經過《奔跑吧兄弟第壹季》的磨合和探索，《奔跑吧兄弟第二季》在指揮系統方面，團隊在總制片人下設立了兩位總導演，壹位側重於現場，另壹位側重於編劇；之下還有幾個副總導演，分別負責統籌、藝人、商務對接、後期等。
在分工上，團隊劃分為勘景組、編劇組、導演組、攝像組、後期組、制片組。其中，編劇是跑男出現之後浙江衛視才設立的壹個工種，由負責編劇的總導演帶領。編劇和導演是分開的。導演更加有精力註重現場的呈現和設置，編劇則側重編排藝人的整個情感、性格定位和環節內容的走向。負責寫出遊戲設定，而和劇情無關。沒有劇本，所謂的劇本，只是壹個流程，這裏面涉及了場地、規則、以及導演發布任務時所要說的話等。
制作團隊設立了嚴格的工作流程，每期節目方案出來後，所有的導演和編劇對方案都要層層傳達，團隊中每個人要按照工作流程進行操作。
第1期：女神保衛戰（真假雅典娜） 內容簡介：範冰冰與Angelababy化身雅典娜女神，其余藝人則以聖鬥士造型亮相，坐著銅馬車、頂著“拯救地球”的主題。“照鏡子”遊戲環節中，兩隊分別做出動作，之後由對手還原。撕名牌環節采用經典的“老鷹捉小雞”遊戲。
分隊情況：
①黃隊：鄧超（Out）、鄭愷（Out）、王祖藍（Out）、範冰冰、韓庚（勝利）
②藍隊：Angelababy（楊穎）（Out）、李晨（Out）、陳赫（Out）、包貝爾（Out） 固定主持：鄧超、Angelababy（楊穎）、李晨、陳赫、鄭愷、王祖藍、包貝爾節目嘉賓：範冰冰、韓庚播出時間：2015-04-17拍攝地：四川成都劇情影視：《聖鬥士星矢》第2期：超體元素保衛戰 內容簡介：“奔跑團”們化身沈睡了百年的R組織特工，為了守護能換來永久和平的“超體武器”，既要破解各種難題，又要與“霸道總裁”黃曉明鬥智鬥勇。
分隊情況：
①R組織：鄧超（Out 2次）、Angelababy（楊穎）、包貝爾（Out）、陳赫（Out）、李晨（Out）（勝利）
②Boss：黃曉明
③內奸：鄭愷、王祖藍（Out）（內奸在遊戲環節屬R組織） 固定主持：鄧超、Angelababy（楊穎）、李晨、陳赫、鄭愷、王祖藍、包貝爾節目嘉賓：黃曉明播出時間：2015-04-24拍攝地：浙江杭州劇情影視：《王牌特工：特工學院》第3期：R神之戰 內容簡介：歐弟、宋佳兵分三派通過“水上保齡”等遊戲爭奪“R神”之位。
分隊情況：
①神算派（綠隊）：鄧超（Out 2次）、王祖藍（Out 2次）、包貝爾（Out 4次）
②神指派（紅隊）：Angelababy（楊穎）（Out 1次）、鄭愷（Out 2次）、歐弟（Out 1次）
③神洗派（藍隊）：李晨、陳赫、宋佳（Out 3次）（勝利） 固定主持：鄧超、Angelababy（楊穎）、李晨、陳赫、鄭愷、王祖藍、包貝爾節目嘉賓：歐弟、宋佳播出時間：2015-05-01拍攝地：浙江杭州第4期：大叔決戰花美男 內容簡介：此次“跑男團”登場打出“復古cosplay”牌，李晨身著藍色西裝外套，黑白格西褲演繹上世紀八十年代下海商人，以復古舞蹈秀顛覆亮相。本期《奔跑吧兄弟》再次走進校園，在杭州電子科技大學進行人氣對抗賽。
分隊情況：
①大叔隊：鄧超（Out）、陳赫（Out）、王祖藍（Out）、李晨（Out 2次）、鄭愷（Out）、包貝爾（Out 2次）（勝利）
②花美男隊：Angelababy（楊穎）（Out）、林更新（Out 2次）、張藝興（Out 2次）、葉祖新（Out 2次）、李治廷（Out）、蔣勁夫（Out 2次） 固定主持：鄧超、Angelababy（楊穎）、李晨、陳赫、鄭愷、王祖藍、包貝爾節目嘉賓：林更新、張藝興、葉祖新、李治廷、蔣勁夫播出時間：2015-05-08拍攝地：浙江杭州第5期：東廠大戰錦衣衛 內容簡介：“跑男團”們身穿飛魚服、腰佩繡春刀，化身成明朝的“錦衣衛”和“廠公”行走於大內紫禁，兩個特工組織進行對決，決出最後的勝利組織。
分隊情況：
①東廠隊：鄧超（Out）、王祖藍（Out）、包貝爾（Out）、杜淳（Out）、吳奇隆（Out，在錦衣衛隊的內奸）
②錦衣衛隊：Angelababy（楊穎）（在東廠的內奸）、李晨、陳赫（Out）、鄭愷（Out）、陳喬恩（Out）（勝利）
註：中國內地男演員何中華特別出演皇帝。 固定主持：鄧超、Angelababy（楊穎）、李晨、陳赫、鄭愷、王祖藍、包貝爾節目嘉賓：吳奇隆、陳喬恩、杜淳播出時間：2015-05-15拍攝地：浙江金華劇情影視：《繡春刀》第6期：尋找X樂章 內容簡介：蕭敬騰、信、姚晨、鄧超四人將變身“音樂導師”帶領“跑男團”與董成鵬、吉克雋逸壹起找尋線索破解神秘的“X樂章”。
分隊情況：
①鄧超組（綠隊）：鄧超（Out）、吉克雋逸（Out）、大鵬（董成鵬）（Out）
②蕭敬騰組（黃隊）：蕭敬騰、王祖藍（Out）、鄭愷（勝利）
③蘇見信組（粉隊）：信（蘇見信）（Out）、Angelababy（楊穎）（Out）、陳赫（Out）
④姚晨組（藍隊）：姚晨（Out）、李晨（Out 1次，後復活到黃隊）、包貝爾（Out） 固定主持：鄧超、Angelababy（楊穎）、李晨、陳赫、鄭愷、王祖藍、包貝爾節目嘉賓：姚晨、蕭敬騰、信（蘇見信）、吉克雋逸、大鵬（董成鵬）播出時間：2015-05-22拍攝地：廣東廣州劇情影視：《中國好聲音》第7期：拯救巨嬰大作戰 內容簡介：“跑男團”與“辣媽”劉濤紛紛變身成了“萌萌噠”“巨嬰”，玩起了“奔跑”史上萌值最高的遊戲。
分隊情況：
①黃隊：鄧超（Out）、Angelababy（楊穎）、鄭愷（Out）、王祖藍（Out）
②紅隊：李晨（Out）、陳赫、包貝爾（Out）、劉濤（勝利）
註：梁嘉鴻（2010年廣州亞運會男子4×100米接力中國隊成員）、陳寶（2010年廣州健美錦標賽65公斤級冠軍）、王詩齡（中國內地主持人李湘與導演王嶽倫的女兒）特別出演 固定主持：鄧超、Angelababy（楊穎）、李晨、陳赫、鄭愷、王祖藍、包貝爾節目嘉賓：劉濤、王詩齡播出時間：2015-05-29拍攝地：廣東廣州第8期：不能說的秘密 內容簡介：節目中，“跑男隊長”鄧超再度化身“神秘人”接受了“不能說的秘密任務”，要在不暴露其秘密身份的情況下淘汰掉其他“奔跑團”成員。
分隊情況：
①碟中諜：Angelababy（楊穎）（Out）、李晨（Out）、陳赫（Out）、鄭愷（Out）、王祖藍（Out）、包貝爾（Out）（勝利）
②間諜：鄧超 固定主持：鄧超、Angelababy（楊穎）、李晨、陳赫、鄭愷、王祖藍、包貝爾節目嘉賓：無播出時間：2015-06-05拍攝地：北京順義劇情影視：《碟中諜》第9期：“野蠻女友”特輯 內容簡介：在《甄嬛傳》裏扮演“華妃”、“皇後”的蔣欣、蔡少芬和在《回家的誘惑》裏扮演“艾莉”的李彩樺、《二次曝光》裏的反派閨蜜霍思燕以及江壹燕、Angelababy六位“野蠻女友”與六位“奔跑團”互相搭檔，展開了“奔跑”史上女嘉賓最多的壹場搭檔競技賽。
分隊情況：
①深藍隊：鄧超（Out）、江壹燕（Out）
②橙隊：Angelababy（楊穎）（Out）、鄭愷（Out）
③綠隊：陳赫（Out）、蔣欣（Out）
④粉隊：王祖藍、蔡少芬（Out）（勝利）
⑤天藍隊：李晨（Out）、霍思燕（Out）
⑥黃隊：包貝爾（Out）、李彩樺（Out） 固定主持：鄧超、Angelababy（楊穎）、李晨、陳赫、鄭愷、王祖藍、包貝爾節目嘉賓：蔡少芬、霍思燕、李彩樺、蔣欣、江壹燕播出時間：2015-06-12拍攝地：北京石景山區劇情影視：《我的野蠻女友》第10期：古鎮奇遇記（敦煌大劫案續集） 內容簡介：延續上壹季西域通商滿載而歸的劇情，“奔跑商團”夜宿古鎮再起風波。貨物神秘失蹤後，“南洋商隊”以壓倒性的顏值帥氣現身。
分隊情況：
①西域商隊：鄧超（Out）、Angelababy（楊穎）（Out）、李晨（Out）、鄭愷（Out）
②南洋商隊：陳赫（Out）、包貝爾（Out）、鐘漢良（Out）、白百何、井柏然（Out）（勝利） 固定主持：鄧超、Angelababy（楊穎）、李晨、陳赫、鄭愷、王祖藍、包貝爾節目嘉賓：鐘漢良、白百何、井柏然播出時間：2015-06-19拍攝地：北京密雲縣劇情影視：《捉妖記》第11期：快樂假期，噩夢假期（上） 內容簡介：兩位美女“導遊”唐嫣和柳巖帶領跑男團壹起來到了著名的度假勝地塞班島，在這裏度過了壹次完美的“塞班假期”。
分隊情況：
①綠隊：Angelababy（楊穎）、鄭愷、陳赫
②黃隊：鄧超、包貝爾、柳巖
③紅隊：李晨、王祖藍、唐嫣（勝利） 固定主持：鄧超、Angelababy（楊穎）、李晨、陳赫、鄭愷、王祖藍、包貝爾節目嘉賓：唐嫣、柳巖 播出時間：2015-06-26拍攝地：美國塞班島第12期：快樂假期，噩夢假期（下） 內容簡介：因“導遊”唐嫣和柳巖的好奇心，兄弟們開始了第二季的個人“強者戰”。
分隊情況：
①鄧超（Out）
②Angelababy（楊穎）（Out ）
③李晨（Out）
④陳赫（Out）
⑤鄭愷（勝利）
⑥王祖藍（Out）
⑦包貝爾（Out） 固定主持：鄧超、Angelababy（楊穎）、李晨、陳赫、鄭愷、王祖藍、包貝爾節目嘉賓：無播出時間：2015-07-03拍攝地：美國塞班島以上資料來自： 特殊名牌 名牌名稱期數持有者說明環節超大號名牌第二期杭州站
超體元素保衛戰 鄧超、王祖藍、李晨、陳赫、鄭愷、Angelababy（楊穎）、包貝爾 只有在第壹環節（不超時的情況下）中，完成任務，並敲鑼，名牌才會自動變小。第二環節：找到監獄逃生門的鑰匙，逃出監獄
註：除王祖藍、鄭愷是全程 麻將牌名牌第三期杭州站
R神之戰 鄧超、王祖藍、李晨、陳赫、鄭愷、Angelababy（楊穎）、包貝爾、歐弟（歐漢聲）、宋佳找齊壹個對子和壹組順子。第四環節：花色撕名牌天使翅膀名牌第四期杭州站
大叔決戰花美男 李晨、蔣勁夫按序號排列撕名牌。第三環節：序號撕名牌神獸名牌第五期橫店站
東廠大戰錦衣衛 鄧超、王祖藍、李晨、陳赫、鄭愷、Angelababy（楊穎）、包貝爾、吳奇隆、陳喬恩、杜淳找齊神獸牌。第四環節：神獸撕名牌音階名牌第六期廣州站
尋找X樂章 鄧超、王祖藍、李晨、陳赫、鄭愷、Angelababy（楊穎）、包貝爾、姚晨、蕭敬騰、信（蘇見信）、吉克雋逸、大鵬（董成鵬）找齊X樂章的26個音階。第三環節：音階撕名牌碟中諜小名牌第八期北京站
不能說的秘密 王祖藍、李晨、陳赫、鄭愷、Angelababy（楊穎）、包貝爾只有找到穿紅馬甲的空乘，拿到任務卡，並完成任務，名牌才會消除。第三環節：撕名牌情侶連體名牌第九期北京站
我的野蠻女友 鄧超、江壹燕、王祖藍、蔡少芬、李晨、霍思燕、陳赫、蔣欣、鄭愷、Angelababy（楊穎）、包貝爾、李彩樺按投票數的多少來撕名牌。第四環節：情侶撕名牌天使翅膀名牌第十期北京站
敦煌大劫案續集之古鎮奇遇記 王祖藍名牌會自動長出翅膀。第三環節：金樹葉撕名牌反射名牌白百何撕名牌者會被反射擊中，OUT。特殊身份 身份名稱持有者身份特權復活者鄧超被包貝爾用復活晶體復活內奸王祖藍幫助Boss 黃（黃曉明）淘汰掉其余跑男鄭愷Angelababy（楊穎）幫助各自隊伍贏得最終勝利吳奇隆復活者李晨在第6期中被蕭敬騰復活為其組使用，在第10期中被Angelababy（楊穎）用復活卡復活（備註：只復活5分鐘，5分鐘後自動回監獄）怪獸（鈴鐺人）梁嘉鴻撕掉所有跑男團成員及嘉賓的名牌陳寶間諜鄧超撕掉跑男團其余成員的名牌碟中諜王祖藍瞞過“間諜”鄧超包貝爾李晨陳赫鄭愷Angelababy（楊穎）