自1983年重返故土，與祖國闊別三十多年的蔡繼琨教授開始在全國講學，同時在各地指揮演出，他先後被廈門大學、華僑大學、福建師範大學、安徽師範大學、吉林藝術學院聘為名譽客座教授，被長春電影制片廠管弦樂團、福建省歌舞劇院聘為名譽音樂指導及樂團首席客座指揮。蔡繼琨教授深受陳嘉庚先生愛國精神的教育，蔡繼琨教授對國內音樂界的狀況就深表關註。他敏銳地觀察到，國內音樂教育事業仍然十分薄弱，除壹些高校設有以培養音樂師資力量為主的音樂系外，還沒有壹所正規的音樂大學，他感到了壹種沈重的責任，萌生了創辦音樂大學的想法。他認為，在當時國家隊教育再投入存在著壹定困難的情況下，充分調動國內外社會力量辦學，以成人教育的形式為切入點，發展高等的音樂院校，達到培養各種不同層次的音樂專業人才的目的，是壹種切實可行的辦法。由此，他秉承著發展社會音樂教育事業，進壹步加強培養音樂人才的理想，深有遠見地實踐壹條創辦福建省高等音樂學府的艱辛的創業之路。
此前，蔡繼琨已創辦過兩所音樂院校，即福建省立音樂專科學校、中華音樂教育學院。福建省立專科學校成立於1940年2月，時蔡繼琨應福建省政府主席陳儀將軍之命，在當時的福建省會永安，籌建這所學校，擔任首任校長，後更名為國立音樂專科學校，為抗戰時期國統區三所高等音樂學府之壹，為國家培養了大量音樂人才，解放後，學校合並到中央音樂學院華東分院，即現在的上海音樂學院。1942年，蔡繼琨轉赴重慶在教育部服務時，與時任教育部政務次長顧毓秀（壹樵）創辦了中華音樂教育學院，這是壹所專門培養抗戰時期音樂專業人才的高等學府，培養出來的學生成為活躍在抗日戰爭各條戰線上的音樂精英，有的還成為世界上有影響的作曲家、歌唱家、指揮家。
1988年，已經定居福州的蔡繼琨立即投入到福建社會音樂學院的籌建中，經多方反復協商，最終決定福建社會音樂學院與福建師大、廈門藝術教育學院等院校聯辦，開展函授教學等靈活的教學方式，於1988年下半年開始招生。但此時的福建社會音樂學院畢竟還只是壹種過渡形式，沒有自己獨立的校舍。為促成音樂學院盡快完善，他不顧年邁，東奔西跑，親自勘察校址，後經省政府同意，最後定在了福州倉山首山村。為籌集資金，壹方面，他變賣在菲律賓的別墅、車輛、名貴書畫，帶著十壹箱的珍貴樂譜、資料和全部積蓄，回到福州；另壹方面，他到美國、東南亞等地，四處遊說，鼓動海外華僑捐資捐物，為祖國音樂事業貢獻力量，不少海外華人在他的感召下解囊相助。
1993年，福建社會音樂學院在福州倉山首山村奠基，1994年初，經過壹年緊張施工，壹座座造型新穎、設備齊全，雕著捐獻者名字的辦公樓、教學樓、綜合樓、宿舍樓、琴樓等拔地而起，結束了福建近半個世紀以來沒有專門音樂學院的歷史。1994年，福建省政府批復同意成立福建音樂學院，蔡繼琨親自擔任學院董事長、院長，並保留“福建社會音樂學院”院名。9月，學院招收了第壹批學員60多名，開設了聲樂（美聲與民族唱法）、鍵盤（鋼琴、手風琴）、管弦樂（含民族樂器）三個專業，由著名音樂家郎毓秀、朱雅芬、邵鐘世分別擔任系主任，蔡繼琨還親自擔任指揮課的教學任務，成為全院年紀最大、資格最老的“全職教授”。學院采取“開門辦學、關門教學”的方法，以“修德養藝、自強不息”為校訓，以“愛國第壹、品德第二、專業第三”為培養學生的方向，旨在為國家培養德、智、體全面發展的高級音樂人才。
蔡繼琨先生在耋耄之年，仍不遺余力地毀家興學的精神引起了國家、教育部和省領導的高度關註，也獲得了他們的壹致肯定。2003年11月，為表彰蔡繼琨先生在音樂教育和創辦音樂學院方面的卓越貢獻，時任福建省人民政府副省長的汪毅夫為蔡繼琨先生頒發了“樂育英才”獎匾、獎狀。