在父親通康的時代，由於河野通直無子，有意收女婿村上通康為養子繼承，但是卻受到河野壹族重臣的強力反對，因為河野家臣團多是傾向由予州分家當主河野通存之子通政為繼，雙方為此幾近兵戎相向，史稱「來島騷亂」，最後是豐後大名大友義鑒出面調解，通直退讓隱居，由河野通政繼位當主，但是通政不久即病故，遂以其弟通宣繼承，後來通宣娶了伊予高仙城主河野通吉的遺孀，遂以其子牛福丸為繼承人，由於通吉生前為了河野氏宗家和予州分家的和諧多次奔走，同時擅長內政在領民中威信很高，所以河野家的主權至此終於確認。此外根據近年部分日本學者的研究，多年來被認為是河野通存之子通政，很可能是河野通直之子，而來島騷亂其實是掌握兵權的女婿與擁有正統血脈的嫡子間的爭端。
不論如何此壹爭端的結果，對村上通康並無益處，家中主權從主家傳到分家，再從分家傳到分家的分家，就是身為河野通直直系血親的自己完全沒份，盡管在通康壹代，這股怨氣並未發作，但卻傳承到了其子通總身上，雙方君臣關系自此惡化。