退役後的高軍並沒有放棄乒乓球事業,而是加盟美國隊,繼續奮戰賽場,2005年上海世乒賽上,高軍還在女單1/8決賽4-2擊敗了當時還在上升期的生膠小將曹臻,讓後者與國乒主力陣容漸行漸遠,賽後更是痛哭流涕。在北京奧運周期高軍和王晨兩位世界冠軍為美國乒乓球女隊橫掃整個北美大陸,二人也如願參加了北京奧運會,分別獲得了女單16強和8強的成績。
高軍在美國隊徹底退役之後,順勢做起了教練員,在剛剛過去的世乒賽中,主場作戰的美國隊在混雙比賽中由於出現了中美跨國組合林高遠/張安,高軍就和王皓壹起做起了場外指導,主要還是張安的中文基礎差,需要中間人來轉達林高遠的想法,最終在高軍和王皓的***同指揮下,跨國組合奪得了壹枚來之不易的獎牌。
考慮到高軍在運動員時期取得的成績和執教初期就能力助美國隊奪得半枚混雙獎牌,美國乒協決定聘任高軍為新的奧運周期美國隊的主教練。美國乒協目標是壹枚奧運獎牌,也指出高軍需要先建立和培養壹支強大的隊伍!目前美國女隊主要以華裔面孔為主,張安除了休斯頓混雙銅牌之外,還打進過世界杯女單的四強,是美國女隊的壹號主力,另外王艾米也是北美比較著名的選手。男隊的壹哥卡奈克目前在德國聯賽打球,在休斯頓世乒賽上首次打進男單8強,也是美國男單多年來大賽中的突破性成績。未來高軍應該是會圍繞張安、卡奈克為領軍人物繼續挖掘新人潛力,打造壹個年輕的實力團隊。