蜥蜴少女曾經創下日劇的收視率紀錄，菅野美穗飾演的是壹個自卑的少女理佳，沒有朋友，沒有感受過家庭的溫暖。因為母親的眼裏看到的她是壹只蜥蜴，所以遭到了母親極度的厭惡。與此形成反差的是受到無限寵愛的妹妹麻美，可幸的是她擁有壹個草刈正雄這樣通情達理又和藹可親的父親。其實母親是父親在壹次旅行中救下的蜥蜴，為了感恩，她請求巫師把自己化身成人形並且嫁給恩人，但條件是她失去所有的記憶。當生下第壹個女兒時，她沒有料到，看到的那張嬰兒的臉竟是壹張蜥蜴的臉，感到反感的她從女兒幼年時就對她極度的疏遠。
得不到母親的疼愛，讓她壹天天地自閉起來，加上在鏡子中看到的長著壹張蜥蜴的臉的自己，讓她再不覺得自己是人類。即使在學校成績優異，但自卑的她在學校幾乎沒有壹個說話的人，受盡了同學的欺負和刁難。即使深深暗戀班上男生，卻因為極度的自卑當對方經過身邊時，只能畏縮的躲過。其實她不知道的是，對方也深深的被她擁有的那顆善良又純潔的心靈所吸引。當她絕望下跳河自盡時，被男生發現並救起，從此兩人結下了不解之緣。
後來當真正能夠理解她並且願意保護她的轉學生來到班上，數次的義氣相助使兩人的命運開始交會，兩人承諾要做壹生的朋友，幾乎不與人交談的她第壹次綻開了笑臉，就在她看到了美好的未來時，好友卻在兩人第壹次約定去海邊的路上車禍身亡，這給她帶來了致命的打擊，從此她更加封鎖內心，對好友極度的歉疚，讓她怯懦地躲在黑暗的角落裏。壹個偶然的機會，她得知好友小時候也是壹個自閉癥患者，直到深愛她的男友出現，才讓她打開了心扉，所以才會那麽希望幫助內向的她。看著好友母親的笑臉，她才開始明白好友那種即使深處黑暗之中卻依然對光明的向往。
最後對她抱著深深歉意的母親為了救壹個孩子，撞上了迎面開來的汽車。臨終前母親終於看到了十多年蜥蜴的面孔下女兒那張對自己微笑的臉龐，帶著解脫離開了這個世界。最後菅野美穗扮演的蜥蜴少女看到母親的遺容時，看到的是壹張跟母親當年看到自己壹樣的壹張蜥蜴的面孔，終於懂得了母親的不得已之下的舉動。
若幹年後，夕陽西下的海邊，當年的自卑少女已經褪下昔日的外衣，淺淺的微笑在梨渦上蕩漾，拉著和她在高中時在田徑接力賽時壹起奔跑，不到最後壹刻決不放棄的。在她前面追逐的是年幼的女兒，令人幸運的是，蜥蜴的身份沒有再遺傳到女兒身上，三人的身影後，是象征希望的陽光照在波光粼粼的海面上。