣、滄縣地區轉戰，並在各大清真寺幫助"回民抗戰建國會"組織伊斯蘭小隊，開展敵後遊擊戰爭。在日寇對冀中根據地的掃蕩中，與八路軍主力縱隊和賀龍、關向應率領的120師協同作戰，消滅土匪武裝第六路。
1940年的康莊戰鬥中，馬本齋指揮部隊從四面八方向侵略軍猛烈進攻，半小時的戰鬥，除六、七個偽軍逃跑外，其余50余人全部殲滅。這壹次戰鬥，繳獲大炮壹門，重機槍壹挺，輕機槍兩挺，步槍60余支，馬10余匹，以及許多彈藥。
折疊母子英雄
1941年7月，馬本齋運用遊擊戰，對盤據在河間縣城壹帶的日寇實施嚴厲打擊，日寇縮在據點裏不敢出來，隊長山本還給周圍據點下了道命令:"百人以下的隊伍，不準走出據點大門。"日本侵略軍為消滅回民支隊，於1941年8月27日，日本侵略軍抓走了馬本齋的母親白文冠，企圖逼降素有孝子之名的馬本齋。同時，以馬母為誘餌，誘使馬本齋率部來救，以乘機消滅回民支隊。日本侵略軍用種種手段，逼迫馬母給馬本齋寫勸降信。但是，深明大義的馬母寧死不屈、義正辭嚴地拒絕敵人:"我是中國人，我兒子當八路軍是我讓他去的。勸降?那是妄想!"馬母絕食7天，以身殉國，時年68歲。回民支隊指戰員紛紛請戰，要為馬母報仇。馬本齋沈痛地寫下誓言:"偉大母親，雖死猶生，兒承母誌，繼續鬥爭!"
折疊冀中血戰
1942年，冀中抗日環境急劇惡化。從春季開始，日偽軍頻繁在回民支隊活動的建國、交河、獻縣壹帶"清鄉"、"掃蕩"，給回民支隊造成很大的困難。馬本齋在極端困難的情況下，率領隊伍打伏擊，襲據點，英勇奮戰。5月1日，日軍集中5萬步兵，800輛汽車及部分坦克和騎兵，在華北派遣軍司令官岡村寧次的指揮下，對冀中根據地進行空前規模的大"掃蕩"。為了減輕日偽軍對我中心區的壓力，回民支隊奉命打泊鎮，襲交河，轉移視線。爾後戳破鐵壁合圍的口袋陣，跳出日偽軍的包圍圈，勝利轉移到冀魯邊區。
折疊威震山東
1942年9月，回民支隊奉命開赴魯西北，並於10月到達目的地。部隊到魯西北後，馬本齋被任命為冀魯豫軍區第三軍分區司令員兼回民支隊司令員。從此，回民支隊作為第三軍分區的主力部隊，打據點，鬥漢奸，廣泛開展借糧鬥爭，擔負起了保衛、鞏固和發展魯西北抗日根據地的艱巨任務。
由於八路軍主力部隊轉戰外地，日偽軍趁機對革命根據地進行大掃蕩，抗日鬥爭形勢十分嚴峻。馬本齋選擇威脅最大的日偽軍，各個進行擊破。盤踞在魯西北地區的齊子修部，明裏是國民黨保安旅，暗裏是日偽治安軍，馬本齋帶領回民支隊和軍分區基幹團對其進行了狠狠打擊，極大地震懾了日本侵略軍。在冠縣，日偽軍多次推行"治安強化運動"，挖封鎖溝，修炮樓，安據點，實行"分割"、"囚籠"政策，使抗日武裝鬥爭受到限制。馬本齋指揮回民支隊和軍分區基幹團，先後攻打了田寨、趙固、二十裏鋪等據點，又組織群眾把20多千米的封鎖溝全部填平，使南北抗日根據地連接起來。
折疊以身殉國
1944年2月，回民支隊接到命令，開赴陜甘寧邊區。在長期的戰爭生活中，馬本齋營養不良，積勞成疾，突發急性肺炎，1944年2月7日在山東省莘縣不幸病逝於冀魯豫軍區後方醫院(今河南濮陽縣小屯村)，終年43 歲。