工藤新壹來到倫敦，並第四次恢復身體，並且第壹次向毛利蘭正面表白；同時工藤夫婦知道灰原哀是APTX4869的研發者。
622-623
阿笠博士被綁架，片尾灰原哀再次對沖矢昴表示強烈懷疑。
646-651
自稱偵探的世良真純登場，並轉入帝丹高中；之後在柯南平次偵探對決中，茱蒂、卡邁爾在看到世良的照片後表示世良“很像某個人”，而詹姆斯則壹眼看出世良是女孩子。
656-657
世良在第壹眼看到博士上傳的視頻時就發現了博士眼鏡片中印出來的灰原哀的影子，並向光彥、元太打聽了“博士家的小女孩”（即灰原哀）、鄰居（即沖矢昴）的情況，可見她對灰原有很大興趣。並對著沖矢昴的窗戶說：“我還以為是誰隨隨便便地住進來了呢，不過現在看起來真是杞人憂天了啊……”最後世良將視頻中意外拍到的灰原影像在電腦中刪除。
667-668
自稱偵探的安室透登場，在事件解決完畢後自願成為小五郎的弟子。
671-674
沖矢昴脫口而出的壹句“不要露出那種表情”，似乎讓灰原感到相當在意。
貝爾摩得給波本打了電話，同壹時間沖矢、世良和安室正在接聽電話，波本似乎就是這三人其中之壹。
675-676
世良似乎對新壹早就有了解的樣子，並對灰原也表現出興趣。世良表示自己認識壹個“從來不笑的人”，在註意到傷疤秀壹的存在後對其相當關註。
灰原回想起沖矢的那句“不要露出那種表情”，和曾在組織臥底的諸星大（即赤井秀壹）的用語十分相似。
681-683
安室透為高木的指導警官伊達航掃墓，暗示兩人曾是朋友。
684-685 灰原的舉動和二人對話表明，沖矢的頸部隱藏著某個秘密。
690-691 沖矢昴舉止可疑，雖然證實脖子上無異樣，但卻沒有說話，並眾人離開後左手拿出之前藏起的梳子。世良在房間中發現了女性線索，沖矢因此被懷疑真實身份，後根據柯南的敘述得知“女性線索”很可能為工藤有希子所留。沖矢昴得知柯南真實身份。最後世良含淚回望柯南和蘭，說：“果然我是個壞孩子呢。”
699-700 世良問小蘭阿笠博士的車子顏色，假裝在群馬縣與柯南偶遇，並試圖讓柯南通過她的手機與灰原哀聯絡，而步美等人困在被兇手縱火的小木屋中，灰原為了幫助大家逃生而服下APTX4869解藥暫時恢復，世良對光彥拍下的視頻中的宮野誌保非常驚訝，另外此段視頻也被安室透、沖矢昴通過網絡看到。
701-704 黑衣組織通過宮野誌保手上的“鈴木特快號”神秘列車戒指票，知道其將乘坐神秘列車。於是貝爾摩德假扮成傷疤赤井潛入鈴木特快號，並確認雪莉就在車上。貝爾摩德給灰原哀發去聲明要取其性命的短信，灰原離開包廂並受到侵入其手機的沖矢昴“到我的領地來”的邀請。世良在列車上遇見了貝爾摩德假扮的赤井秀壹，喊了他“秀哥”後被電暈，但被沖矢昴帶回了世良的包廂。貝爾摩德扔掉了工藤有希子的變裝工具，並引發排煙裝置，安室透配合謊稱車上發生火災，引乘客逃離避難。柯南給有希子打電話，誘騙貝爾摩德未離開包廂，並在說穿怪盜基德身份後委托他假扮成宮野誌保進入最後客車廂。安室透出現，對“宮野誌保”說出自己的組織代號波本，以及之前的傷疤赤井是自己假扮，目的是為了調查赤井的生死，也因此確認了赤井的死亡。安室透將“宮野誌保”逼入最後壹節車廂，身後突然出現無疤赤井，向車廂連接處扔了壹枚手榴彈，車廂脫離後貝爾摩德引爆了炸彈，怪盜基德乘滑翔翼逃離。列車停靠後貝爾摩德發現雪莉未死，但沒有告訴組織其他成員。安室透對赤井之死產生懷疑，準備重新調查。沖矢昴露出與赤井秀壹相同的眼神。
706 安室透發現柯南使用麻醉針的動作。貝爾摩德勸安室離開毛利，安室拒絕並稱對“沈睡的小五郎”產生興趣。
723 安室透救少年偵探團於險境，沖矢昴通過樓上的窗戶目送他離開。
724-725
727-728
世良重提“神秘列車”上帽子丟失的事情，詢問小蘭有沒有見到“傷疤赤井”，言語間透露出這頂帽子對她的重要性和對認為“已去世”的哥哥秀壹的思念。
柯南問世良：“妳該不會和我（在哪裏見過）……”，但由於發現屍體而打斷。小蘭在看著世良匆匆跑遠的背影不由自主地說出“波浪”，並對園子說“看著世良跑走的背影，耳邊總會響起海浪漣漪的聲音”。案件結束後柯南悄悄問世良：“妳和我在哪裏見過嗎？”但世良未正面回答，並在心裏想：“很抱歉，現在還不能告訴妳，因為還沒到時候……”