電影開頭介紹了主角猿凱撒的由來，凱撒的母親被當做基因公司的實驗體，用於治療人類神經萎縮類疾病研發的壹種藥品做研究。基因科學家威爾-羅德曼在凱撒母親身體內註入藥物後，她的瞳孔中有綠色的斑點，被當做實驗體時已經懷孕，繼而這種藥物也影響了凱撒的基因，可以提高猿的智力發育，凱撒壹出生就註定不平凡。還是嬰兒的凱撒被帶到威爾家中時，威爾的父親患有嚴重的老年癡呆癥，威爾為了救父親，選擇給父親註入這種新藥物，驚喜的是藥物產生了意想不到的效果，父親痊愈並且智商有提高。驚喜的同時也開始對凱撒進行全方位的觀察和研究，在和凱撒相處的5年中他得出了結論是，可能對人類是病毒的藥物在猿族身上不會反應出病變。
影片結束播放字幕後出現的劇情，人類被病毒感染，乃至全球病變，這是對人類的懲罰。