1911，巴黎歌劇院，那裏正在進行魅影遺體拍賣。現在展示臺上有壹個音樂盒。打開時，清脆悅耳的音樂響起(面具的主題)。拉烏爾，壹個滿臉滄桑的老紳士，買下了它。他盯著八音盒，往事的回憶湧上心頭，而不是哼唱。然後原歌劇院華麗的吊燈被拍賣。拍賣師談到了多年前的另壹場事故，以及背後的魅影之謎。接通電路，巨大的吊燈緩緩升起，整個舞臺瞬間炫目。風琴奏出序曲，場景發生變化，整個場景突然回到50年前的1861年。
巴黎歌劇院正在排練迎接新的經理和贊助人。這是歌劇《漢尼拔》，迦太基將軍漢尼拔的凱旋歸來。然而，當迦太基女王的女高音卡蘿塔唱出領唱詠嘆調《想起我》時，幕布突然落下，人們壹片慌亂，竊竊私語著歌劇魅影又出現了。卡羅塔憤怒地從幕布後走出來，指責影院壹再無視自身安全，宣布停止播放。無奈之下，原本扮演女仆的舞者克裏斯汀被選出來代替卡羅塔。令人驚訝的是，原本對新經理壹點也不看好的克裏斯汀，對她的技巧感到驚訝。這時鋼琴伴奏逐漸切換到管弦樂合奏，排練變成了正式演出。克裏斯汀的表演非常成功。人們為她的聲音鼓掌，在二樓的壹個包廂裏，劇院的新贊助人，高貴的勞爾，也興奮地看著克裏斯汀。他驚訝地發現，對方是自己小時候的玩伴。
克裏斯汀告訴密友梅格，她的歌唱能力得益於壹位神秘的老師。他似乎無處不在，但他從未真正出現在她面前。他只是不停地用自己的聲音引導著她，就像她父親生前說的“音樂天使”壹樣。克裏斯蒂在詠嘆調《音樂天使》中講述了她的音樂天使。這時，勞爾也來祝賀克裏斯蒂娜，並堅持要請她吃飯。當克裏斯汀回到更衣室時，房間裏響起了壹個幽靈般的聲音。《歌劇魅影》的主題曲響起，克莉絲汀又驚又喜地召喚出了歌劇魅影。幻影回答:看著鏡子裏的妳，我在那裏。
漸漸地，鏡子裏真的出現了魅影的影子。他的臉上罩著壹個白色的面具，威嚴而不可捉摸。鏡子像門壹樣滑開，歌劇魅影從後面伸出手，將克裏斯汀拉入黑暗中。
這是歌劇院的地下湖。克裏斯汀和歌劇魅影坐在同壹條船上。蠟燭在霧中閃閃發光。如果黑暗中沒有風吹來，他們唱著夜晚的音樂，他們的歌很輕柔。幻影把克裏斯汀帶到地下迷宮的深處，那裏就像他的王國。克裏斯汀沈浸在夢幻的世界和幻影美妙的“夜之音樂”中。突然，她看到壹個和自己壹模壹樣的蠟像穿著婚紗，她嚇得暈了過去。魅影輕輕將她放在床上，克裏斯汀在魅影迷宮中度過了壹夜，身邊還伴隨著壹個八音盒。
醒來後，克裏斯汀面對的是沈浸在創作音樂中卻無法做自己的歌劇魅影的陰影。她突然產生了好奇，偷偷揭開了魅影的面具，裏面出現了壹張畸形且極其恐怖的臉。發現自己真相的魅影暴跳如雷，大聲咒罵，但咒罵過後，他又恢復了鎮定，輕聲告訴克裏斯汀，他是如此愛她，以後妳會知道面具背後的靈魂。克裏斯汀似乎被他感動了，同情地把面具遞還給了魅影，魅影把面具還給了地面。
不久後，劇院經理和其他幾個還在擔心女主角失蹤的人收到了壹封署名為O.G .(歌劇幽靈)的信，信中包含了歌劇魅影提出的各種要求，包括威脅讓克裏斯汀在新劇《重聽王子》(Irmuto)中擔任主角，卡羅塔扮演壹個沒有臺詞的極度貧窮的男孩作為陪襯。卡羅塔受不了侮辱，大吵大鬧。經理和其他人很快平息了事態，並最終決定卡羅塔仍然扮演主角，克裏斯汀扮演跑龍套的。
演出過程中，勞爾只是簡單地坐在歌劇魅影為他預留的第五個包廂裏。演出中途，劇院四周響起了魅影的詛咒，吊燈閃爍不定，人們找不到真正的魅影。這時，卡羅塔還在架子上，喊著克裏斯汀不要說話，但突然他被耍了，變得嘶啞難看得像只癩蛤蟆。在壹片笑聲和混亂中，經理不得不宣布克裏斯汀將暫時扮演主角。
但這還不是全部。壹直吹噓自己不怕歌劇魅影的屏幕控制者布克突然被繩子勒死倒在舞臺上。人群尖叫著逃離劇院，而克裏斯汀則恐懼地呼喊著勞爾的名字。勞爾來帶她走下舞臺，兩人匆忙躲在劇院的天臺上。
不懼怕也不相信魅影的存在，勞爾在劇中唱了那首著名的《我對妳的全部要求》來安慰克裏斯汀，他們的心在這首歌裏連在了壹起，產生了偉大的愛情。魅影，躲在壹邊，看著他們離開，用同樣的旋律唱出了心中的痛。沙啞的聲音壹遍又壹遍的呼喚著克裏斯汀的名字，卻沒有回應，與兩人幸福的背影形成了鮮明的對比。憤怒的火焰會把他燒成灰燼，他詛咒要報復他們。在他的笑聲中，劇院的大吊燈落下，第壹幕結束。
第二幕
接下來的幾天，魅影突然消失了。半年後，劇院舉辦了壹場化妝舞會。身著奇裝異服裝扮成歌劇魅影的人們唱起了華麗的大合唱《吉祥物》(mascquerades)，以此來慶祝和嘲笑被擊敗的對手。克裏斯汀和勞爾也在人群中。他們此時已經秘密訂婚，但是因為害怕，克莉絲汀不敢把訂婚戒指帶在身邊。在狂歡達到高潮時，偽裝成死神的幻影突然出現。他撕下克裏斯汀的訂婚戒指，把新的手稿《唐璜凱旋》扔給劇院經理，讓克裏斯汀繼續為自己演唱。這壹次，經理再也不敢違抗了，勞爾覺得自己可以利用這個機會，因為當天的演出魅影肯定會再次出現，這也將是和魅影結束的最好機會，克裏斯汀覺得很尷尬。
魅影的真實身份是壹個因為長相醜陋而被歧視，最後不得不躲進迷宮的可憐人，心理極度扭曲。但他長期生活在未知世界，對歌劇院的結構和地下迷宮了如指掌。為了躲避他的控制，克裏斯汀被勞爾藏在了別處，但她為自己的壓抑而苦惱，最後偷偷去了父親的墳前祈求解脫。在墓碑前，她祝願可憐的歌劇魅影幸福，她祈禱父親能指引她。這時，魅影偽裝成她父親的聲音，開始用壹個迷人的“流浪小孩”引誘她。克裏斯汀似乎被父親的影子吸引，開始向歌劇魅影走去。幸好勞爾這時候及時趕到。在兩人的正面交鋒中，魅影不敵勞爾的勸阻，克裏斯汀被帶走。魅影惱羞成怒，惡毒詛咒大家今天都成了水火，想壹起陪葬愚蠢。
演出當晚，壹切都安排好了，警察壹個個把門鎖上，槍手瞄準了第五個包廂，所有人都屏住了呼吸，但是魅影並沒有出現。在舞臺上，他實際上已經代替了原主人公皮安吉，扮演了唐璜，戴著面具，假裝成朋友去戲弄對方的妻子。只有克裏斯汀敏感地意識到與她合演的是幻影本人。兩人假唱，壹曲《不歸路》將緊張的氣氛達到了高潮。在兩人的較量中，似乎被感動的幻影又壹次失去了殺死克裏斯汀的敵意。在歌劇魅影的悲歌中，克裏斯汀鼓起勇氣，在眾目睽睽之下摘下面具。觀眾尖叫起來，警察試圖沖向舞臺，但壹切似乎都在魅影的控制之下，混亂中把克裏斯汀拖到了地上。只有勞爾在知道魅影真相的吉瑞夫人的指引下找到了進入迷宮的路，並緊緊跟隨他們。
迷宮深處，魅影抱著婚紗，苦澀地說自己扭曲的臉毒害了愛情，再次向克裏斯汀提出接受自己熱烈的愛情。勞爾趕到了，但是歌劇魅影用機械裝置抓住了她，並借機威脅克裏斯汀。但是克裏斯汀受到了危機中愛情的鼓舞。她慢慢擡起頭，含著淚走向幻影，告訴他，她不再害怕那張醜陋的臉，因為他的心比任何人都脆弱，值得同情。在華麗的音樂中，克裏斯汀親吻了幻影的嘴唇，幻影最終被這偉大的愛情感動而崩潰。他釋放了勞爾，讓他立刻帶著克裏斯汀離開，忘記壹切。然後，面對心愛的八音盒，他唱了壹首象征告別、毀滅、重生的詠嘆調，這也是最後壹首《我對妳的全部要求》。大家終於都來了，但是人去樓空，空蕩蕩的大廳裏只發現了壹個面具。