平治元年(1159)發生“平治之亂”，平清盛取得京都政權，源義經之父源義朝戰敗逃亡，翌午1月4日在尾張被謀殺。接著，平清盛大肆搜捕源義朗的子女，妄圖斬草除根。
義朝之妾常盤懷中抱著牛若(義經，壹歲)，手牽今若(七歲)和乙若(五歲)，冒著寒風大雪潛逃。大雪落在鬥笠上，狂風卷起她的衣袖；懷中的義經呱呱地哭著要吃奶；雙手牽著的今若和乙若無力再走了，在號陶大哭。常盤在這家破人亡、饑寒交迫的情況下，為保存源氏的壹脈血統，踩著積雪踉蹌地在田野裏拼命逃跑。她好不容易逃脫乎清盛的搜索網，來到大和宇多郡龍門，投靠伯父。但是後來老母被捕，逼她說出常盤的下落，常盤為母免於拷問，毅然向京都當局(六波羅)自首。
平清盛早就聞得常盤美貌，要想壹睹廬山真面目，這次壹見果然名不虛傳，大為中意，便忘記她是敵人之妄，要想納她為妾並進行勸說。
為了三個孩子的性命，“即使肉體的節操交給仇人，內心的節操還是屬於義朝的”，她這樣想著便答應了。她向平清盛保證，三個孩子分別養育，長大後做和尚。
義經在母親身邊養到四歲，因其非凡的智慧使平清盛感到害怕。正好此時和常盤養的女兒廊出世，平清盛便說“和敵人的兒子壹起撫養總覺不好”，將四歲的牛若(義經)送到山科的鄉村。義經在山科養到七歲，常盤為了實現自己的諾言，將義經送到山城國鞍馬山寺出家，但沒有削發。常盤養了廊以後，好色的平清盛對他冷淡起來了，不到二年常盤被下賜給大藏卿藤原長成。
在鞍馬山寺，義經白天用功讀書，夜裏到僧正谷跟大天狗學武藝，還跟鬼壹法眼學“六韜三略”。壹心想打倒乎氏為父報仇的義經，就這樣勤學苦練壹天天地度過，至16歲時他已成為壹個文武雙全的英俊青年。就在這壹年(1174)，義經受到黃金商人吉次的勸誘，3月3日離開鞍馬山，在武土陵助重賴陪同下投奔奧州的藤原秀衡。
奧州藤原氏擁有陸奧、出羽兩國，勢力強大，當時是藤原氏第三代秀衡的治下。他為鎮守府將軍，東日本第壹大豪族，奧州儼然成為壹個獨立王國。秀衡很賞識義經的才華，對他十分優待，在平泉自己的府第附近給他壹所邸宅。義經在秀衡的庇護下迅速成長為壹名傑出的武士，直到22歲的那壹年(1180)才離開秀衡出征。
源義經的異母兄源賴朗(義朗的第三子)，在父親義朗被殺的時候還只有12歲。當初平清盛要殺他，清盛的繼母池撣尼因他很像自己夭折的兒子家盛，請求饒命，總算免於壹死，被流放到伊豆的短小島，受到北條時政的監祝。治承四年(1880)8月17日，源賴朝奉以仁王討伐平氏的命令，得到時政支援，糾合東國(關東諸國)的源氏家人在伊豆起兵。
9月，在平泉的義經聞得兄賴朝在伊豆起兵，立即響應出征，藤原秀衡曾加以勸阻，但不能打消火熱的復仇決心。秀衡只得派佐藤繼信、忠信兄弟隨從保護，讓他出征。
在奧州兩勇士的保護下，義經到達駿河黃瀨川的家，10月21日在這裏會見兄賴朝。賴朝在富士川打敗平維盛率領的乎家軍後昨天(20日)剛到這裏。兄弟兩人壹見面，賴朝就援引義家、義光兄弟的故事(“後三年之役”源義家同清原武衡、家衡開戰時，義家之弟義光辭退兵衛尉的職務到奧州幫助兄打仗)，激動得流淚。從此兄弟兩人合力攻打平氏，誓為父報仇。乎氏被源義仲趕出京都以後，吸收西國(關西諸國)壹帶的武士，在攝津的壹谷建設根據地，準備奪回京都，開始恢復昔日的勢力。
1184年(元歷1)1月20日，義經、範賴聯軍在近江的粟津打死源義仲，進入京都。同月26日又奉賴朝之命進軍平氏的根據地——播磨的壹谷。範賴的主力軍從京都沿海岸進攻壹谷，義經的輔佐軍從京都繞過丹波，從後面進攻壹谷。2月5日義經軍發動夜襲，在丹波的三草山打敗平資盛。接著2月7日早晨4點鐘義經帶領70多人翻過鶴嶺，從背後襲擊。在前後夾攻下，立即攻下壹之谷。平氏在壹之谷戰敗後，平宗盛挾持幼小的安德天皇逃往贊歧(香川縣)的屋島。
文治元年(1185)2月17日，義經領兵250人渡攝津的渡部津，次日到達阿波。19日上午8點攻打屋島，平氏措手不及，放火燒毀屋島，敗走海上。戰敗的平氏軍逃至長門彥島，在平知盛指揮下繼續抵抗。3月2日義經在壇浦(今山口縣下關市)發動海戰，最後全殲平氏軍，八歲的安德天皇帶著神望、寶劍投海，活捉平宗盛
父子(平清盛死後由平宗盛繼承平氏事業)，報了不***戴天的殺父之仇，史稱“壇浦之戰”源平兩氏長期抗爭的局面就此結束。
文治元年(1185)4月11日義經消滅平氏的消息傳到鐮倉，四天後(15日)源賴朝立即對家臣下達文件，凡不經許可擅自做官(指接受朝廷任命的官職)的，沒收領地並處以斬罪。這是對義經的恐嚇，因為義經曾接受朝廷的任命，擔任左衛門少尉和檢非違使。
賴朝根據福原景時從九州送來的假報告，知道義經以殲滅平氏的功勞自居，士兵都很怕他，而且在他下面的家臣犯壹點小錯誤就要擅自嚴懲，不經賴朝批準。對賴朝來說，義經不過是自己手下的家臣，您意懲罰部下是侵犯自己的權力。還據說壇浦之戰勝利後，義經進駐九州，奪取自己授予範賴的九州軍政大權，發布軍政命令。這些越權行為嚴重觸犯武家法規，即使是兄弟也不能原諒。
4月29日賴朝給義經部下的田代信綱等下達密令，讓他們與義經絕交。還給福原景時寫了同樣內容的信。義經知道這個消息十分驚楞，急忙送上誓無異心的效忠書。
5月15日義經帶了乎宗盛父子凱旋回鐮倉，但是賴朝只接受俘虜，不準義經進鐮倉。在這樣沈悶的空氣下，翌日義經的仆人跟賴朝的妹婿壹條能保的仆人發生了壹起小沖突，賴朝認為這是義經的傲慢表現，心中更加惱怒。
實際上賴朝對其弟義經早就瞧不起了，輕視義經出身低微。賴朝認為自己的母親是熱田神宮大官司的姑娘，出身官家，又被父親認作嫡子。而義經則母親是雜仕(下級宮女)，娘家無官位，所以不把義經看作自己的弟弟，而是看作家臣。如春和元年(1181)7月在鶴岡八幅宮的上梁儀式上為表彰木匠授與馬的時候，讓義經去牽馬。在賴朝看來義經應受自己支配，不能超越家臣這壹界限。但是由於義經戰勝乎氏，名聲大振，更加增強了賴朝嫉妒之心。
然而義經沒有壹點怨言，在相模的腰越寫了著名的“腰越狀” (藏於神奈川滿福寺)，將它送給公文所別當大江廣元，想以最後的哀訴來表達自己對賴朝的忠心。其中說自己以甲胃為枕、弓箭為業的真正心意只是想平息先父亡靈的憤怒，實現夙，並無他意；擔任朝廷所賜的官職不是為自己的利益，專為源氏的繁榮。
不管義經如何掏出心來表白，還是不能打動賴朝的心，不讓他進鐮倉。6月9日義經只好回京都。接著賴朝便收回了過去賜與義經的平家充公領地24處。
10月17日賴朝派土佐坊昌俊行刺義經，但沒有成功。10月25日賴朝親率大軍討伐義經，義經本想抵抗，但因大家害怕賴朝不敢幫助，只好離開京都逃往四國。不幸在大物浦遇大風，船只大部分沈沒，義經及其叔父源行家等數人乘小船逃至和泉。此時義經壹行只有愛妾靜、武藏坊辯慶等五人。他們逃人吉野山中，後因搜捕日益緊急，給靜許多金銀讓她回京都。義經則躲在奈良興福寺，伺機逃往奧州。
文治三年(1187)2月，義經壹路飽嘗辛苦攜帶妻女逃至奧州，隱藏在藤原秀衡的地方。雖然朝廷兩次下令責向秀衡，但他毫不介意。然而1187年10月29日秀衡病死，臨終時留下遺言——後嗣泰衡和國衡要和睦，以義經為大將，兄弟合力討伐賴朝。
秀衡的願望落空，泰衡屈伏於賴朝的懷柔和威脅，最後於文治五年(1189)閏4月30日派兵攻打衣川的高館。那天泰衡家的長崎太郎率領500多人殺到，開始了高館大戰。義經方面只有十多人，眾寡不敵，家臣陸續戰死。家臣辯慶身負重傷，到義經的地方作最後告別，然後回到戰場壯烈犧牲。此時義經自知非死不可，走進持佛堂，左腋挾住妻子的頭說：
“先我壹步，讓我們壹起去冥府吧!”壹面念著“南無阿彌陀佛”壹面將妻子的頭砍掉，然後殺死四歲的女兒，自己也切腹自殺。
義經切腹時用自幼不離身的6寸7分防衛刀“現代劍”，咬緊牙齒從左奶往下深深紮壹刀，然後順著切口往右拉三刀，將腸子抽出，吩咐點火燒高館，最後斷氣。時年31歲。
《吾妻鏡》文治五年條的記述比較簡單：“人豫州持佛堂，先害妻(22歲)子(女，4歲)，次自殺。”
義經的首級由泰衡的使者新田高平浸在酒中帶到腰越，於6月13日檢驗，然後葬於藤澤(高座郡藤澤宿板戶町白旗明神社)。
義經的愛妾靜出現於《源平盛衰記》是壇浦之戰勝利後凱旋回京都的時候(1185年4月24日)，此時義經和靜正過著甜密幸福的戀愛生活。同年11月3日義經逃出京都時靜也在壹起。大物浦遇風遭難以後，靜和義經等壹起在天王寺過夜。其後京都發布搜索義經的院宜(院政的命令)他們便逃人白雪茫茫的吉野山。後來義經感到帶女人在雪地行走危險，就決定讓她到其母礬禪尼的地方，給了她許多金銀，派仆人護送出山。不料下山途中錢財被仆人搶去，靜只得單身回到北白川的母親身邊。
不久靜被當局(六波羅)傳呼訊問，文治二年(1186)3月1日母女兩人被送到鐮倉。經過多次審問，靜仍然說不知義經的去向，幕府無法獲得線索。賴朝對此大為不滿，但也無可奈何。
靜擅長跳白拍子舞(平安末期至鐮倉時代流行的歌舞，由戴著直簡形高烏館子、佩著白鞘卷刀的女子壹面唱“今樣歌”壹面跳舞)，賴朝之妻北條政子及其長女大姬要她表演。靜再三固辭無效，最後於4月8日在鶴岡八幅宮的若官堂獻舞。
“吉野山嶺踩白雪，行蹤不明夢斷腸……卑賤莖環(麻線團)反復繞，但願昔日變今日……”靜邊唱邊舞。
“住嘴！在我面前竟敢跳起戀慕謀反人義經的舞來，而且所謂‘但願昔日變今日’就是希望我沒落，義經重新得勢。”賴朝大怒說。全靠政於出來勸解，總算免了壹場大禍。
此時靜已懷孕，賴朝命令若生男則弄死。政子和靜都希望生女孩，這壹年閏7月29日，靜生了壹個男孩，按命令弄死。由於政子的同情，9月16日靜離開鐮倉回京都。
回京都後，靜日夜想念逃亡奧州平泉的義經。有壹天她和侍女琴往來到下總田下邊見村(今茨城縣總和町下邊見)的思想橋，聽說愛人義經於文治五年(1189)4月在衣川的邸宅戰敗自殺，萬分悲傷，在橋上徘徊哭泣。不久為悼念義經的亡靈，在當地的高柳寺削發為尼。同年9月15日病死，時年22歲。侍女琴柱將她葬於高 柳寺。
源義經死後，他的戰功和人品得到京都貴族的賞識，他短暫的人生悲劇得到人們的同情。隨著歷史的推移，產生了許多關於他的傳說和故事，以凈琉璃、歌舞伎、幸若舞、謠曲等形式廣泛流傳於民間，受到大家的崇拜和歌頌，成了日本人典型的英雄人物。