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某日，經營醫院的黑川宅主人黑川大造遭人毆打致死，而這起案件也在（被柯南麻醉的）小五郎的活躍之下順利解決了。數日後，柯南收到著名建築師森谷帝二寄給工藤新壹的邀請函，於是柯南與作為代理人的小五郎壹同出席。在那裏，柯南得知了之前發生殺人事件的黑川宅是出自森谷的設計。
次日，存放在火藥庫的炸藥被盜，而森谷所設計的建築物也陸續被縱火焚毀。犯人利用變聲器給新壹打電話，作出了犯罪的預告。為了阻止爆炸，柯南開始出動……
2 第十四個目標
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正在慢跑的目暮警官遭人用十字弓射傷而住院了，而旁邊發現了壹把奇怪的刀。就在第二天，蘭的母親—妃英理吃了被人下毒的巧克力，昏倒在事務所裏。緊接著阿笠博士也被歹徒用十字弓射傷……三人的名字內都有13、12、11的數字，且被害者都與小五郎有關系。到底這張撲克牌代表著什麽？
柯南劇場版官方海報(17張)根據線索，目暮警官推斷犯人可能是……十年前，撲克牌賭場的經營人村上丈，被當警察的小五郎逮捕。偵訊中，村上丈借口內急而挾持了來找小五郎的妃英理，企圖逃走。槍法壹流的小五郎第壹槍掠過妃英理的腿部，然後再壹槍擊中村上丈，才結束了這場驚險的事件。之後小五郎引咎辭職了，妃英理也和小五郎分了居。這件事對小蘭的打擊非常大。而村上丈在上個禮拜假釋出獄了……
3 世紀末的魔術師
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俄羅曼諾夫王朝的皇室秘寶——復活節之卵，將在大阪鈴木財團美術館內展出的同時，怪盜基德寄出犯案預告信準備奪取這無價的皇家藝術之寶，於是鈴木會長要求小五郎協助警方偵查，以防彩蛋被竊取。柯南壹行人來到大阪，遇到服部平次，便壹同偵查此案。在美術館遇到了俄羅斯大使館的書記、珠寶美術商、羅馬王朝研究家、職業攝影師等人。看完彩蛋，大家便解讀預告信線索，不料將時間、地點都解讀錯誤。而基德竊聽到彩蛋被轉移了，在疏於防備的情況下，基德成功地找到了回憶彩蛋。然而基德在逃離途中，卻被神秘的殺手狙擊，墜海失蹤，生死不明。柯南以新型滑板追蹤，奪回彩蛋。與此同時從國外回來的香阪夏美小姐，從祖母的遺物中發現彩蛋的原稿圖與實物不同。
柯南看了原稿後，認為彩蛋有兩顆，而在彩蛋的玻璃上映照出夏美曾祖父所蓋的城堡，所以大夥兒及對彩蛋虎視眈眈的研究者決議要去此城探索，找尋第二顆彩蛋。在返回東京的船上，攝影師寒川被殺，而且和基德相同是被擊中右眼。目暮帶著白鳥趕到，調查後柯南發現兇手可能是專門狙擊右眼的職業殺手“史考兵”。而白鳥卻幾次揭穿柯南的提示，使小蘭對柯南的身份起了懷疑……
4 瞳孔中的暗殺者
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連續兩位東京警視廳的現任刑事慘遭殺害，而遇害的兩位刑事都手握警察手冊氣絕身亡。這意味著什麽？是對付警察的恐怖行為、或是過激派的暴行？警視廳正對此兇殺案件有關的人事物及警察組織內部著手進行搜查。而警視廳的內部秘密卻如高墻般不可窺探！
柯南與小五郎前往警視廳向目暮警官、白鳥警官查詢有關殺人事件的情報，但是友善的倆人卻以此事不可告之而拒絕了。在小五郎努力追問下，卻得到白鳥警官壹句：“Need not to know〔無須知道〕……”這是警察之間所用的密語，也就是說殺人事件與警察內部有關！
小五郎、柯南和眾多警察參加白鳥警官妹妹的婚宴，席間突然停電，蘭和佐藤警官都在廁所中，正當蘭拿起身旁的手電筒時槍聲卻響起，佐藤警官為保護蘭而挨槍，聽到槍聲的小五郎等人湧入廁所時犯人卻已不著痕跡地脫逃了。這時，蘭卻因承受不了佐藤女警重傷昏迷的打擊，從而患了逆性健忘！雖然記不起身邊的事，但卻可以照顧自己的日常生活。失去記憶的蘭不斷受到犯人的攻擊，為了找回記憶，眾人帶蘭去多羅碧加樂園，卻誤認為找到真兇而放松警惕。此時，找出真兇的柯南趕往樂園保護蘭……
5 通往天國的倒計時
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博士與少年偵探團壹行人在露營的回家途中順道參觀壹座位於西多摩市境內即將在近期完成的全日本最高的雙塔摩天大樓。而這摩天大樓的擁有者同時也邀請了毛利父女和鈴木園子前來參加開幕典禮，因而與柯南壹行人偶然巧遇。
行人在秘書的帶領之下參觀了這座兩棟長的壹模壹樣的最尖端高科技雙塔摩天大樓。但是，此時在這摩天大樓裏卻出現了多位與此建築物有著不同關系的人士！不久之後第壹個殺人事件發生了…。而且，令人不敢相信的是黑衣組織的成員竟然同時也在大樓附近出現，這讓人不免聯想到灰原哀自從那些日子以來，在深夜裏究竟是在跟誰聯絡……？
柯南的真正身份會被那些家夥發現嗎？且灰原哀究竟在給誰打電話？不管目暮警官等人如何的勸說，雙塔摩天大樓的開幕典禮仍按照預定進行。為了查出這場發生在總樓層高300公尺的高科技摩天大樓的殺人事件真相，柯南將與其宿敵——也就是當初逼迫工藤新壹喝下毒藥使他身體縮小的兇手黑衣組織，展開壹場史上最恐怖的攻防戰…… ，而哀也相當活躍，兇手也令眾人震驚不已，原因更是出乎別人意料，殺人手法也是別具壹格，Gin，Vodka等人也會出現，爆炸場面驚心動魄，可以說是劇場版的壹個巔峰。
6 貝克街的亡靈
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米花市政大樓正在舉行能夠壹舉改變全世界遊戲業界價值觀的模擬遊戲“繭”的發表會。結合了最先進技術的“繭”，其遊戲方式是先進入壹部外型酷似蠶繭的大型膠囊，透過電腦的操作讓遊戲者沈睡於歷史上曾經發生過事件的時代，並進行挑戰的虛擬體驗遊戲。柯南、蘭、灰原以及少年偵探隊的成員們也接獲邀請，前往參加這場受到全世界矚目的發表會，並陰錯陽差的混入政界、財經界以及演藝界等代表人物的小孩群中，趁機乘上了“繭”。另壹方面，“繭”的研發者兼負責人——堅村，竟然在發表會會場遭到殺害。而在這起殺人事件發生的同時，壹個自稱“諾亞方舟”的人工智慧闖入“繭”的電腦系統，並切斷身處虛擬世界的50名孩童所有能與外界連結的管道，對現實世界中所有的招待者宣布：“在這場解決歷史事件的遊戲中，只要有壹個人能夠存活到最後就算妳們贏。不過如果沒有人能夠存活到最後，參加遊戲的所有人就會葬命於此。”壹場失控的遊戲開始了！
工藤新壹的父親，世界名推理作家─工藤優作也是這場發表會的特別來賓。優作負責監修“繭”遊戲中的歷史事件，雖然能透過推理找出堅村遭到殺害的原因，但關於柯南壹行人，他只能在控制室看著他們的表現。柯南壹行人必須在“繭”所設定重現的19世紀倫敦貝克街221號B，同時也是福爾摩斯留下無數傳說之地，挑戰壹連串的考驗。
壹場結合虛擬實境與現實，用50條生命為賭註的遊戲即將開始！
7 迷宮的十字路
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在東京某個位於西國立市的神社內，有三名可疑的男子正在密談。突然有個戴著假面具的黑影男人出現，用日本刀和弓箭在瞬間將三人殺害；與此事件同時，大阪、京都也相繼發生了殺人事件。警方在經過調查後發現，被殺害的五人都是出沒於東京、大阪、京都三地，專門偷竊著名佛像及藝術品的竊盜集團「源氏螢」的成員。這個集團以日本歷史上最有名的悲劇武將——源義經的故事《義經記》為名，首腦化名「義經」，部下則以「弁慶」為首，各自以家將姓名相稱。
另壹方面，小五郎帶著柯南、小蘭和園子來到了京都。八年前，位於京都的古老寺院——山能寺中的壹尊國寶級佛像遭到偷竊，寺院的住持委托他們解讀壹幅可以判斷佛像藏匿地點的謎樣的畫像，因而請來了小五郎幫忙。柯南懷疑佛像是遭到竊盜集團「源氏螢」所竊，事件開始向破解的方向進展。然而在他到達義經、弁慶的傳說流傳的歷史遺跡——最著名的京都五條大橋調查時，有個手持竹刀的男人突然來襲！
瞬間躲過襲擊的柯南，看到那名男子後感到十分驚奇。那個男子竟是與工藤新壹並稱的西部高中生偵探——服部平次，同時也是少數知道柯南就是工藤新壹的人物之壹。他也是為了追尋在大阪發生的竊盜集團成員被殺事件的真相而到達京都，總是在較勁的柯南與平次，這次為了查出事件的真相，決定聯手進行調查，但是，兩人萬萬沒想到，戴著面具的黑影男人居然就出現在他們面前！在稠密的京都十字路口，隱藏於歷史陰影的謎題及陷阱將襲擊柯南壹行人！難解的事件、細膩的推理、友情、愛情以及主要角色全員到齊！而柯南的身體終於……
8 銀翼的魔術師
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壹個女人來到小五郎處，請其幫助看守寶石。這女人名叫牧樹裏，是代表著日本的女演員。她收到預告稱有人將會去奪取她所擁有的寶石“命運的寶石”，而預告者正是怪盜基德。小五郎斷言：基德將會在樹裏擔任主角的傳統話劇的公演最後壹天前來盜寶。於是第二天，柯南，小五郎，蘭還有少年偵探團壹起前往傳統話劇公演的東京汐留。柯南對小五郎的推理充滿疑問，於是自己推理基德的出現。然而，在那裏出現的竟是工藤新壹！
當然，那個新壹絕不是真的。但是，要證明那個新壹是假的的話，就需要柯南表明自己的身份。基德似乎明白這壹點，很大膽的想和小蘭在壹起。這時，在樹裏任主角的舞臺上上演了《約瑟夫王妃》的壹幕。被柯南看出真實身份的基德，如何盜走這藍色的寶石呢！？然後，對柯南他們更大的考驗是？
飛機上的危險壹個接著壹個，柯南他們究竟如何脫險？
9 水平線上的陰謀
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15年前的壹個霧色濃稠的夜晚，在北大西洋的海上壹艘正在航行中的貨輪“第壹八代丸”，撞上了前方巨大冰川發生事故沈沒。萬幸的是船上大部分人都逃過這壹劫難，只有船長和壹名船上的高級幹部不幸罹難身亡。時間回到15年後的現在，地點是日本東京西多摩市的別墅密集區，八代財團旗下分屬八代造成業的設計師八代英人，開車的時候心臟病突發，結果車子不幸掉下山崖造成車毀人亡。誰也沒想到，時隔15年且分別發生在海洋和陸地上的兩起事故，會是壹項重大陰謀的開始。鏡頭轉到正在太平洋上航行的豪華客輪阿芙洛迪特號上，這是根據希臘神話中的代表美麗的愛神阿芙洛迪特的名字命名的。柯南、小蘭和毛利小五郎受到園子邀請，參加這首船的處女航。理所當然，這麽受到矚目的豪華客輪，參加處女航的都是些政界、社交界的紳士名媛。
然而沒多久，船上出現了可疑分子，園子更遭到襲擊被其監禁，幸運的是根據柯南的推理順利找回了園子，正在眾人歡欣鼓舞的時候，卻發生了殺人案件。被害者正是這次處女航的主辦人，八代客輪的社長八代貴江，她是半個月以前車禍身亡的八代英人的妻子，緊接著八代財團的董事長，貴江的父親八代延太郎也從船上神秘消失……
獲悉此事的目暮警官帶著壹群警察上船來搜查，同時出動了東京海上保安廳的人對海上進行搜查，陸地上也有警視廳的人在八代英人出事的地點進行再搜查。與此同時，理所當然地我們的小主人公柯南也展開了他最擅長的推理。而這次包括乘客和船上工作人員，總***有600名嫌疑人。於是柯南、毛利小五郎以及警方分別展開了各自的調查，與此同時，犯人也正展開他巨大的陰謀。
為了不影響乘客的情緒，船上的晚宴仍然如期舉辦。在柯南的努力下，真相即將被揭發時卻突然發生了重大意外——遊輪的機房發生了大爆炸！犯人更在整艘遊輪的主要機房內都安置了炸彈，整個船身不停搖晃，讓船員和乘客都驚恐萬分，全船600條人命，就懸於瘋狂的犯人壹念之間。
置身於無處可逃的大海上，引起了極大的恐慌和混亂，人們陷入了極度的不安中。更糟糕的是，這次連小蘭也被卷入了危險裏面——當然，本片的結果，依舊是正義戰勝邪惡，柯南用他名偵探的推理救出了小蘭，不過出人意料的是，這次掌握事件關鍵的，卻是新壹和小蘭超越了時間的羈絆。
10 偵探們的鎮魂歌
劇情大綱
小五郎和柯南壹行人前往橫濱。但是，卻中了那名男子的圈套，蘭和少年偵探團被做為人質。男子限時在10:00。該期間內若不能解開被委托的事件的真相，蘭等人便會被炸彈炸成碎片。更令人吃驚的是，那名男子，居然知道柯南的真身就是工藤新壹！
11 紺碧之棺
劇情大綱
故事本身的舞臺發生在浮於那深藍色的太平洋上的美麗島嶼“神海島”（こうみじま）之上。傳說自古以來在那島嶼之下的深海裏安眠著古代遺跡“海底宮殿”而故事則由兩位18世紀真實存在過的女海盜“Anne
Bonny”（1697～1720）“Mary
Read”（1690～1721）在那裏所藏的寶藏而起。我們把視線轉回現在，前往神海島度假的柯南壹行人，在島上遇到了壹群怪怪的業余尋寶探險愛好者。按照有少年偵探的地方必會發生命案的定律，在潛水探索海底宮殿時，探險團中的壹位成員突然被鯊魚圍攻葬身於這太平洋的神秘之地。為了查明事實的真相，柯南與灰原哀展開了調查，尋寶殺人案件以及海盜寶藏的傳說成為劇情的明暗兩線。
12 戰栗的樂譜
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近日，發生了以音樂家為襲擊目標的連續殺人事件，被害人均出身於原著名鋼琴家領銜的壹所音樂學院。柯南等壹行人，受到了這位鋼琴家的邀請，出席由他出資建造的音樂廳的落成典禮音樂會。音樂會的亮點是巴赫彈奏過的管風琴和世界著名的斯特拉迪瓦裏琴的音色，以及擁有絕對音感的天才歌手的歌聲。
可是，在音樂會正式舉辦前，陸續發生了許多可疑的事件。
而在音樂會當天，柯南和女高音秋庭被襲,飄流在河流中,蘭等人所在的音樂會場，突然發生了大爆炸。眾人被包圍在火海中，河中的柯南和秋庭唱出了準確的音調,順利向警察求助,柯南等人在音樂會場外心急如焚,音樂會場內的所有人卻因為音樂館的隔音效果不知道任何危險的靠近……
室外，23根柱子被炸！
最後，進入了音樂會場的柯南找出了兇手，柯南和會場內的所有人命懸壹線。千鈞壹發之際，灰原用元太的豎笛吹出：36664（MI LA
LA LA
FA），被柯南猜出是狙擊（shoot)，佐藤從另壹個地方開槍，兇手手中的遙控器掉落,被高木抓獲。調音師說出了殺人的理由，和鋼琴家解除了誤會。
等小蘭他們要走時，發現柯南不見了。噴泉處傳來壹陣小提琴的聲音，小蘭聽出是新壹在演奏，便追了過去。結果卻看到柯南拿著小提琴，說新壹已經走了。故事在美麗的樂曲與月光下的蘭和柯南中結束。
13 漆黑的追蹤者
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故事的開始，柯南身份被Gin（琴酒）和Vodka(伏特加）識破並被擒住，小蘭眼看就要遭遇毒手……原來是壹場夢。
小五郎被請去參加警視廳召開的案件偵破會，發現裏面的警察都是熟面孔……
警視廳的松本警視、靜岡的橫溝警部（哥哥），神奈川的橫溝警部（弟弟），群馬的山村警部、長野的大和警部，埼玉的荻野警部（是個有著危險氣息的新人物）、京都的綾小路警部，長野的上原刑事。
當然還有永遠都少不了的，東京的目暮警部、白鳥、佐藤、高木跟千葉。
需要偵破的案件是發生在東京以及周邊省縣的連續殺人案，死者們身份看不出什麽***同點，但是他們死後都被拿走了壹件隨身物品，卻留了張麻將牌在。偵破會後，山村隨口唱著《七つの子》（七個孩子），原因是在廁所裏聽到有人用手機按出了相似的聲音，柯南震驚追出去壹看，壹人走進了黑色保時捷356A（琴酒的愛車）。
柯南從而確定偵破會的眾多參與者當中，混有易容高手Vermouth（苦艾酒）。後在商廈追捕嫌疑犯時，柯南發現被作為人質劫持的人居然也是貝爾摩德假扮的，營救之後找她問事情原由。原來是被害者當中壹人被拿走的物品當中，夾帶著組織裏的NOC名單(存在壹張SD卡中)。
柯南看到Vermouth也得出結論，潛伏在警察當中的人是他人假扮，而被替換的人是誰呢？
而這時壹個神秘的黑衣組織成員Irish，正在緊鑼密鼓的調查柯南的身份，也得出“柯南=新壹”的結論。（通過黑衣騎士面具上新壹的指紋，跟美工課柯南捏的海豚上的指紋對比）
之後演出了壹出黑衣組織阻攔警察去最後壹個受害者家的狙擊戲，當Chianti(基安蒂）的槍瞄準高木說了句“郎才”，而Korn（科恩）的槍瞄準佐藤說了句“女貌”，兩人同時射擊時，把車軲轆打爆了（延遲警察到現場的時間）。佐藤也感覺出那是狙擊，跟高木說了，可是單純的高木說她應該是多心了。佐藤還是懷疑警察隊伍裏混了奸細。
佐藤、高木在博士、小哀跟偵探隊的聯系之後，成功解救被調換、關押了10天的人物。
故事的最後柯南在服部、灰原的幫助下，推理出連續殺人案兇手會出現在東京塔，趕去遇到兇手、又遇到假扮警察的Irish，對方已拿到卡片。
就在柯南遭遇危險時蘭出現了，她想起新壹說的話成功躲避了子彈，但因為被Irish半垂下來的面具嚇到，最終被打倒了。柯南為了保護小蘭引Irish來到東京塔頂，從他的話裏得知自己身份已被拆穿，但是Irish不想殺死他，而是要帶柯南去見“那位大人”，以琴酒的重大過失來扳倒琴酒，因為琴酒輕易的就殺死了那個Irish當做父親般尊敬的pisco（匹斯克）。所以他並沒有將柯南的真實身份說出去~~~就在他要擒住柯南的時候，Gin等人乘直升機趕來，求證Irish已經拿到名單。可是就在Irish拿出名單的SD卡，在琴酒要求下不斷向前走之後，基安蒂開槍打穿了SD卡跟他的胸膛……
柯南想救Irish，這時Irish明白了Vermouth為何要掩護柯南，臨死前鼓勵柯南。Gin抓狂了，開始用飛機上的30毫米機炮瘋狂掃射，直升機的探照燈不停的照到躲避中的柯南，機槍壹次次的從他身邊掃過，但柯南僅僅只是左胳膊被玻璃碎片打中壹下。而Gin還有飛機中的其他三人，居然都沒有看到柯南。就在柯南被逼入絕境（真面目快給看到了）的時候，巧用博士的新發明（改進版的伸縮吊帶，可伸縮100米……），不但脫險，還打中了Gin的飛機，使機尾著火最後墜毀（是把被機關槍射落的射燈，用伸縮吊帶彈射出去，打中直升飛機尾部）。
眾多警察趕到，營救成功！
看到飛機墜落、爆炸，騎著機車在周圍轉的Vermouth不禁露出笑容：“真不愧是銀色子彈呀！”
後來柯南得到消息，直升機的殘骸中沒有任何人的遺體……
14 天空的遇難船
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活躍於全世界，全天下的寶石怪盜基德，激起了大富豪鈴木次郎吉與他對決的執著，因而對KID提出挑戰書:具有“天空的貴婦人”美名之稱的寶石就放在世界最大的飛行船「鈴木號」中，能偷的話就來偷偷看，限制時間為東京到大阪6小時飛程。小五郎、蘭以及少年偵探團也獲邀次郎吉的招待搭乘此次飛行。能偷得到嗎？能抓得到嗎？就在以廣闊的天空為舞臺進行心理戰的同時，神秘的恐怖分子[冒用紅色暹羅貓。]，襲擊飛行船！到底挾劫的目的為何？KID與柯南間的對決又將會如何？蘭也感染了細菌嗎？KID和小蘭真的如大家所想的那樣接吻了嗎？
15 沈默的15分鐘
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倉朝都知事也受到了壹封來路不明的恐嚇信。並在第二天知事參加的京都線首航中在隧道裏被犯人所安置的炸彈險些喪命。對此事懷疑不已的柯南等人便前往了於知事關系密切的北澤村參加冰雪節，並調查事件。在此期間，她們偶遇了五位北澤村的舊村民。他們時隔八年的再見，卻帶來了壹場災難。第二天當眾人由瑞樹小姐的帶領下徒步遊覽澤尻湖時，竟意外發現了五人中冰澤的屍體。壹直因八年前事故昏迷的東馬也突然醒來了。犯人行動了... 他切斷了全村的電話通號線，其次又在大壩上安裝了炸彈。柯南卻在冰澤的衣服裏找到了線索。同時步美等人正帶著東馬去八年前的現場，試圖幫他恢復記憶，卻不料險些被殺。幸好柯南和灰原及時趕到。大家躲進了山洞，並趕到大壩阻止五人中的兇手山尾炸毀大壩。而當他們趕到時，壹切已晚。壩上的工作人員去參加慶典了，兩個值班也早就被山尾的電擊器擊暈。而那邊武藤被擊暈。正在柯南疑惑之時，山尾卻在他後面...到了大壩，山尾正打算解決他，被及時趕到的瑞樹用狙擊槍擊中。柯南用麻醉槍及時讓他睡去。正當大家準備離開時，柯南突然發現剛剛瑞樹和山尾糾纏的時候，竟啟動了炸彈！大家迅速的撤離了，而柯南卻被困大壩。眼看洪水即將淹沒小鎮。柯南用滑到了小鎮前面的滑雪場，制造雪崩，改變洪水的前進方向和力度。卻也因此被埋沒在雪堆中。眾人拼勁全力，終於蘭打通了新壹的手機在第14分鐘的時候喚醒了沈睡在雪裏的柯南。柯南用足球告訴了大家他的方位，讓他得以生還。
16 第11名前鋒
劇情簡介
毛利偵探事務所突然接到壹通威脅電話。之後，路上的汽車就在小五郎的眼前爆炸了!“藍色的少年與藍色的斑馬，從天而降的雨……”根據犯人寄來的挑戰書，若不能解讀謎之暗號，便無法阻止接下來的爆炸。小五郎和毛利蘭在米花市內來回奔走，卻完全找不到破解暗號的方法。另壹方面，此時的江戶川 柯南與灰原和少年偵探團壹起，沈浸在觀看最愛的足球比賽的快樂之中。正當比賽漸入佳境之時，從蘭打來的電話那裏，柯南得知了威脅電話的事情。柯南為了解讀暗號獨自壹人離開賽場，卻得知了無人能夠阻止的恐怖事實……
本片為日本J聯賽創立20周年紀念作品，現役選手三浦知良、遠藤保仁、今野泰幸、楢崎正剛、中村憲剛等人為片中本人的形象配音。