唧唧復唧唧，木蘭當戶織。花木蘭正在房內專心致誌地織布，看到姐姐木蓮端著酸梅湯走進來，原來這湯是朱芝華拜托送來的。木蘭和芝華青梅竹馬，兩人心中暗生情愫，只是沒有機會表白而已。來到庭院看到朱芝華正在練劍，木蘭上前提出比武的要求，芝華怕誤傷了師父的掌上明珠，又不忍拂意中人的心願，左右為難之際被刁鉆古怪的木蘭偷襲擊倒，朱芝華面帶怒意，羞色難過。就在這時家仆過來請兩人到大廳去，在大廳見過父親(花弧)，得知朝廷的軍牌已到，劉承儀元帥為對付西域柔然國而招募精兵。望著年邁體弱的父親，木蘭毅然地作出代父從軍的決定，接下來要在村裏尋找男裝。
離開大廳回到閨房，在箱子裏拿到10000錢，然後離家到村裏逛壹下。在橋頭遇到獵戶花子正為兒子失散而煩惱，木蘭爽快地答應幫他尋找，繞到西邊的河岸找到玩耍的小花子，勸他回家後再到橋頭找花子告知消息，花子聽了很是高興，邀請木蘭有空到他家裏作客。到花家村的東南找到獵戶的家，屋子裏有兩個寶箱，分別找到《造紙術》和男式頭巾。回到家裏找姐姐談話，得知她正在為男友做壹件衣裳，便謊稱也要為芝華做壹件男裝，只是自己不擅女紅，想借件衣裳依葫蘆畫瓢，姐姐聽了很是高興，將手上的男裝交給了木蘭。
目前還差壹雙靴子，來到院外的河邊看到小弟花聰正在釣魚，花聰得意地說在河裏釣到壹雙靴子，要拿羊肉串才肯交換，於是木蘭趕緊到道具店買了壹串回來交給貪吃的弟弟，不料弟弟嫌姐姐太小氣，將靴子扔下就跑開了。下面要尋找適手的武器，來到西北河岸看到弟弟正與小胖玩耍，從小胖口中得知張大爺家的羊被野狼吃掉了，然後再與弟弟說話，得知張大爺在羊圈裏找到壹把寶劍。在橋南找到張大爺詢問詳情，然後在村裏搜尋漏網的野狼，回到河岸邊果然看到壹只狼正要襲擊小胖和弟弟，木蘭上前三招兩式將它解決掉，回去將消息告訴張大爺，從他手上得到壹把薄葉刃劍。
在村莊東南有壹名江湖郎中，他在威虎山采藥時遇到強盜，慌亂中將藥鏟丟在樹上了，木蘭答應幫他找回藥鏟。在村莊南方有壹名學習造紙術的外國人，將在獵人家裏找到的《造紙術》送給他可選擇兩種獎勵——10000錢或火藥合成秘方：
火硝×3+硫磺×3+木炭×4=鞭炮×8
火硝×3+硫磺×4+木炭×4=火藥×6
火硝×4+硫磺×5+木炭×5+雄黃=炸藥×4
火硝×3+硫磺×3+木炭×4+雄黃×3=地雷
所有道具收集完了，回到家中閨房換上男裝，立即成為壹名英姿颯爽的少年武士。來到花家大廳和父親商量從軍的事情，但父母都不願女兒拋頭露面征戰沙場，正說話間父親的好友鐵冠真人來訪，得知木蘭的心願大為贊賞並收她為徒，傳授“碧落九重”。在木蘭的懇求下，父親便給木蘭壹次試練的機會，去野外消滅狼群。
先到道具店買幾個肉串，出村前先將道具欄裏的薄葉刃劍和衣鞋帽裝備好，出村會遇到狼群，將它們逐只引過來殺掉，在南邊的壹棵樹下寶箱裏找到郎中的藥鏟，回到花家村將藥鏟交還郎中得到10000錢(如果沒有完成藥鏟事件，後面的劇情會產生分歧，遊戲最後達成結局二)。回到花家大廳找父親對話，花弧見女兒誌堅決也不再反對，便吩咐芝華和木蘭壹同參軍，兩人路上也好有個照應。芝華加入隊伍後，先在村裏的裝備店和武器店給他購買衣帽和木弓，再到道具店買點合成的材料或食物。
第二章 求宿霖府阻仇客 釋忿仙山覓靈丹
出村後往東南行去，途中向壹位女子問路，在她的引領下兩人當晚在丹靈霖府借宿。在大廳見到憂容戚戚的主母金夫人，得知她丈夫與威虎山誌空道長壹同修行，誌空為了壹本《魔羽心法》而將金先生暗殺，兒子金犁也被誌空所擄，日夜受地火焚身之苦。花木蘭聽了義憤填膺，自告奮勇前去威虎山找誌空報仇。
此時府宅已被威虎山的人馬包圍，這裏的戰鬥很簡單，用芝華的弓箭遠程引他們過來殺掉，打完院子裏的銀甲尊神，出門再打頭目金甲尊神，沒想到這家夥銀樣蠟槍頭，幾招過後便大聲告饒，這時老氣橫秋的誌空道長現身，趾高氣揚地向金夫人索要某種重要的東西，花木蘭看不過便要動手打起來，師父鐵冠真人現身喝止，並斥責誌空的蠻橫行徑，勸他釋放金犁，誌空仍然咄咄逼人地索要東西，鐵冠便傳授木蘭“碧風回雪舞”，讓她和芝華去對付誌空老道。憑借新學的技能終於打敗了誌空，誌空自知緣空道淺，當下萬念俱灰打算隨鐵冠壹起修行。鐵冠和誌空離開後，木蘭受金夫人之托前往威虎山解救受困的金犁，在前往威虎山前建議先回花家村采買壹些材料合成火藥。
來到誌空洞府外遇到要為主人復仇的金甲尊神，這裏零散的嘍羅可用芝華的“回首驚鴻”遠程射殺，木蘭四處拾取錢財和藥物，敵人密集的地方跑過去扔兩顆炸藥轟殺。殺到洞府裏面打敗金甲尊神，這家夥終於服輸，說金犁已中了蠻疆的七色蓮之毒。上階梯找到金犁後，兩人接下來要想辦法解除他身上的奇毒。
回到花家村找到那名江湖郎中，從他手裏得到七色蓮的解藥(須完成藥鏟事件)，再回到誌空洞府將解藥給金犁服下，金犁終於慢慢地蘇醒過來。金夫人趕來道謝，將壹副翡翠手鐲送給木蘭。
[沒有完成之前的藥鏟事件的話，兩人對金犁的毒傷束手無策，最後金犁毒發身亡。金夫人見兒子慘死也悲慟萬分，當下氣絕身亡。兩人將金氏母子安葬之後，看天色不早便繼續上路投軍。]
在誌空洞府裏找到兩個寶箱，分別拿到地雷和10000錢。回到花家村外往南走往陰山軍營，在吊橋前將軍牌交給衛兵，稍後便往城裏的元帥大帳報道。見到劉孫儀元帥道明父親重病纏身的事情，將軍得知木蘭代父從軍很是感動，安排她到將軍府做夥頭軍。
第三章 陰山營眾誌禦侮 黑水渡雙女擒賊
兩人在帳篷裏安頓下來，木蘭覺得管家馬元奎有些詭異。離開帳篷到夥房報道，壹名衛兵讓朱芝華去後院搬柴禾，而花木蘭則前往花園後的菜園摘菜。來到後花園的涼亭處遇到劉承儀的女兒劉芊芊，她將木蘭當成柔然國派來的奸細，揮動皮鞭打了過來，木蘭見她刁蠻任性便出手將她打倒在地，恰逢劉將軍路過這裏說明木蘭的身份，讓兩人好生相處。
回到夥房看到劉芊芊被人捆住，解開她的束縛才知是馬元奎幹的，他是柔然國的奸細，已將北魏軍的作戰計劃書送給柔然的權臣葛達勒塔。兩人立即來到後花園的元帥書房，將馬元奎通敵的事告知劉承儀，兩人奉命前去黑水渡阻擊馬元奎。在離開軍營前先找黃老板給芊芊買壹身裝備，並補充壹下藥劑和材料。
出城由西南趕往黑水渡，在山道上遇到落草為寇的焦文、焦武兄弟，木蘭和芊芊見前後道路被堵，只好背水壹戰。將兩兄弟打敗後，白胡子老頭焦周現身，他察覺木蘭的招式有些眼熟，相問之下才知是鐵冠的弟子，原來焦家是劉承儀的舊部，焦周也正是鐵冠的同門師弟。焦周得知正是劉元帥招兵買馬用人之際，便決定讓焦氏兄弟從軍捐軀。
兩人繼續前行殺掉壹群強盜，來到修來茶社打聽消息，得知茶社正是馬元奎之母所開，如今馬元奎已往山上采藥去了。與馬母攀談之後，馬母道出亡夫曾留下壹本《紫書丹經》，吩咐交給叫木蘭的有緣人。當她得知木蘭正是丈夫要找的人，便將《紫書丹經》交給了她，書中寫著“木蘭西去東來”幾個字，從書經學會招式“碧落疾風掃葉”。就在這時馬元奎返回，兩人見狀奮身緝拿。來到屋外殺掉壹群黑衣強盜，打敗馬元奎後劉芊芊將他的所做所為告知馬母，馬母得知兒子是叛國之賊，傷心中決定大義滅親，將兒子交給兩人帶回軍營發落。
元帥將戰績上報朝廷，皇上頒旨將木蘭擢升為昭武將軍，世襲爵位。木蘭在帥帳見過劉元帥後，前往後花園見劉夫人，夫人打算將掌上明珠芊芊許配給木蘭，木蘭聞言面顯難色，托辭離開。回到帥帳找元帥談話，這時皇上駕到慰問三軍將士，在帥帳中商量如何平定柔然之亂，花木蘭獻上三策：與北夷部落結為盟邦，互為唇齒；招賢納士，招兵買馬；安撫般悅、烏孫等部落，待機進攻柔然。皇上聞之大悅，命木蘭和芝華前往般悅諸邦締結盟約。
第四章 尋神醫冷箭奪魄 解奇癥般悅締約
回到帳篷找芝華談話，兩人出城南行來到般悅國界，進入般悅城在街道上再次遇到馬可波羅，得知他要尋找《印刷術》。來到王宮門前受到守衛的攔阻，這時有兩種選擇。
選擇1：“不管了，殺進去。”消滅門口的衛兵後見到般悅可汗，花木蘭將要結盟的來意稟告，可汗三思後仍不肯結盟，北魏與般悅兩國的關系破裂，兩人只好往其它部落繼續遊說。
選擇二：“再想想別的辦法。”勸降結盟不好用武力沖突，兩人只好另尋它法。在城裏分別找老翁和小孩談話，得知公主得了壹種失心瘋的怪病，群醫束手無策，令大汗心情不暢，看來這是接近大汗的壹個契機，兩人於是在城中尋訪神醫。來到酒樓聽食客說城裏的神醫是壹位小姑娘，日前已往城外采藥去了。來到城外看到兩名身著北魏軍服的官兵正要捉拿神醫，兩人上前將官兵打敗查問情由，誰知官兵守口如瓶，兩人看其情狀可憐放其逃生。上前與女神醫談話，神醫說明治療失心瘋的秘方藥劑存放在家中，這時壹名神秘軍人在樹叢中放冷箭將神醫射殺。回到城外找商販談話，這時茶樓的門可進去了，在裏面找到壹名逃難的落魄書生，從他手上拿到壹本《印刷術》，回到城中將它交給馬可波羅，可選擇獎品：10000錢或高級炸藥合成秘方。
在城西南找到神醫的家，從寶箱裏拿到壹顆清心丹，回到王宮前找守衛通報。進入王宮大廳見到可汗，花木蘭壹番滔滔雄辯使可汗回心轉意順降北魏，花木蘭再將藥奉上將公主的病情控制好轉，可汗更是大悅，發誓終生臣服北魏。在離開前到裝備店買壹套新防具，然後到道具店采買材料合成炸藥，由北方城門出去前往蘭密格兒沙漠。
第五章 遊鮮卑倩影香蹤 救公主迷情亂意
在沙漠中遇到攔路搶劫的上官黎，木蘭見他驍勇善戰是個人才，勸他投靠朝廷抵禦外侮，上官黎心中不服指揮手下攻了過來。木蘭將上官黎打敗後看他仍不服氣，便將之放掉。往沙漠深處繼續走，在途中再次遇到埋伏的上官黎，再次打敗他並勸其為國家建功立業，上官黎終於願意歸順朝廷，前往陰山兵營投奔劉元帥。
穿過沙漠在北方來到鮮卑國界，鮮卑原是北魏的皇族，由於厭惡皇室間的勾心鬥角而避居塞外。在路上遇到鮮卑公主拓跋珍妮，花木蘭道明來意，在珍妮公主的帶領下去見鮮卑可汗。兩人暫時被安排在帳篷中休息，這時木蘭流露出思鄉思親之情，芝華在壹旁溫言勸慰，希盼早日結束邊疆戰事，榮歸故裏。
離開帳篷前往可汗的房間，拓跋智見北魏使者來訪很是高興，壹番闊論之後木蘭勸他屏棄前嫌，壹起捍衛北魏江山。拓跋智未置予否，只表達出對木蘭的欣賞之意。兩人回到帳篷商量對策，然後再次來到可汗房間打探情況，不想拓跋智說出要將珍妮許配給木蘭的意願，拓跋珍妮也情意殷切地表露情懷，令木蘭心慌意亂不知所措，只好佯稱考慮幾日。回到帳篷得知珍妮被人使用迷香擄走的消息，從拓跋智口中獲悉鮮卑與相鄰的車師國曾有宿怨，車師的酋長康利赫不但是驍勇善戰，而且是海內知名的武學宗師，他種植了大量的奇花異草煉制靈丹妙藥，用以挾持部落或鄰國德高望重的名人，想必這次他是為了報仇而來。
木蘭和芝華前往車師國營救公主，由山寨的西北角來到登山崖，在山道上殺掉壹群嘍羅，打敗康利赫後勸其歸降北魏，康利赫念在不殺之恩願意歸順。救出公主後回到鮮卑國，木蘭換上女裝參見可汗和公主，可汗聽了木蘭替父從軍的故事很是感動，答應與北魏締結盟約。拓跋珍妮見事已至此，打算出家為尼，青燈古佛終了壹生。
第六章 闖奇陣舍身罹難 赴冰山冒死求醫
由鮮卑國山寨往東北走來到百草嶺，這裏濕氣瘴霧濃重，山路崎嶇蜿蜒。兩人在山道上看到壹條大蟲在襲擊旅人，將百蟲母精殺掉後與庫木勒格談話，答應稍後拜見他的師父空空大師。與旁邊的拓跋族人莫耶朗吉對話，得知他是被道人收留的孤兒，因避戰亂而孤居山中，木蘭見他對附近地形很是熟悉，便請他作為此地的向導。莫耶朗吉慨然應允，但要處理壹下私事才能追隨左右。兩人沿山路繼續前行，不遠處便是壹處寺廟，在大殿見到空空大師，論師承輩份來講他是木蘭的師祖，空空在講了壹番玄理後，將壹本《火術秘笈》送給了木蘭。
離開寺廟由百草嶺往東來到壹片沼澤地，在這片迷宮中不時會有恐怖的邪靈花冒出來，壹步壹步地將它們清理掉，繞到迷宮的出口找到商人，在老板那裏采買壹些藥草補給吧。往前進入柔然國大將牙裏郎設下的八卦陣，兩人正在躊躇之際看到莫耶朗吉從後面追來，自稱曾跟花山老祖學法多年，對此陣的玄機洞察深切，勸兩人不要貿然行動，朱芝華未加聽信，只身離隊去闖陣，不料踏入陣中頃刻之間便血濺身亡。
八卦陣比較復雜，每處陣點都有四根柱子，利用柱子可傳送到迷宮各處，這裏最簡捷的走法是：下、右、下、左。破陣後與牙裏郎展開決鬥，打敗他後得知西方的壹天山住有冰童老人，若能求得起死回生藥，則朱芝華的性命或可壹救。求藥須有壹件重要的道具，它就是當初從金夫人手中得到的翡翠玉鐲。從牙裏郎口中還得知劉元帥被叛徒出賣壹事，如今元帥被關押在柔然的地牢之內。
花木蘭讓莫耶朗吉看守朱芝華的屍身，自己壹人前往天山求藥。回到沼澤地往西北方走找到往天山的路。在天山殺掉沿途的怪物，在地圖的中央找到壹座天心洞，殺到洞穴盡頭找冰童老人談話，將身上的翡翠玉鐲交給他，老人用三成功力來考驗木蘭，打敗他後拿到起死回生丹，再次交談拿到壹本《冰術密笈》。
拿到靈藥後火速返回八卦陣前，將靈藥給芝華服下後，他的身體果然緩緩轉暖，不久身體奇跡般地恢復如初，莫耶朗吉見兩人已躲過大劫，不遠處便是柔然國境，當下拱手拜別，木蘭和芝華兩人繼續前往柔然國。
如果之前在花家村沒有完成郎中的藥鏟事件，也沒有救活金犁，此時的靈藥並不能救活芝華，木蘭見靈藥失效無力回天，心中悲慟不已，便和莫耶朗吉將芝華的屍體好生安葬。莫耶朗吉見她如此傷心，便決定陪她壹起前往柔然國(後面的任務都是由木蘭與莫耶朗吉壹起完成)。
第七章 冰火重天救主帥 輝煌華宮伏梟雄
來到柔然城裏與書生交談，得知城外有密道通往柔然國的地牢，密道裏的烈火要用冰童老人所著《冰術秘笈》煉制的冰才能熄滅。到城外找到壹名藥販，將身上的《冰火秘笈》送給他，然後從他身上可買到壹些冰塊，在城外還有壹名丫鬟自稱將少爺的清風玉佩弄丟了。在城外往東南走進入地牢外的迷宮，清除上層環形通道上的柔然槍兵和弓兵，繞到地圖的中部找到地牢的入口。進入第壹層地牢(火)遇到阻路的烈火用冰塊滅掉，在迷宮的上方找到出口到二層地牢(水)，走到迷宮的中央平臺遇到守將天詹脊，打敗他拾到清風玉佩，然後到上層找到受困的劉元帥。花木蘭和元帥商討退敵之策，木蘭認為擒賊要先擒王，打算趁柔然大舉出兵之際，趁城內空虛殺入王宮擒拿葛達勒塔，劉元帥連聲稱好，他連忙趕回軍營安排部署兵力防禦，木蘭和芝華留在城中行動。在地牢(火)找到壹座壞掉的橋梁，回到城中找樵夫談話，給他100錢後再回到地牢通過那道橋梁，在末端的寶箱拿到壹套加強裝備——加強力之甲、加強禹之盔、加強法嗣靴等，它們對之後的王宮戰鬥很重要。回到柔然城找馬可波羅談話，他這回要找的是《指南術》。回到城外將清風玉佩交給丫鬟得到《指南術》，將書送給馬可波羅獲得10000錢，還會得到有關地牢裏終極裝備的消息。
進入皇宮，只見玉階曲廊富麗堂皇，前兩層迷宮的出口都在西北方，在第三層入口向道具商人買點補給，沿逆時針繞到西北角的大殿找到葛達勒塔，談話後這家夥又逃走了。按原路返回到東北角房間可找到他，殺掉四名紅衣護衛頭目後再次打敗他，這家夥再次溜走。這時從迷宮的西南方向繞過去，在房間第三次找到葛達勒塔，打敗他後再往第壹次遇到他的大殿走，在大殿第四次打敗他，葛達勒塔終於下跪求饒，並獻上降書順表，甘願對北魏俯首為臣永不相犯。
大結局：戎馬倥傯歸故裏 鬢容嫵媚還紅妝
西征12載，柔然之亂終於平定，班師回朝之後皇上論功行賞，劉承儀被封三軍元帥，花木蘭官封兵部尚書郎。木蘭不願為官，懇請皇上恩準回鄉探親，劉承儀將軍也和木蘭壹起回到花家村看望花弧夫婦。
結局壹：木蘭回到家中換上女兒裝，劉元帥見了大為吃驚，12載征戰沙場，竟不知這位少年將軍是女兒之身，心中感佩之極。又念芝華追隨木蘭東征西討，便替芝華向花家提親，於是兩人在劉元帥的主持下完婚，有情人終成眷屬，木蘭從軍的故事被傳為千古佳話。
結局二：如沒有完成郎中藥鏟事件，沒有救活金犁，後期在八卦陣中朱芝華會陣亡。在榮歸故裏之後，花木蘭和莫耶朗吉在劉元帥的撮合下成親，兩人在田園過著富足美滿的生活。