音樂教育系為新疆師範大學音樂學院的主要系部，從事音樂學音樂教育專業、民族音樂學專業相關的教學與科研工作，招生與教學對象為音樂學專業大專、本科學生，課程涵蓋音樂基礎理論、作曲技術理論、音樂史論、民族音樂學理論、音樂美學理論以及計算機音樂等領域，主要任務是為中等學校及以上層次的教學機構培養合格的音樂教師及教育研究人員，以及音樂學理論科研人員。此外，還擔負著新疆少數民族音樂的教育與科研工作。系主任：馬生福（講師）
音樂教育系主任：王生耀(教授、碩士生導師)
音樂教育系教研室設置：
史論教研室： 主要從事音樂基本理論、中外音樂史理論及相關技能的教學與實踐、專業理論的科研與應用
工作。
教研室主任：陳怡（講師）
技術理論教研室：主要從事音樂基本理論、作曲技術理論及相關技能的教學與實踐、專業理論的科研與應 用
工作。
教研室主任：李莉（講師）
聲樂教研室:主要從事音樂學專業本專科生的聲樂教學與實踐工作。
教研室主任：張力泉（副教授、碩士生導師）
器樂教研室: 主要從事音樂學專業本專科生的器樂教學與實踐工作。
教研室主任：劉伊力（副教授） 音樂表演系是撤系建院以來新成立的系部機構，主要從事音樂表演專業的器樂演奏方向、聲樂演唱方向及舞蹈表演等方向相關的教學與科研工作，招生與教學對象為音樂表演專業的本科學生，主要任務是為社會輸送優秀的音樂表演人才及音樂表演理論研究人員。此外，擔負著新疆師範大學音樂學院的各類音樂會演出及參加各級音樂表演比賽的任務。
音樂表演系主任：王茗(教授、碩士生導師)
音樂表演系教研室設置：
聲樂教研室：主要從事聲樂表演的教學與實踐、專業理論的科研與應用工作。
教研室主任：張力泉（副教授、碩士生導師）
器樂教研室：主要從事器樂表演的教學與實踐、專業理論的科研與應用工作。
教研室主任：王茗（教授、碩士生導師）
民族樂器教研室：主要從事民族樂器的教學與實踐、專業理論的科研與應用工作。
教研室主任：巴吐爾（副教授）
管弦合唱教研室：鄧文歡