安政元年末期,故事便是由此刻拉開了幃幕……
手冢良仙和手冢良庵這對父子是江戶城內少有的外科醫生，同時也是城內為數不多的以“蘭方醫”自居的醫生。而對女性有強烈喜好的兒子良庵便是劇中的主人公了。
同樣劇中的另壹主人公伊五谷萬二朗，此時為了繼承父親引退後的工作，成為了江戶府中潘的家臣。每天的卯時，以江戶都城的鼓聲為號，全城的36道大門便會依次而起，開始江戶生活新的壹天。就在萬二朗起程進城經過“三百坡”時，兩人第壹次碰面了。“像女人壹樣的家夥”這就是當時萬二郎對良庵的第壹映像吧。
某天，當正在獨自練功的伊五谷萬二郎由同伴口中得知北辰壹刀流創始人千葉周作去世的消息後，震驚之余便當下作為學員前去拜忌，但因為拜忌時言語中的不妥而遭到玄武館師範清河八朗的不滿。於是兩人決定壹較高下，壹陣激鬥之後萬二朗慘敗，並且手臂負傷。但也由此產生了良庵與萬二朗的再壹次“親密接觸”。
良庵因受萬二朗母親之托，前來醫治萬二朗。但萬二朗因為對“女人”樣的良庵抱有成見，所以斷然拒絕。最後在良庵“叫醫生來，卻無法看病，是有損醫生尊嚴的事！”以及萬二朗傷情惡化，加之城內的外科大夫只有良庵壹人的情況下，萬二朗總算是讓良庵為他做了外科手術。同時，這也是良庵的第壹次做外科手術（被萬二郎的父親誤認為良庵是在拿他兒子當人體實驗）。
當晚良庵回到家後收到了從大阪寄來的，有名的“蘭方醫”緒方洪庵的適塾入學書，當下高興的手舞足踏。就在此時，因為良仙在外為人們做“種豆”（即打疫苗），而引起了屬於“漢方醫”的禦醫多齊誠齋的不滿。前來上門尋事，正巧良仙此刻並不在家。多齊誠齋便欲對良庵之母發難，此刻良庵出面大罵了多齊誠齋壹番並將其從屋裏趕了出去。此時正是安政元年10月，距江戶改名為東京之前十四年的秋天。致此，第壹集《三百坡》結束。 安政二年二月。
良庵和萬二朗因為都是去探望同壹個女人--善正寺的阿世小姐而再次相遇。良庵是因為要去大阪讀書而前來向阿世道別，並希望她壹同前去。同時萬二朗也隱約向阿世表示了好感。話別出了寺廟後不久，良庵突然遭到禦醫多齊誠齋所派刺客的襲擊，幸得萬二朗解救。而被萬二朗所殺的兩具屍體竟是萬二朗在玄武館的學長，於是引發了武館內學長們的不滿，強烈要求以道場方式向萬二朗決勝負。結果萬二郎只壹擊，就擊敗了學長拓實。出於維護武館的名譽，清河八朗決定對外宣稱已殺死萬二朗以平眾怒，並讓他暫時先躲壹下，但被萬二朗拒絕。無奈之下，清河八朗決定對萬二朗痛下殺手之前。正巧此時被稱為“鬼鐵”的片岡鐵太郎出現，並向八郎保證將帶萬二郎去別的地方（其實，片岡鐵太郎和清河八朗是因不忍殺萬二朗，所以才演了這出戲）。而此時，良庵也向家人壹壹道別後乘船出發前往大阪。第二話，《良庵出帆》完結. 萬二朗被山岡帶到了水戶藩江戶屋敷，當時倍受年青人敬仰的藤田家。而兩人在聽了藤田的壹番話後，就被其獨特的思想所折服。此時，經過壹個月的旅途，良庵終於到了大阪。本因直接前往適塾的他卻因為女色而到了曾根崎新地，卻也因此認識了藝妓“十三奴”。但由於十三奴突發盲腸炎而無法接客，幸為良庵為其暫時止痛。可是因為自己是“蘭方醫”，而十三奴的盲腸炎屬於內科，是歸“漢方醫”所管。所以良庵雖想為十三奴看病，但卻不被“漢方醫”和當時的幕府所允許。可是由於請來“漢方醫”的無能與專橫卻導致了十三奴病情的進壹步惡化，任憑良庵如何像“漢方醫”解釋病因都被不於理睬。眼看著痛苦難當的十三奴，情急之下良庵決定自己為十三奴動手術。但在手術前終因自己的信心不足而始終未敢動手，結果只能眼睜睜地看著十三奴死去。“真希望在遇見妳的時候，已經學會用手術刀了……”此時的良庵兩眼流著眼淚，心中如此想著。安政二年三月，對“蘭方醫”而言還是個等待有更好醫術的時代……
第三話，<<曾根崎新地>>完結