《門徒》電影主要有兩條故事線。主線是吳彥祖飾演的臥底警察阿力，跟隨毒梟林昆（劉德華飾演）多年，然後在林昆準備金盤洗手之前，集齊證據將林昆成功抓捕，而林昆自殺身亡。次線是臥底警察阿力（吳彥祖飾演）在偶然機會結識了吸毒的鄰居阿芬，並跟阿芬壹家發生的事故。
阿昆是壹個平凡的人，但是其實他也有壹個隱藏的身份那就是關於壹個壟斷毒品的毒梟，阿力是他的手下而他其實也是也有壹個隱藏的身份，那就是臥底警察。而阿昆也是壹個十分小心的人，從來沒有透露過自己的生意。
通過兩人的交談以及慢慢的相處也讓兩人有了感情，最後贏取了阿昆的信任，阿力也接手了他的生意慢慢的也了解了毒品的事業。慢慢的他也與自己的鄰居阿芬出現了感情，而她也是壹個吸毒者。
電影的結尾，阿力穿著警服在阿芬死的那間房子裏，準備給自己註射毒品。但是在毒梟林昆死後，阿力就選擇繼續臥底下去，而上司也已經同意了。所以阿力是不可能穿著警服出去的，他只能在家裏偷偷地穿。
這又回到了剛開始的話題：到底是空虛恐怖還是毒品恐怖？阿力因為空虛所以想註射毒品，最後阿芬的女兒出現阻止了他。可是這樣的阻止有效嗎？阿力還是空虛的，他最終還是會走上吸毒的道路，成為真正的門徒。