影片承接《潛行狙擊》電視劇結局，梁笑棠謀殺蘇星柏罪名成立，判處無期徒刑，由梁笑棠進入監獄調查另壹宗案件開始的。
梁笑棠在獄中認識販毒被囚的大學教授霍天任。教授外表斯文，與世無爭，但卻能以心理陷阱收服窮兇極惡的獄霸“巨川”。原來教授是高智商的犯罪心理學家，擅用冷讀法，每每能洞悉對方內心秘密與陰暗面，無聲無色掌控他人。期間，有神秘女子符莉彤到監獄探望梁笑棠，這女子隸屬比警隊更高層次的保安局，梁笑棠入獄是再次擔當臥底警察角色。
當日，槍殺蘇星柏是另有其人，保安局副局長黎卓賢懷疑整件事跟潛藏警隊的黑警有關，所以借勢要梁笑棠入獄調查。同樣，亦有壹名女子來探望教授，她就是蘇星柏至愛的女人姚可可。蘇星柏被槍殺後，姚可可不惜壹切要向梁笑棠報仇。但今天，出現探監室的姚可可竟視梁笑棠如無物。教授向梁笑棠解釋壹切，原來姚可可正直接受心理及催眠治療，讓她放下從前的種種仇怨。
梁笑棠主動接觸獄中目標人物，前毒品調查科警署警長劉忠切“大切”，但“大切”患有精神病，梁笑棠難以從他口中探得線索。梁笑棠求助教授，教授遂以心理治療法，令“大切”病情慢慢轉好。而梁笑棠亦從教授身上學會心理知識，並視教授如知己和崇拜對象，向他宣泄多年臥底的痛苦及無奈。
正當梁笑棠以為可從“大切”口中得知黑警名單時，監獄發生嚴重騷亂，混亂之際，“大切”竟伸手挖入自己腹腔，把血淋淋的腎臟取出交給梁笑棠。事後，梁笑棠發現教授曾向“大切”發出死亡暗示，教授受到梁笑棠質疑後，即直言看穿梁笑棠是臥底警察，因為二人在做同壹件事。原來教授是警方派入獄中的心理治療師，目的也是要向“大切”套取黑警名單。
教授很快便就販毒案上訴成功，重獲自由。臨離開前，他向梁笑棠透露，因殺害“大切”，毒犯與黑警已招手，他出獄後便可展開更深入的臥底行動，並謂等梁笑棠出來，攜手合作。梁笑棠透過女聯絡員符莉彤，要求保安局副局長為自己翻案。豈料，保安局副局長突然猝死在壹宗離奇的街頭意外，連帶其他物證都壹並被人毀掉，梁笑棠無法證明自己是臥底，無奈地繼續被囚。
教授突回來探望梁笑棠，並透露已為他安排逃獄大計。梁笑棠沒有選擇余地，在教授巧妙的布局及支配下，梁笑棠連同壹名老年終身犯沙耶波毅然逃獄，成功逃出了守衛森嚴的赤柱監獄。教授與逃獄出來的梁笑棠，接近目標人物：警務處行動處助理處長的卓景全，查出他利用職權，把毒品調查科充公回來的毒品假裝銷毀，實質私自賣回給毒犯，循環不息，不斷獲利。
梁笑棠想向警隊揭發卓景全罪行時，教授突然阻止，原來金三角武裝販毒女領袖沙普邱秘密到港，這是壹網打盡的好時機。果然，沙普邱與卓景全有頻繁接觸，準備安排壹次世紀毒品交易。符莉彤無意中發現包括卓景全在內的所有黑警，都曾上過教授的課，跟教授有似有還無的聯系。而梁笑棠亦發現那名老年終身犯耶波，原來是沙普邱之父沙耶波。
謎團拆解，梁笑棠被逼逃獄，原來是教授精心安排，為的是要他幫忙救出沙普邱之父。教授壹直向梁笑棠灌輸其“黑白融合”的理念，梁笑棠亦已慢慢認同這統壹管治的理想國度。偏偏這時，他發現教授才是真正的幕後黑手。梁笑棠猶豫不決之際，教授已先下手為強，把所有罪名推在梁笑棠身上。梁笑棠慘成代罪羔羊，被全港警察所追捕。
卓景全上任成為新的警務處行動處助理處長日子到臨，眼看教授快要部署成功，束手無策的梁笑棠，惟壹選擇，就是跟教授同歸於盡。
擴展資料：
角色介紹——
1、梁笑棠（laughing） 演員?謝天華
而在監獄中臥底的“Laughing哥”，卻十分倒黴，不僅墜入吳鎮宇的圈套，知情者的意外身亡，也導致其“臥底”身份無法昭布於世。雖然後來發現了幕後黑手，卻又成為了替罪羊，命運很是悲催。
2、霍天任 演員?吳鎮宇
為人思慮周密、感覺敏銳、察言觀色、洞悉力強。善於揣摩人心，興趣在於控制人的行為，不論對人或對物，都意圖加以支配，在犯罪過程中享受“控制他人”帶來的快感。
3、大切 演員?杜汶澤
大切是壹名資深警長，任職於毒品調查科，經常跟毒品打交道。他認為毒品調查科跟毒販不是敵對，這個世界沒有永遠的敵人，雙方慢慢變成各取所需的緊密關系。
4、Carmen 演員?文詠珊
Carmen是壹名普通的辦公室女郎，大學畢業後投考行政主任，做公務員，打算穩穩定定過壹生，註定跟罪惡沾不了邊，直至她入職保安局，加入保安局長期監禁委員會，事情註定出了變數。