在明代，宮廷音樂管理體制在沿襲前代基礎上又有了時代性的新變化，宮廷音樂機構分為神樂觀、教坊司和鐘鼓司，分別編演和管理宮廷祭祀雅樂、宮內外日常用樂和內廷演劇。
神樂觀是明代專門負責祭祀音樂的道觀，神樂觀的成立，應該說是明代帝王篤信道教，明代開國帝王朱元璋對正壹道祈神降福、驅邪除妖的齋醮活動很是欣賞，他認為正壹道能夠益人倫、厚風俗，起到神化明王朝的作用。
明代帝王積極倡導道教，使得道教音樂趨於規範化。明代每年都要舉行壹系列天地神祗及宗廟社稷的大型祭祀活動，在這時提供樂舞與贊禮，是明代設置神樂觀的初衷。
還有，明代帝王篤信道教，利用道教宮觀擔負宮廷音樂管理之職，將宮廷音樂與宗教音樂緊密結合，在祭祀雅樂中表現出濃厚的道教化傾向。
明代教坊司始建於明太祖時期，其組織體較前代更為冗復嚴密，其中協同官、俳長、協同俳長、辦事色長、抄案執燈色長等均為前代教坊所沒有。明代教坊司所用樂工人數非常多，據史書《明史》記載：
宣德十年，英宗即位，論禮部曰：教坊樂工數多，其擇堪用者量留，余悉發為民。凡釋教坊樂工三千八百余人。以宣宗勵精為治，而不免聲色之奉如此。英宗初政，仁浹華夷矣。
可見，宣宗時期教坊司樂工人數約為3800多人，而到了英宗時期，樂工人數有所減少，據《明史》記載：
恭遇大祀天地山川，導駕迎引及正旦冬至聖節，合用樂工兩千余人，今本司止存樂戶八百，余乞行南京並順天府、陜西等布政使，於樂戶內選嫻習樂藝者送京備用。
由此可見，英宗時期教坊司的樂人定額是在2000人左右，這壹規模與神樂觀大體相當。還有，教坊司另壹項重要職能是管理民間勾欄音樂及在籍樂戶。教坊司樂工需要承擔朝廷壹應朝會宴饗用樂，也承擔部分祭祀用樂。
在明代，從京師到地方，各級音樂機構與所隸樂籍，形成了壹個嚴密的上下流通系統。明代以教坊司為核心，自上而下，大至儀文樂舞，小至日用起居，對樂籍管理相當嚴密，管理職能較為完備規整。
明代鐘鼓司設於1395年，為中官“二十四衙門”之壹，是獨立的宦官機構，完全服務於內廷。鐘鼓司，設置掌印壹員，僉書、司房、學藝官無定員，掌管出朝鐘鼓，及內樂、傳奇、過錦、打稻等。從整體而言，鐘鼓司僅為內廷音樂的承應機構，幾乎不擔負任何管理職能，其規模也較前兩者要小很多。
由於明代教坊司的地位較低，所以又另設了鐘鼓司和神樂觀，這樣在音樂文化事業領域引入了***同管理模式，打破宮廷教坊音樂獨家地位，建立中央與地方、宮廷與民間相互關聯、互為補充的音樂管理新格局。
因此，明代宮廷音樂機構設置及運行方面的創新舉措，也對這壹時期音樂文化發展起到了壹定導向作用。
然而，明代商品經濟更為成熟發達，社會經濟水平有了顯著提高，市民文化更為繁盛，明代中後期資本主義生產關系萌芽出現，在壹定程度上促進了宮廷音樂機構管理職能的深刻轉變。
明代神樂觀利用道士來管理宮廷祭祀雅樂，其內在深層原因壹是由於音樂文化的俗體化、大眾化趨向。
明代道教獨有的祭祀科儀音樂，可以使大明王朝祀典得以維系。更為重要的是，明代利用宗教人士進行音樂管理可以精簡機構，節省人力資源，還可以減少很多不必要的開支。