清康熙十九年（1680年）庚申六月某個夜間，泗州城被淮河溢出的洪水所吞沒，後雖經多次搶救，但水患難以根除，危城如巢卵，到康熙二十五年（1686年），黃淮再度大水，泗州城終於永沈水底，至今已三百多年了。泗州始建於北周宣帝大成元年（公元579年），當時北周政府為加強泗水（古水名，發源於山東沂蒙山，流經徐州、宿遷、泗陽註入淮河）運道和南北漕運的管理，在今泗陽縣鄭樓鄉古城村境內的廢黃河畔建城設治，由於倚泗水而建，故稱“泗州”。這是歷史上的第壹座泗州城，第壹個泗州治。
到隋大業元年（公元605年），煬帝開通濟渠，歷史上稱汴渠又稱南汴。此河由洛陽帝宮西苑至洛口入黃河，自板渚引黃河水，經開封、商丘、靈壁、夏丘至臨淮（今盱眙縣城淮河對岸、非今臨淮鎮）入淮。大運河的興起，使泗水的漕運逐漸衰敗，泗州城也必然失去了當年的作用和繁華景象，變得壹片蕭條。
為加強通濟渠的管理，加速物資中轉，唐開元23年(公元735年)，徙泗州府於汴河口的東岸，即與臨淮縣城（該地始築於唐貞觀年間、704年設縣）隔河相望。這裏溯淮而上可通濠梁、穎壽、信陽諸州府，順淮而下，可抵淮陰、山陽（今淮安），經運河可直達長江。到此，泗水之濱的泗州城結束了它156年的歷史，向南遷移了190裏，開始了它的新歷程。
北宋景德3年（1006年），徙臨淮縣治於徐城驛（今泗洪臨淮鎮），泗州遂成為跨汴河兩岸的重鎮。隔河與淮河南岸的盱眙縣城相望，相距5裏許。
據《泗州誌》載：泗州在州境極南，面長淮對盱山，城肇於宋，舊有東西兩城，皆土築，明初始更磚石為之，合為壹城。周長九裏三十步（約合4245米），城墻原高二丈。嘉靖36年（1557年）遭倭寇圍攻，後加高至二丈五尺。據《泗虹合誌》載，泗州***五座城門，東門有回龍橋，西門有永寧橋，南門仿嶽陽樓制，巍然壯觀。在南門與西門之間開壹門曰香花門，北門名朝闕樓。泗州城諸門皆有水關，西門金剛渡，北門鐵窗欞。為防洪，城外還建有6道月城，6道月門，月門像雙閘門套閘壹樣，城外發大水時，先堵住月門，行人從月城堤上出入。這種形式的古城在國內是罕見的。鼎盛時期城中有街道15條，巷道34條，橋梁16座，有州衙、都察院等官衙建築11處，儒學署和各種書院8處，醫學建築2處，郵傳、驛館等建築15處，鐘、鼓樓各1座，寺、廟、庵、祠等建築53處，還有壇、堂、亭、閣12處，表、坊、碑碣等21處。城區有居民9000余戶，36000余人，房舍密集，交通便利，商賈雲集，是壹座繁華的港口城市。泗州城的變遷及水漫泗州。