（加粗文字表示特別篇，帶“◆”表示動畫原創） 001 雲霄飛車殺人事件 （前期成員第壹次到齊） 003 偶像密室殺人事件 004 大都會暗號地圖事件（少年偵探團正式成立並第壹次破案） 005 新幹線大爆破事件 006 情人節殺人事件
◆ 012 步美綁架事件（少年偵探團的成員配備阿笠博士制作的臂章） 014謎樣的訊息狙擊事件 015 消失的屍體殺人事件 017 百貨公司挾持事件◆ 020 鬼屋殺人事件 033 偵探團生還事件◆ 036 周壹晚上7：30分殺人事件◆ 049 外交官殺人事件（後篇） 050 圖書館殺人事件 059 首次跑腿殺人事件◆ 063 大怪獸哥美拉殺人事件 073 少年偵探隊遇難事件◆ 080 放浪畫家殺人事件◆ 081 當紅藝人綁架事件（前篇） 082 當紅藝人綁架事件（後篇） 086 誘拐現場特定事件 091 搶匪住院事件 095 小五郎約會殺人事件◆ 107 鼴鼠星人之謎事件（前篇）◆ 108 鼴鼠星人之謎事件（後篇）◆ 109 偵探團大追蹤事件◆ 112 帝丹小學7大離奇事件 119 假面超人殺人事件◆ 123 天氣預報小姐綁架事件◆ 126 旅行劇團殺人事件（前篇）◆ 127 旅行劇團殺人事件（後篇）◆ 129 來自黑暗組織的女子 大學教授殺人事件（灰原哀加入少年偵探團） 130 競技場無差別脅迫事件（前篇） 131 競技場無差別脅迫事件（後篇） 135 消失的兇器搜索事件◆ 136 青色古堡探索事件（前篇） 長大後的少年偵探團
137 青色古堡探索事件（後篇） 138 最後上映的殺人事件（前篇） 139 最後上映的殺人事件（後篇） 140 SOS！步美傳達的訊息◆ 146 本廳刑事戀愛物語（前篇） 147 本廳刑事戀愛物語（後篇） 148 路面電車急剎車事件◆ 156 本廳刑事戀愛物語2（前篇） 157 本廳刑事戀愛物語2（後篇） 162 飛天密室 工藤新壹最初的事件 163 月與星與太陽的秘密（前篇） 164 月與星與太陽的秘密（後篇） 165 少年偵探團消失事件◆ 176 與黑暗組織的再會（灰原篇） 179 咖啡店貨車闖入事件◆ 182 九門大搜索◆ 183 危險的處方箋◆ 188 危命的復活 洞窟中的偵探團 189 危命的復活 負傷的名偵探 192 危命的復活 新壹回來了 194 意味深長的八音盒（前篇） 205 本廳刑事戀愛物語3（前篇） 206 本廳刑事戀愛物語3（後篇） 209 龍神山汽車墜落事件◆ 212 蘑菇、山熊和偵探隊（前篇） 213 蘑菇、山熊和偵探隊（後篇） 225 生意興隆的秘密◆ 230 迷壹樣的乘客（前篇） 231 迷壹樣的乘客（後篇） 233 無法消失的證據（前篇） 234 無法消失的證據（後篇） 242 元太的災難 246 陷入網中的謎團（前篇） 247 陷入網中的謎團（後篇） 252 圖畫中的綁架犯◆ 257 世間奇妙的天罰◆ 258 來自芝加哥的男人（前篇） 259 來自芝加哥的男人（後篇） 266 情人節的真相（事件篇） 269 犯罪的紀念品（前篇） 270 犯罪的紀念品（後篇） 273 提問婆婆失蹤事件◆ 276 警察手冊丟失事件◆ 279 瘋狂足球迷（前篇） 280 瘋狂足球迷[1]（後篇） 281 年幼的目擊者◆ 289 迷途森林的光彥（前篇）
290 迷途森林的光彥（後篇） 294 愛與決心的粉碎（前篇）◆ 295 愛與決心的粉碎（後篇）◆ 301 惡意與聖者的行進（前篇） 302 惡意與聖者的行進（後篇） 303 回來的受害者 304 震動的警視廳 1200萬人質 312 染上夕陽的布偶（前篇） 313 染上夕陽的布偶（後篇） 321 消失的綁架逃逸車（前篇）◆ 322 消失的綁架逃逸車（後篇）◆ 329 金錢買不到的友情（前篇） 330 金錢買不到的友情（後篇） 335 東京現影所的秘密（前篇） 336 東京現影所的秘密（後篇） 346 尋找屁股上的印記（前篇） 347 尋找屁股上的印記（後篇） 348 愛與幽靈與地球遺產（前篇）◆ 349 愛與幽靈與地球遺產（後篇）◆ 352 釣魚大會的悲劇（前篇）◆ 353 釣魚大會的悲劇（後篇）◆ 358 本廳刑事戀愛物語5（前篇） 359 本廳刑事戀愛物語5（後篇） 360 不可思議的春甲蟲◆ 363 都市的烏鴉◆ 366 顯而易見的碼頭慘劇（前編） 少年偵探團之足球賽
367 顯而易見的碼頭慘劇（後編） 369 跟隨者的懸念◆ 370 失而復得的遊戲軟件◆ 373 劇毒蜘蛛的陷阱◆ 374 星星和香煙的暗號（前篇） 375 星星和香煙的暗號（後篇） 376 限時15時◆ 377 桃太郎解謎之旅（前篇）◆ 378 桃太郎解謎之旅（後篇）◆ 390 本廳刑事戀愛物語6（前篇） 391 本廳刑事戀愛物語6（後篇） 394 奇異屋宇的大冒險（封印篇） 395 奇異屋宇的大冒險（機關篇） 396 奇異屋宇的大冒險（解決篇） 401 寶石強盜現行犯（前篇） 402 寶石強盜現行犯（後篇） 403 不可思議的天使之館（前篇）◆ 404 不可思議的天使之館（後篇）◆ 409 同時進行的舞臺表演和誘拐行動（前篇）◆ 410 同時進行的舞臺表演和誘拐行動（後篇）◆ 411 神社鳥居的驚人暗號（前篇） 412 神社鳥居的驚人暗號（後篇） 414 追逐青鳥的偵探團◆ 418 糀町閣樓的房屋◆ 421 銀杏葉色的初戀（前篇） 422 銀杏葉色的初戀（後篇） 423 偵探團與青蟲4兄弟◆ 425黑色的沖擊！黑色組織魔爪伸來的瞬間（這集在開始片花裏出現了壹下） 427 充滿神秘的上學之路（前篇） 428 充滿神秘的上學之路（後篇） 435 以偵探團為焦點的專訪（前篇） 436 以偵探團為焦點的專訪（後篇）（班主任小林澄子老師申請成為偵探團的顧問） 440 極限賽車表演◆ 442 被鋼筋阻止的男人◆ 443 嘆氣拾潮（前篇） 444 嘆氣拾潮（後篇） 453 因緣與友情的試映會 454 顛倒的結尾（前篇） 455 顛倒的結尾（後篇） 459 怪人 循規蹈矩的男人◆ 460 1年B班大作戰 461 消失的壹頁◆ 466 堅不可摧的雪人（前篇）
467 堅不可摧的雪人（後篇） 468 池塘邊的奇怪事件◆ 472 工藤新壹少年時的冒險（前篇） 473 工藤新壹少年時的冒險（後篇） 476 元太的必殺射門（前篇） 477 元太的必殺射門（後篇） 481 山妖婆婆的利刃（前篇） 482 山妖婆婆的利刃（後篇） 483 消失的巡警◆ 488 電視臺的惡魔 501 紅與黑的碰撞 嫌疑 502 紅與黑的碰撞 潔白 503 紅與黑的碰撞 決死 507 KTV包房的死角（前篇） 509 紅白黃色與偵探團 510 柯南vsW暗號之謎 515 怪盜KID的瞬間移動魔術 518 明治維新神秘之旅（探索篇）◆ 519 明治維新神秘之旅（解讀篇）◆ 524 討厭的藍色火花（前篇） 525 討厭的藍色火花（後篇） 533 呼喚過去的傷痕 534 新的傷痕與吹口哨的男人 535 舊傷痕與刑警之魂 536 消失的名畫的秘密◆ 542 讓魚兒消失的壹角巖（前篇） 543 讓魚兒消失的壹角巖（後篇） 549 回轉壽司之謎（前篇） 550 回轉壽司之謎（後篇） 551 犯人是元太的父親（前篇） 552 犯人是元太的父親（後篇) 554 鸛的探索之旅(蘭追蹤篇)◆ 555 鸛的探索之旅(陽菜追蹤篇)◆ 563 偵探團VS強盜團(騷亂) 564 偵探團VS強盜團(沈默) 565 沒有看見的目擊者◆ 568 白鳥警部，櫻花的回憶(前篇)
569 白鳥警部，櫻花的回憶(後篇) 571 妖怪倉庫中的奪寶戰鬥(前篇) 572 妖怪倉庫中的奪寶戰鬥(後篇) 577 螢火蟲點亮的真相◆ 578 召喚危機的紅色兇兆(前面部分） 583 小林老師之戀 584 白鳥警部的失戀 585 跨越時空的櫻花之戀 586 黑暗中消失的麒麟之角 587 基德vs四神偵探團 591 水族館之家 597 蒸汽密室的劇本(前篇) 598 蒸汽密室的劇本(後篇) 606 法庭的對決Ⅳ審判員是小林澄子（前篇）◆ 607 法庭的對決Ⅳ審判員是小林澄子（後篇）◆ 614日記演奏的秘密（前篇） 615日記演奏的秘密（後篇） 622 緊急事態252（前篇） 623 緊急事態252（後篇） 624 初戀的視頻信件 名偵探柯南 怪盜基德夏日祭 怪盜基德忙碌的約會 名偵探柯南 怪盜基德夏日祭 公主殿下愛魔術 629．PV攝影事件（前篇）◆ 630．PV攝影事件（後篇）◆ 631．花時鐘知道壹切◆
OVA版
OVA1- 柯南 VS 基德 VS 阿劍！寶刀爭奪大作戰! OVA2-16個嫌疑犯 OVA3-柯南與平次與消失的少年 OVA5-目標是小五郎!少年偵探團秘密 報告 OVA7-來自阿笠的挑戰書!阿笠vs柯南vs少年偵探團 OVA8-女子高中生偵探·鈴木園子的事件簿 OVA9-十年後的陌生人 OVA10-怪盜基德孤島決戰 OVA11-來自倫敦的絕密指令
劇場版
Movie1-引爆摩天樓 Movie2-第十四個目標 Movie3-世紀末的魔術師 Movie4-瞳孔中的暗殺者 Movie5-通往天國的倒計時 Movie6-貝克街的亡靈
Movie7-迷宮的十字路口 Movie8-銀翼的魔術師 Movie9-水平線上的陰謀 Movie10-偵探們的鎮魂歌 Movie11-紺碧之棺 Movie12-戰栗的樂譜 Movie13-漆黑的追蹤者 Movie14-天空的遇難船 Movie15-沈默的15分
劇場版特典
M09特典－水平線上的毛利小五郎 M10特典－柯南感恩十周年 M12特典—工藤新壹 迷之墻和黑色拉布犬事件 M13特典—新壹與蘭 七夕節與麻將牌的回憶 M14特典—通往大阪什錦煎餅艱險之路（後面壹小點） M15特典—新潟 東京禮物狂想曲
魔術快鬥
02怪盜基德忙碌的約會 03公主殿下愛魔術
青山剛昌短篇集
《少年偵探團7分鐘特輯》
特輯
追尋迷壹樣的水星怪獸
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