佛經中的咒有實際的意義或內容嗎？有。
首先，這些咒是佛、菩薩、羅漢、瑜伽士、持明仙人、大成就者等聖賢在甚深禪定境界中發出的密語。可以這樣說，每個咒語都是壹首“心靈交響樂”。咒語體現了這些聖賢在那個禪定境界的心境以及回向眾生的願力。
譬如我們欣賞交響樂時，所感受的是作曲家的思緒，進入了他的心靈世界，於此同時身心必也起了微妙的物理化學反應，得到了壹種情緒上的感應，甚或是身體上的感應。同理，持誦咒語的時候，也是通過音韻的感召，而獲得佛、祖的三昧加持。
不僅如此，佛教密宗興起後，在保持核心部分的傳承基礎上，咒語的編排更加規範化，有了嚴格的格式和體裁。編排依據密宗的胎藏界、金剛界兩大曼陀羅，以及五部如來（佛頂部、金剛部、蓮花部、摩尼部、羯摩部）的系統來進行，這種系統就仿佛創作交響樂的範式。其中每個完整的咒語都有壹個咒心，作為全部咒語的濃縮（通常咒心也是該咒語最原始版本的核心部分），就仿佛交響樂的華彩樂段。
從語音上看，咒語主要是使用梵語詞匯，但其中也不乏壹些純表音的詞（沒有具體字面意義）。從梵語字面意義上看，每個咒語的內容仿佛壹篇晦澀的祈禱詞，裏面充滿各種佛經術語、佛菩薩名號、護法神王名號等等。但是，在這層字面意義之下，必定具有更豐富的、供信徒參悟的深層含義。這是因為，在佛教中，佛菩薩名號往往都有象征意義（佛教術語叫“表法”），通過“擬人化”的包裝，表達深湛的法理。
所以，咒語的意義分為深淺個層面：淺層－－執持音韻和觀察字面意義，可使弟子安心，獲得加持；深層－－住於三昧定境同時觀照諦理，可使弟子由“止觀”而證果。當然，按密宗說法，咒語必須結合上師灌頂、觀想曼陀羅等等復雜的修行儀軌才可以達到修證“止觀”的效果。但據信，壹般顯教的信徒僅持誦咒語也可以獲得加持而滅罪積福、啟發智慧。
經文和咒語都是來自於自性。功德利益都是相同的。開發自性光明是念誦經咒的目的。 方法各有不同。