巴伐利亞出自Bayuwaren，是羅馬帝國統治該地時羅馬人給予該地的名稱。大約於520年法蘭克人也提及此名。在8世紀早期聖蔔尼法斯完成將該地的人改信天主教。從此巴伐利亞壹直相信羅馬天主教，16-17世紀巴伐利亞抗拒宗教改革，而且還仍然堅持相信羅馬天主教。
大約由550年至788年，阿芝諾芬家族統治巴伐利亞公國，直至最後壹位公爵泰西羅三世被查理大帝罷黜為止。在接著的400年有很多家族統治公國，很少家族能傳至第三代。而那些公爵中最後亦是最重要的壹位，就是韋爾夫王朝的獅子亨利，亦是慕尼黑的建城者。
當獅子亨利被他侄子腓特烈壹世罷免薩克森與巴伐利亞公爵的名銜之後，在1180年，巴伐利亞被給予維特爾斯巴赫家族作為封地，從此巴伐利亞由1180年直至1918年都是在維特爾斯巴赫家族統治下。1255年巴伐利亞第壹次分裂成若幹數個公國，但在1506年巴伐利亞再被統壹，而慕尼黑也成為唯壹的首都。1623年三十年戰爭早期巴伐利亞公爵取代了他們的表親普法爾茨公爵獲得了神聖羅馬帝國內強大的選帝侯名銜，從那時起不但決定了巴伐利亞擁有選舉德意誌國王和神聖羅馬帝國皇帝的權利，而且獲得在帝國法律之下的特別正式地位。 第壹次《巴黎和約》（1814）之後，巴伐利亞馬上將蒂羅爾北部和沃拉爾堡割讓給奧地利，在維也納和會期間，它還割讓了薩爾茨堡的更大壹部分和因河地區，得到維爾茨堡，阿沙芬堡，萊茵河左岸的帕拉廷地區，黑森-達姆施塔特，豪斯魯克和福爾達修道院作為補償。但是隨著法國的崩潰，對奧地利由來已久的恐懼和嫉妒卷土重來，在列強忽視了巴伐利亞對巴登繼承權的要求的情況下，巴伐利亞只有在得到帕拉廷在萊茵河右岸部分才同意這些讓步（1816年4月16日的《慕尼黑條約》規定的）。問題在此公開化了，雙方關系仍然很緊張，大聯盟當局施壓才制止了戰爭爆發。在埃克斯和會（1818）中，巴登的繼承權以有利於霍赫貝格家族的方式解決了，沒有提到在《慕尼黑條約》中提到的補償；在四強國1819年7月20日簽署的《法蘭克福條約》中，巴伐利亞和奧地利的領土爭端得到了解決，盡管前者提出抗議，領土安排主要是按維也納的意思制定的。巴伐利亞得到了壹小塊領土，將本土和帕拉廷連結起來，而巴伐利亞軍隊負責駐守美因茨的邦聯要塞。
同時在1817年2月1日，蒙特格拉斯被解職，巴伐利亞進入了憲政改革的新時代。這與下臺的首相的歐洲政策壹脈相承。在新的德意誌邦聯中，巴伐利亞擔負起了對抗奧地利和普魯士的諸小國的守護者責任，蒙特格拉斯夢想著巴伐利亞能在南德意誌建立像普魯士在北德意誌那樣的霸權。王儲推行自由主義憲法和對巴登提出宣稱權的政策得到民眾的廣泛支持，而對於前者，蒙特格拉斯直到被解職前也絕不做出讓步。
1818年5月26日，新憲法頒布。國會包括兩院：第壹院由大世襲地主，政府官員和王位繼承提名者組成；第二院由很少的選民選舉產生，包括小地主，市民和農民的代表。在附則中還保證宗教自由和新教徒的安全，這些讓步被羅馬以違背之前不久簽署的《政教協定》為由宣布無效。憲政改革的試驗並未達到王室的期望，國會召開後壹些議員的激進主義——最極端的就是要求軍隊向憲法效忠——引起了國王的極大警惕，他向奧地利和德意誌求助，希望采取任何他們建議的鎮壓措施。但是普魯士拒絕參與任何爭辯，而認識到生死存亡依賴於國王的國會也放低了調門，馬克西米連在去世前也壹直維持著模範立憲君主的形象。1825年10月13日，他的兒子路德維希壹世繼位。路德維希是壹個開明的藝術科學贊助者，他將蘭茨胡特大學遷到了慕尼黑。他以自己追求宏大的建築品位，將這座城市建成歐陸最美麗的城市之壹。他統治早期踐行自由主義和改革精神，尤其是在行政和財政方面，但是1830年革命讓他壹驚之下轉向反動，國會對其建築和藝術品的大規模投資的反對更加強了這個傾向。1837年，教宗至上主義者隨著卡爾·馮·阿貝爾（1788-1859）成為首相而掌權。耶穌會現在也占了上風憲法的自由主義條款都被修訂或刪除了，新教徒被驅逐出境，遭到壓迫，出版檢查委員會熱心於禁止任何對國內政治的自由討論。這種整體的崩潰不是由於大眾的反感，而是出於路德維希對神職人員反對他的婢女，羅拉·蒙特茨影響的憎恨。1847年2月17日，阿貝爾由於其出版的備忘錄中提及反對將愛爾蘭女人羅拉扶正的提議而被解職，新教徒格奧爾格·路德維希·馮·毛勒取代了他。新政府批準了兩人結婚，但是這導致了大學中教宗至上主義者的教授參加的暴亂。這些教授被剝奪教職，國會被解散，11月27日，政府也被解散了。羅拉·蒙特茨被封為蘭茨菲爾德女伯爵，她成為了國家的主宰，新首相，歐廷根-沃勒斯坦的路德維希親王（1791-1870）盡管努力通過鼓吹泛德意誌愛國主義取得自由派的同情，但壹直無力建立穩定的政府。他的內閣被稱作“羅拉政府”，1848年2月，受到巴黎消息（1848年法國革命）的鼓舞，反對女伯爵的暴亂爆發了。3月11日，國王將歐廷根解職，3月20日，認識到輿論已經轉而反對自己，路德維希退位給兒子馬克西米連二世。
在退位前，路德維希於1848年3月6日發布了壹項聲明，許諾巴伐利亞政府將致力於德意誌的自由和統壹事業。出於對這種精神的信仰，馬克西米連接受法蘭克福中央政府的權威，在12月19日還認可對德意誌議會通過的法律的傳播。但是此時普魯士而非奧地利才是敵人。在弗雷德裏克·威廉四世拒絕接受王位中的時候，馬克西米連得到了巴伐利亞國會的支持。由於支持將奧地利排除出邦聯的新德意誌憲法，他實際上走向了本國人民意願的對立面；但是在此之前，革命的後臺已經崩潰，在導致1851年普魯士在奧爾米茨受辱的壹系列事件和舊邦聯重建的背景下，巴伐利亞通過與奧地利修好而維護了自己的安全。
在1866年的戰爭之前壹直主導巴伐利亞政界的反普魯士政策的靈魂人物就是卡爾·路德維希·馮·德普福爾滕男爵，他於1849年4月19年起擔任外務大臣。他對德意誌內部保持權力均衡的終極解決方案設想是“三頭平衡”，其中萊茵蘭諸國的聯盟是比奧地利和普魯士都更強大的制衡力量。在國內事務中，政府推行壹種比德意誌其他地方稍為溫和的反動政策，這仍然導致1854年之後與國會的鬥爭，這在1859年3月27日普福爾滕政府被解散才結束。他的繼任者是卡爾·弗萊赫爾·馮·施蘭克·馮·諾青（1806-1884），壹位曾任巴伐利亞在邦聯國會代表的有自由主義傾向的官員。他發動了重要改革，包括將司法機關和行政機關分離，頒布新刑法。在外交事務上，施蘭克與前任壹樣，致力於維護巴伐利亞的獨立，支持用宏觀引導取代邦聯憲法，巴伐利亞作為純粹的德意誌國家的領袖，將維持普魯士和奧地利的平衡。巴伐利亞因此反對普魯士重組邦聯的提議，馬克西米連最後壹批法案中就有壹部是缺席參加1863年皇帝弗朗西斯·約瑟夫在法蘭克福召開的諸侯會議。
馬克西米連的兒子路德維希二世於1864年3月10日即位，時年18歲。政事最初受施蘭克和普福爾滕把持。施蘭克不久就退休了，巴伐利亞政府發現為了維護其在普魯士關稅同盟中的地位，有必要加入普魯士於1862年與法國的貿易條約。在復雜的石勒蘇益格-荷爾斯坦因問題中，巴伐利亞在普福爾滕的指導下壹直反對普魯士，在奧古斯塔堡公爵弗雷德裏克的支持下偏向這兩個小國，反對德意誌兩大霸權的政策。最終在1866年的戰爭中，盡管俾斯麥力圖保證巴伐利亞的中立，它還是積極與奧地利合作。 普魯士迅速取得的勝利和俾斯麥明智的溫和政策使巴伐利亞對普魯士關系和整個德意誌問題政策的看法產生了徹底的轉變。根據《布拉格條約》第六款中規劃的南德意誌同盟從未成立；而且盡管普魯士為了不引起法國的警惕，反對南部各邦加入北德意誌聯邦，巴伐利亞（和其他南部諸邦壹樣）與北方的聯系在參加士組織的攻守同盟成立後得到了加強，該聯盟是拿破侖在帕拉廷要求做出“補償”的結果。條約簽訂於1866年8月22日，同日兩國也正式達成和議。巴伐利亞在此正式放棄了獨立的願望，法國從此“不必有求於巴伐利亞”了。在普法戰爭期間，巴伐利亞軍隊在普魯士王太子的率領下向德意誌的公敵發起進攻。提議普魯士國王威廉壹世即帝位的正是路德維希二世國王。
1870年11月23日巴伐利亞與北德意誌聯邦簽署的條約早已為此埋下了伏筆。因此盡管巴伐利亞成為德意誌帝國的壹部分，它還是享有比其他諸邦更多的獨立主權。它保留了獨立的外交，軍事管理，郵政，電報和鐵路系統。該條約於1871年1月21日得到巴伐利亞內閣的批準，盡管遭到所謂的“愛國黨”的激烈反對。而1870年對教廷無誤論的宣傳引起的文化爭端更使敵對升級。伊格納茨·馮·多林格任教的慕尼黑大學成為反對新教義的中心，而傳統的天主教徒則得到政府和國王的保護。驅逐耶穌會的聯邦法律於1871年9月6日在巴伐利亞頒布，而且驅逐對象在1873年還加上了至聖贖罪主修道會。1871年3月31日，巴伐利亞還批準了大量北德意誌聯邦的法律——其中最重要的就是新刑法，它最終於1879年在巴伐利亞生效——這更拉近了它與德國其他地區的聯系。但是得到國內天主教徒極大同情的愛國黨仍然很強大，它壹直得到國王的支持，但接連的自由主義政府阻止它在國會中施加強大影響。他們在1887年之前壹直是國會中的主流，最終組成了中央黨，仍然是凝聚力最強的黨派。
路德維希二世對建造宮殿的熱情使國用日絀，他在1886年6月10日被宣布為精神病患者，他的叔叔，盧特伯德親王成為攝政。三天後的6月13日，他被發現死在施塔恩堡湖中。他是自殺，意外死亡還是被蓄意謀殺現在都沒有答案。但是當時的報道是自殺，今天此說也被廣泛接受。由於路德維希的弟弟，奧托壹世國王也是精神病患者，盧特伯德親王繼續攝政。
1871年以後，巴伐利亞分享了整個德國高速發展的紅利，但是基於對普魯士傳統的民族和信仰敵對的獨立主義從未消失，盡管它以壹種無害的外表示人，最激進的行為不過是1900年頒布的禁止公***建築在皇帝生日那天懸掛除巴伐利亞旗幟以外的其他旗幟的禁令，而且這項禁令後來也沒修訂，允許巴伐利亞和帝國旗幟並排懸掛。盧特伯德親王於1912年去世後，他的兒子路德維希親王繼任攝政。壹年後，路德維希廢黜了他的侄子奧托，自立為巴伐利亞國王路德維希三世。第壹次世界大戰期間，路德維希的長子，魯普雷希特指揮巴伐利亞軍隊，是德國軍隊在西線的壹支支柱力量。
***和政府在1918年11月起義中取代了王室政府。臨時國務委員會主席庫爾特·艾斯納於1918年11月7日宣布巴伐利亞為自由邦。