這部《星球大戰：克隆戰爭》是壹部3D動畫版電影，講述的是克隆人戰爭橫掃了整個銀河系，傑迪武士努力為維持銀河***和國的秩序與和平。***和國裏的獨立派不放棄他們的陰謀，黑暗勢力總在蠢蠢欲動。
天行者阿納金和他的學生接受了壹項任務，但大壞蛋杜庫伯爵和他邪惡的機構，包括兇狠的女反派阿薩哈·溫其斯都會阻攔他們。
與此同時，歐比旺和尤達大師領導克隆人軍隊勇敢地抵抗黑暗勢力的進攻……
邪惡的分離主義者(Separatist)組織，壹直想要獨自統治銀河世界，他們借著強大的勢力和永無休止的機器人軍隊侵入“銀河***和國”，隨著無數的星球淪陷，成為黑暗勢力下犧牲者。
英勇的絕地武士歐比旺·克諾比、尤達大師、阿納金·天行者(麥特蘭特配音)與他的女徒弟亞蘇卡譚諾都站上火線迎戰，以維持宇宙秩序並恢復和平。
阿納金天行者和絕地武士女弟子亞蘇卡·譚諾發現他們的任務引發重大的後果，導致他們必須親自面對犯罪首領赫特族賈霸。同時，杜庫伯爵和惡毒的阿莎潔·凡翠絲等邪惡同夥則不計代價地阻止阿納金和亞蘇卡的正義行動。
另壹方面，歐比旺·克諾比和尤達大師站在“克隆戰爭”的前線，領導大群的克隆人軍隊奮力對抗黑暗勢力……
壹千年來，“舊***和國”(Old Republic)在議會的明智統治及絕地武士們的保護下，逐漸壯大繁榮。然而，如同所有財富和力量因為成長太快且引起太多的弊端，貪婪的邪惡勢力隨時想趁機侵略。由於過於重視商業利益，議會開始腐敗，壹位名為白蔔庭的野心政客被選為最高議會議長。最令人心神不寧的是，在西斯(Sith)黑暗勢力的帶領下，危險的軍團在消失壹千年後重現江湖。
在這場混亂當中，善於領導的前絕地武士杜庫伯爵推動起“分離主義者”運動。他承諾要改正日益猖獗的腐敗和貪婪趨勢，於是說服幾千個星球脫離“***和國”。
許多支持者不知情，杜庫伯爵是西斯黑暗勢力中的壹員，效命於神秘的西斯首領達斯·西迪厄斯(Darth Sidious)。多年來，達斯·西迪厄斯跟許多商業力量強大的組織和他們手下的機器人軍隊結盟，旗下邪惡聯盟的數目已大到幾乎無法阻擋。
最後，杜庫伯爵計誘尚無警覺心的絕地武士到壹處荒涼的星球吉諾西斯(Geonosis)。不過，在分離主義者勢力毫無察覺之下，絕地武士發現他們的秘密武器，那就是***和國幾年前暗自安排的大群復制人軍隊。絕地武士打贏了吉諾西斯星壹役，可惜這場勝利維持不久。
吉諾西斯星之戰不但沒有確保絕地武士的力量，它反而成為星球大戰的前哨，繼之而起的銀河戰爭像野火般蔓延開來，吞噬好幾千個星球體系。這就是“克隆戰爭”的開端。
現在，絕地武士努力奮戰，以他們的復制人軍隊對抗敵人的機器人軍隊，想維持銀河的自由並恢復和平。絕地武士和分離者大軍的對峙橫越好幾百個星球，為了銀河的未來互相交戰。隨著鬥爭愈演愈烈，阿納金·天行者、歐比旺·克諾比和亞蘇卡·譚諾被卷入這場大戰的混亂當中。同時，杜庫伯爵、達斯·西迪厄斯和阿莎潔·凡翠絲則不計壹切代價地想要推翻“***和國”。