古劍二的主線劇情是樂無異離家踏上偃術修行的道路，遇到了聞人羽、夏夷則和阿阮幾個朋友，遇到謝衣（偃甲人），在遇到謝衣時，樂無異等人第壹次和流月城發生沖突，為了探尋謝衣曾經去西域到底發生何事，他們五人壹起去了西域，到西域之後，他們成功找到神劍昭明的第壹個碎片，樂無異成功拜師謝衣，可惜流月城大祭司沈夜突然現身，擊殺了謝衣（偃甲人），再加上流月城投放矩木枝殘害無辜百姓的事件，使得樂無異對流月城的人有了非常大的仇恨，然後樂無異等人便遵循謝衣臨死前囑托，尋找剩下的昭明碎片，因流月城外圍有伏羲所設結界，他們普通人是無法破除結界的，而昭明能夠斬斷世間壹切法力聯結，所以樂無異等人為了對抗流月城，必須要得到昭明。待找齊昭明碎片時，流月城的初七（真正的謝衣）奉流月城大祭司沈夜之命，來奪取神劍昭明，流月城之所以要投放矩木枝，是因為流月城裏有壹個心魔，叫做礪罌，他是靠通過矩木枝吸食人的七情來增強實力，流月城大祭司沈夜與心魔礪罌達成合作，流月城幫助礪罌向下界投放矩木枝，礪罌則幫助流月城的人們用魔氣熏染他們的身體，以抵抗下界空氣中的濁氣，流月城大祭司沈夜知道心魔礪罌的野心非常大，礪罌想把所有人都吃掉，包括流月城的人，所以沈夜也必須得到昭明，他要在礪罌完成對流月城所有人的魔氣熏染之後，馬上殺掉礪罌，因為礪罌並無實體，他只是壹團魔氣，所以昭明或可將礪罌斬殺。
在昭明被初七奪走之後，樂無異等人去往神女墓，尋找昭明劍心，昭明劍心也可以起到斬斷世間壹切法力聯結之效，就在他們成功取得昭明劍心時，初七再次出現，要奪取昭明劍心，這時初七已通過神女墓中的三世鏡恢復記憶，但他並不願承認自己是謝衣，於是樂無異和初七兩人展開了生死決戰，他們的打鬥導致神女墓即將崩塌，在最後神女墓大門即將關上之時，初七將樂無異送出了神女墓，自己卻被永遠的關在了神女墓裏面，初七臨死前囑托樂無異等人，壹定要帶著昭明劍心，去流月城斬殺心魔礪罌，否則還會有更多人被礪罌所害。