柯南（配音：小原乃梨子）
故事的男主角，戰後生還者在殘留島上的後裔，在荒島上長大的野孩子，有優於常人的體能，例如在水中長時間活動的能力、強勁的跳躍力、高速地奔跑、敏捷的反應，但僅憑雙腳的腳趾頭也能使出驚人的力量（片中他的腳趾握力甚至比雙手還強）。武器是魚槍。個性剛強勇敢，率直善良。 拉娜（配音：信澤三惠子）
故事的女主角，由於爺爺是太陽能專家拉歐博士，所以被工業島從海哈巴上擄走，後來被柯南在殘留島海邊上發現而成為夥伴。擁有超能力，能與同樣有超能力的爺爺作心靈感應。外表柔弱其實內心堅剛，不向絕境屈服。 金錫（配音：青木和代）
柯南的好友，同樣是野孩子，擅長捕獵陸上的動物，是柯南的好搭檔，個性同樣是勇敢善良，但帶點輕率，饞嘴。誌願是飼養小豬。 孟斯莉（配音：吉田理保子）
戰後生還者，後在工業島成長並為三角塔效力。初時忠心執行任務，遇上柯南後，慢慢對行動產生懷疑，後來背叛雷普卡成為柯南的夥伴。性格剛強能幹，指揮能力不讓須眉，內心有溫柔的壹面。 戴斯（香港另譯泰斯）船長（配音：永井壹郎）
巴拉克號船長，個性輕浮愛美女，見風轉舵的小人物，不過仍有正義感。與柯南等經歷多次冒險後成為夥伴。 雷普卡（配音：家弓家正）
野心家，目標是掌握最高的權力，誓要找出拉歐博士，因此派人擄走拉娜以要脅他合作，為達目的不擇手段，最後敗於柯南等人手下。爺爺（配音：山內雅人）
與柯南壹起生活的老人，原本是從地球逃走的宇宙船的船長。柯南稱呼他“爺爺”，真實名字不詳。 拉歐博士（配音：山內雅人）
太陽能專家，戰爭逃難時因意外毀容，變成禿頭獨眼，連孫女拉娜也認不出他。有心靈感應及預知能力，深知戰爭的禍害及盲從科學的可怕。為拯救工業島上的人們甘願落入雷普卡手上，因而受盡折磨，最後雖被救但已是油盡燈枯，不久便死去。尚（配音：中村武己）
拉娜的姑丈。梅莎（配音：齊藤昌）
拉歐博士的女兒尚的妻子。拉娜的姑姑。就像拉娜的母親般照顧她。