巴赫二十二歲時與其表妹瑪利亞結婚，***生下了七個孩子；瑪利亞去世後，巴赫同女歌唱家安娜·瑪格達蕾娜結婚，又生下十三個孩子。巴赫的子女***有九人長大成人，其中就有三個孩子繼承父業，成為很有影響的音樂家。
他的第三個兒子卡爾·菲力普·巴赫（K.P.E.Bach）長期居住於漢堡，被稱為“漢堡巴赫”；第七個兒子約翰·克裏斯蒂安·巴赫（J.C.Bach）長期居住於倫敦，被稱為“倫敦巴赫”，他們在音樂史上都很有地位，對海頓、貝多芬等都有直接的影響。
像巴赫這樣的音樂家族，在歷史上是罕見的，在醫學和遺傳學上也壹直是壹個未解之謎。
巴赫家族毫無疑問可以稱得上音樂世家。據權威的《新格羅夫音樂和音樂家辭典》中“巴赫家族”條目記載，這個家族從巴赫的高祖到孫子***七代人，歷經二百六十多年，從事音樂事業的多達78人，卓有成就的有14人，最傑出的當然還是約翰·塞巴斯蒂安·巴赫。
在歐洲音樂史上，不乏父子、兄弟或翁婿相傳的音樂家族，如英國的普賽爾家族和意大利的斯卡拉第家族；但在這些家族中只有法國的庫普蘭家族（從17世紀到19世紀出過五代音樂家，其中以弗朗索瓦·庫普蘭最負盛名）或可與之媲美。
巴赫的家族可算是人丁興旺，他本人就曾先後育有子女20人，但只有壹半活到成年。巴赫去世後，他的兒子和弟子們仍在歐洲樂壇上活躍著，其中成就最大的當數次子卡爾·菲利普·埃曼努埃爾和幼子約翰·克裏斯蒂安，成了古典前期重要的音樂家。可好景不長，他家的男性後裔沒有活過第二代。1843年，巴赫的最後壹個孫子（當時已是八十多歲的老人）出席了由門德爾松捐贈的巴赫紀念碑揭幕儀式。他於兩年後去世，從此享譽樂壇的巴赫家族就後繼無人了。